Table S3.
Characteristics of virulence genes
| Genes | 6,888 (n=33) | 8,714 (n=28) | 10,938 (n=38) | 11,340 (n=24) | 11,382 (n=18) | 12,645 (n=17) | 13,470 (n=16) | 13,484 (n=18) | 14,980 (n=39) | 15,407 (n=21) | 15,224 (n=40) | 15,814 (n=34) | 17,838 (n=16) | 18,026 (n=25) | 19,663 (n=24) | 19,910 (n=27) | 23,903 (n=37) | 23,967 (n=37) | 24,393 (n=22) | 26,167 (n=22) | 27,149 (n=22) | 27,451 (n=37) | 31,890 (n=37) | 32,142 (n=37) | 32,633 (n=24) | 33,710 (n=35) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ace (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| asa1 (n=18) | + | − | + | + | − | − | + | − | + | − | + | + | + | + | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | + | + |
| bopD (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| bsh (n=1) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| cpsA (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| cpsB (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| cpsC (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsD (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsE (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsF (n=17) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | − |
| cpsG (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsH (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsI (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsJ (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cpsK (n=18) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + | + |
| cylA (n=14) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | + | − | + |
| cylB (n=11) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | + | + | − | − |
| cylI (n=14) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | + | − | + |
| cylL (n=10) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | + | − | − | − |
| cylM (n=13) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | − | + | − | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + |
| cylR1 (n=12) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + |
| cylR2 (n=12) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + |
| cylS (n=12) | + | − | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | + | − | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + |
| ebpA (n=25) | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| ebpB (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| ebpC (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| EF0149 (n=3) | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| EF0485 (n=14) | + | − | + | + | − | − | − | − | + | − | + | + | − | + | + | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + | |
| EF0818 (n=8) | − | + | − | − | − | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | − |
| EF3023 (n=23) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | − | + | + | + | + |
| efaA (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| esp (n=17) | + | − | + | − | + | − | − | − | + | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | − | − | + | + | + | + | + |
| fsrA (n=16) | − | + | + | − | + | + | − | + | + | − | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | − | + |
| fsrB (n=17) | − | + | + | − | + | + | + | + | + | − | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | − | + |
| fsrC (n=17) | − | + | + | − | + | + | − | + | + | − | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | + |
| fss1 (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| fss2 (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| gelE (n=17) | − | + | + | − | + | + | + | + | + | − | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | − | + |
| prgB/asc10 (n=17) | + | + | + | + | − | − | − | − | + | − | + | + | + | − | + | + | + | − | + | + | + | + | − | + | − | + |
| sprE (n=16) | − | + | + | − | + | + | − | + | + | − | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | − | + |
| srtC (n=26) | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |