Table 5.
Loss event of chloroplast tRNA in plants
| tRNA Gene ID | Species | tRNA | Anti-codon | Lost in Species |
|---|---|---|---|---|
| NC_002762.1 | T. aestivum | Val | GAC | Z. mays |
| NC_008602.1 | S. bicolor | Val | GAC | Z. mays, T. aestivum |
| NC_006084.1 | S. officinarum | Val | GAC | Z. mays, S. bicolor, T. aestivum |
| NC_001320.1 | O. sativa | Val | GAC | O. nivara |
| 3782 | O. sativa | Val | GAC | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6258 | O. nivara | Val | GAC | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6217 | O. nivara | Val | GAC | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6160 | O. nivara | Val | UAC | O. sativa |
| 2026 | Z. mays | Val | UAC | S. bicolor |
| NC_002762.1 | T. aestivum | GAC | ||
| 6601 | S. officinarum | UAC | ||
| 6160 | O. nivara | UAC | ||
| 2085 | Z. mays | Ala | UGC | S. bicolor |
| 6221 | O. nivara | Ala | UGC | |
| 5101 | T. aestivum | Ala | UGC | |
| 5076 | T. aestivum | Ala | UGC | |
| 6691 | S. officinarum | Ala | UGC | |
| 6662 | S. officinarum | Ala | UGC | |
| 3815 | O. sativa | Ala | UGC | |
| 3786 | O. sativa | Ala | UGC | |
| 6221 | O. nivara | Ala | UGC | |
| 2114 | Z. mays | Ala | UGC | |
| 6253 | O. nivara | Ala | UGC | |
| 2085 | Z. mays | Ala | UGC | O. sativa |
| 6221 | O. nivara | UGC | ||
| 5076 | T. aestivum | Ala | UGC | Z. mays, O. nivara, O. sativa |
| 6662 | S. officinarum | Ala | UGC | Z. mays, O. sativa, O. nivara, T. aestivum |
| 3815 | O. sativa | Ala | UGC | O. nivara, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3786 | O. sativa | Ala | UGC | O. nivara, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6221 | O. nivara | Ala | UGC | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 2114 | Z. mays | Ala | UGC | O. sativa, O. nivara, S. officinarum, T. aestivum |
| 6253 | O. nivara | Ala | UGC | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| NC_001320.1 | O. sativa | Thr | GGU | O. nivara |
| 6132 | O. nivara | Thr | GGU | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 1998 | Z. mays | Thr | GGU | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum |
| NC_001320.1 | O. sativa | Thr | UGU | O. nivara |
| 6154 | O. nivara | Thr | UGU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3729 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara |
| 6161 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| NC_001320.1 | O. sativa | Asp | GUC | O. nivara |
| 6135 | O. nivara | Asp | GUC | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum |
| 6115 | O. nivara | Lys | UUU | O. sativa |
| 5075 | T. aestivum | Ile | GAU | Z. mays |
| 6660 | S. officinarum | Ile | GAU | T. aestivum, Z. mays |
| 3816 | O. sativa | Ile | GAU | O. nivara |
| 3784 | O. sativa | Ile | GAU | O. nivara, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6255 | O. nivara | Ile | GAU | O. sativa |
| 6219 | O. nivara | Ile | GAU | O. sativa, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6556 | S. officinarum | Lys | UUU | S. bicolor |
| 6115 | O. nivara | Lys | UUU | |
| 1982 | Z. mays | Lys | UUU | |
| 4982 | T. aestivum | Lys | UUU | |
| 2116 | Z. mays | Ile | GAU | |
| 2083 | Z. mays | Ile | GAU | |
| 5102 | T. aestivum | Ile | GAU | |
| 5075 | T. aestivum | Ile | GAU | |
| 6693 | S. officinarum | Ile | GAU | |
| NC_006084.1 | S. officinarum | Ile | GAU | |
| 3816 | O. sativa | Ile | GAU | |
| 3784 | O. sativa | Ile | GAU | |
| 6255 | O. nivara | Ile | GAU | |
| 6219 | O. nivara | Ile | GAU | |
| 3723 | O. sativa | Leu | UAA | O. nivara |
| 6155 | O. nivara | Leu | UAA | O. sativa, S. officinarum |
| NC_001320.1 | O. sativa | Ser | UGA | O. nivara |
| 6125 | O. nivara | Ser | UGA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3686 | O. sativa | Ser | UGA | O. nivara |
| 6121 | O. nivara | Ser | GCU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3720 | O. sativa | Ser | GGA | O. nivara |
| 6152 | O. nivara | Ser | GGA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3748 | O. sativa | Pro | UGG | O. nivara |
| 6178 | O. nivara | Pro | UGG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3683 | O. sativa | Gln | UUG | O. nivara |
| 6118 | O. nivara | Gln | UUG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6178 | O. nivara | Gln | UGG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 5066 | T. aestivum | His | GUG | Z. mays |
| NC_008602.1 | S. bicolor | His | GUG | Z. mays, T. aestivum |
| NC_006084.1 | S. officinarum | His | GUG | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
| 3833 | O. sativa | His | GUG | O. nivara |
| 3770 | O. sativa | His | GUG | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6275 | O. nivara | His | GUG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6129 | O. nivara | Gly | UCC | O. sativa |
| 3701 | O. sativa | Glu | UUC | O. nivara |
| 6133 | O. nivara | Glu | UUC | O. sativa, T. aestivum |
| 3694 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara |
| 6128 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 5015 | T. aestivum | Met | CAU | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, Z. mays |
| 5080 | T. aestivum | Arg | ACG | Z. mays |
| 20,473 | S. bicolor | Arg | ACG | T. aestivum, Z. mays |
| NC_006084.1 | S. officinarum | Arg | ACG | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
| NC_001320.1 | O. sativa | Arg | ACG | O. nivara |
| 3790 | O. sativa | Arg | ACG | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, Z. mays |
| 6249 | O. nivara | Arg | ACG | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3724 | O. sativa | Phe | GAA | O. nivara |
| 6156 | O. nivara | Phe | GAA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3706 | O. sativa | Cys | GCA | O. nivara |
| 6138 | O. nivara | Cys | GCA | O. sativa, T. aestivum |
| 5069 | T. aestivum | Met | CAU | Z. mays |
| NC_008602.1 | S. bicolor | Met | CAU | T. aestivum, S. bicolor |
| NC_006084.1 | S. officinarum | Met | CAU | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
| 3828 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara |
| 3774 | O. sativa | Met | CAU | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6270 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6206 | O. nivara | Met | CAU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6134 | O. nivara | Tyr | GUA | O. sativa |
| 3702 | O. sativa | Tyr | GUA | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 5081 | T. aestivum | Asn | GUU | Z. mays |
| NC_008602.1 | S. bicolor | Asn | GUU | T. aestivum, Z. mays |
| NC_006084.1 | S. officinarum | Asn | GUU | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
| 3809 | O. sativa | Asn | GUU | O. nivara |
| 3792 | O. sativa | Asn | GUU | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6247 | O. nivara | Asn | GUU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6228 | O. nivara | Asn | GUU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3715 | O. sativa | Arg | UCU | O. nivara |
| 6147 | O. nivara | Arg | UCU | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 3747 | O. sativa | Trp | CCA | O. nivara |
| 6177 | O. nivara | Trp | CCA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 5070 | T. aestivum | Leu | CAA | Z. mays |
| NC_008602.1 | S. bicolor | Leu | CAA | T. aestivum, Z. mays |
| NC_006084.1 | S. officinarum | Leu | CAA | S. bicolor, T. aestivum, Z. mays |
| 3825 | O. sativa | Leu | CAA | O. nivara |
| 3777 | O. sativa | Leu | CAA | O. nivara, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6263 | O. nivara | Leu | CAA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 6212 | O. nivara | Leu | CAA | O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum, Z. mays |
| 2124 | Z. mays | Leu | CAA | O. nivara, O. sativa, S. bicolor, S. officinarum, T. aestivum |