Skip to main content
. 2019 Jan 15;9:721. doi: 10.3389/fgene.2018.00721

Table 1.

Candidates of PIP4K2A related DNA-dependent transcriptional regulatory genes in different dataset of B-ALL.

Probe ID 202098_s_at 202449_s_at 204529_s_at 205038_at 209107_x_at 209930_s_at 210249_s_at 212330_at 212331_at 216241_s_at 43544_at
Gene PRMT2 RXRA TOX IKZF1 NCOA1 NFE2 NCOA1 TFDP1 RBL2 TCEA1 MED16
GSE7440 (n = 99) p-Value 7.49 × 10-10 7.10 × 10-13 8.58 × 10-7 4.89 × 10-5 1.69 × 10-10 2.64 × 10-9 2.93 × 10-13 2.94 × 10-12 8.99 × 10-10 8.56 × 10-8 3.64 × 10-11
Coefficient 0.64 0.61 0.33 0.38 0.84 0.38 0.92 0.51 0.58 0.65 0.74
se 0.09 0.07 0.06 0.09 0.12 0.06 0.11 0.06 0.09 0.11 0.10
Adjusted r2 0.32 0.41 0.21 0.15 0.34 0.30 0.42 0.39 0.32 0.25 0.36
GSE10255 (n = 161) p-Value 0.01 0.01 7.56 × 10-4 0.03 4.10 × 10-3 4.80 × 10-15 1.84 × 10-3 1.35 × 10-3 4.50 × 10-3 3.65 × 10-3 9.86 × 10-9
Coefficient 0.40 0.20 0.16 0.26 0.57 0.26 0.51 0.15 0.37 0.49 0.72
se 0.15 0.08 0.05 0.12 0.20 0.03 0.16 0.05 0.13 0.17 0.12
Adjusted r2 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.32 0.05 0.06 0.04 0.05 0.18
GSE10792 (n = 160) p-Value 5.74 × 10-7 0.01 0.02 0.03 0.02 1.67 × 10-3 0.04 8.94 × 10-7 6.12 × 10-4 2.96 × 10-3 5.79 × 10-4
Coefficient 0.53 0.22 0.16 0.33 0.48 0.24 0.44 0.29 0.64 0.84 0.51
se 0.10 0.08 0.07 0.14 0.21 0.07 0.21 0.06 0.18 0.28 0.14
Adjusted r2 0.26 0.07 0.05 0.05 0.05 0.11 0.04 0.26 0.13 0.10 0.13
GSE11877 (n = 207) p-Value 4.93 × 10-9 1.65 × 10-3 2.19 × 10-3 1.03 × 10-6 1.02 × 10-4 1.60 × 10-5 1.21 × 10-4 2.24 × 10-3 8.65 × 10-13 1.96 × 10-4 2.71 × 10-7
Coefficient 0.39 0.17 0.17 0.33 0.49 0.15 0.46 0.20 0.59 0.43 0.34
se 0.06 0.05 0.05 0.07 0.12 0.03 0.12 0.06 0.08 0.11 0.06
Adjusted r2 0.15 0.04 0.04 0.11 0.07 0.08 0.07 0.04 0.22 0.06 0.12
GSE13351 (n = 107) p-Value 4.53 × 10-9 3.81 × 10-4 3.94 × 10-3 1.02 × 10-3 1.80 × 10-5 1.89 × 10-6 3.54 × 10-5 1.72 × 10-3 3.46 × 10-12 4.43 × 10-5 9.53 × 10-6
Coefficient 0.58 0.24 0.19 0.31 0.91 0.28 0.82 0.20 0.67 0.58 0.45
se 0.09 0.07 0.07 0.09 0.20 0.06 0.19 0.06 0.08 0.14 0.10
Adjusted r2 0.31 0.12 0.08 0.10 0.18 0.22 0.16 0.09 0.41 0.16 0.19
GSE13425 (n = 190) p-Value 9.14 × 10-5 1.01 × 10-6 5.30 × 10-3 1.18 × 10-3 2.07 × 10-4 2.99 × 10-3 3.79 × 10-3 5.78 × 10-3 1.32 × 10-6 3.31 × 10-4 1.47 × 10-3
Coefficient 0.36 0.39 0.25 0.31 0.66 0.18 0.52 0.20 0.54 0.54 0.33
se 0.09 0.08 0.09 0.09 0.17 0.06 0.18 0.07 0.11 0.15 0.10
Adjusted r2 0.09 0.14 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.14 0.08 0.06
GSE33315 (n = 575) p-Value 4.32 × 10-17 9.08 × 10-5 3.21 × 10-3 1.88 × 10-9 1.38 × 10-12 1.32 × 10-26 8.79 × 10-14 3.64 × 10-16 1.81 × 10-23 8.81 × 10-11 5.83 × 10-21
Coefficient 0.56 0.16 0.11 0.34 0.75 0.22 0.67 0.24 0.68 0.57 0.60
se 0.06 0.04 0.04 0.05 0.10 0.02 0.09 0.03 0.06 0.09 0.06
Adjusted r2 0.13 0.03 0.02 0.07 0.10 0.21 0.11 0.13 0.19 0.08 0.17
GSE635 (n = 173) p-Value 2.01 × 10-6 1.38 × 10-4 5.41 × 10-7 0.02 3.65 × 10-3 1.23 × 10-3 2.97 × 10-3 2.86 × 10-3 3.44 × 10-5 6.07 × 10-5 1.01 × 10-3
Coefficient 0.41 0.28 0.29 0.20 0.51 0.14 0.49 0.18 0.44 0.64 0.30
se 0.08 0.07 0.05 0.09 0.17 0.04 0.16 0.06 0.10 0.16 0.09
Adjusted r2 0.12 0.08 0.13 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.09 0.08 0.06