Table 3.

Protein-coding, tRNA, and rRNA genes annotated in the quinoa chloroplast genome, in comparison to related species.

Gene	A. hypochondriacus	B. vulgaris	C. quinoa	S. oleracea
accD	+	+	+	+
atpA	+	+	+	+
atpB	+	−	+	+
atpE	+	+	+	+
atpF	+	+	+	+
atpH	+	+	+	+
atpI	+	+	+	+
ccsA	+	+	+	−
cemA	+	+	+	+
clpP	+	+	+	+
infA	+	+	+	+
matK	+	+	+	−
nad2	−	+	−	−
ndhA	+	+	+	+
ndhB	+	++	++	++
ndhC	+	+	+	+
ndhD	+	+	+	+
ndhE	+	+	+	+
ndhF	+	+	+	+
ndhG	+	+	+	+
ndhH	+	+	+	+
ndhI	+	+	+	+
ndhJ	+	+	+	+
ndhK	+	+	+	+
petA	+	+	+	+
petB	−	+	+	+
petD	+	+	+	+
petG	+	+	+	+
petL	+	+	+	+
petN	+	+	+	−
psaA	+	+	+	+
psaB	+	−	+	+
psaC	+	+	+	+
psaI	+	+	+	+
psaJ	+	+	+	+
psbA	+	+	+	+
psbB	+	−	+	+
psbC	+	+	+	+
psbD	+	+	+	+
psbE	+	+	+	+
psbF	+	+	+	+
psbH	+	+	+	+
psbI	+	+	+	+
psbJ	+	+	+	+
psbK	+	+	+	+
psbL	−	+	+	+
psbM	+	+	+	+
psbN/pbf1	+	+	+	+
psbT	+	+	+	+
psbZ	+	+	+	−
psi	−	+	−	−
rbcL	+	+	+	+
rpl14	+	+	+	+
rpl16	++	+	+	+
rpl2	+	++	++	+
rpl20	+	+	+	+
rpl22	+	+	+	+
rpl23	−	++	++	−
rpl32	+	+	+	+
rpl33	++	+	+	+
rpl36	−	−	+	+
rpoA	+	+	+	+
rpoB	+	+	+	+
rpoC1	+	+	+	+
rpoC2	+	+	+	+
rps2	+	+	+	+
rps12	++	−	++	++
rps14	−	+	+	+
rps15	+	+	+	+
rps16	+	+	+	+
rps18	+	+	+	+
rps19	−	+	+	+
rps2	+	+	+	+
rps3	+	+	+	+
rps4	+	+	+	+
rps7	+	++	++	++
rps8	+	+	+	+
ycf1	−	++	+	+
ycf2	−	++	++	+
ycf3	−	+	+	++
ycf4	+	+	+	+
ycf5	−	−	−	+
ycf6	−	−	−	+
ycf9	−	−	−	+
tRNA-Ala	++	++	++	++
tRNA-Arg	+++	+++	+++	+++
tRNA-Asn	++	++	++	++
tRNA-Asp	+	+	+	+
tRNA-Cys	+	+	+	+
tRNA-Gln	+	+	+	+
tRNA-Glu	+	+	+	+
tRNA-Gly	+	++	+	++
tRNA-His	+	+	+	+
tRNA-Ile	−	++++	−	++++
tRNA-Leu	+++	++++	+++	++++
tRNA-Lys	−	+	−	+
tRNA-Met	++++	++	++++	++
tRNA-Phe	+	+	+	+
tRNA-Pro	+	+	+	+
tRNA-Ser	+++	+++	+++	+++
tRNA-Thr	++	++	++	++
tRNA-Trp	+	+	+	+
tRNA-Tyr	+	+	+	+
tRNA-Val	++	+++	++	+++
rrn4.5	++	++	++	++
rrn16	++	++	++	++
rrn23	++	++	++	++
rrn5	++	++	++	++

⁺The number of copies of a gene present in each chloroplast genome.

⁻The absence of a gene.