Table 2.

Genome proportions of different repeat classes and superfamilies in Solanum species

			cph	cmm	chc	phu	tbr	etu	neo	per	arc	pen	pim	hab	lyc
Repeats		Lineage/class
LTR retroelements			0.118	0.135	0.123	0.087	0.072	0.106	2.127	1.913	1.819	2.310	1.872	1.967	1.993
	Ty1/Copia		0.069	0.124	0.139	0.067	0.068	0.108	0.170	0.180	0.177	0.215	0.232	0.210	0.225
		Maximus-SIRE	0.075	0.128	0.123	0.131	0.152	0.087	0.576	0.530	0.535	0.544	0.547	0.627	0.605
		Angela	0.048	0.019	0.014	0.005	0.010	0.005	0.009	0.008	0.007	0.015	0.011	0.007	0.008
		Tork	0.185	0.247	0.248	0.175	0.231	0.190	1.153	1.261	1.188	1.004	0.983	1.077	1.104
		Ale	0.177	0.152	0.172	0.186	0.209	0.080	0.156	0.137	0.158	0.167	0.149	0.141	0.155
		Ivana	0.014	0.017	0.010	0.011	0.010	0.021	0.115	0.092	0.090	0.101	0.125	0.097	0.107
		Bianca	0.201	0.274	0.250	0.114	0.181	0.244	0.600	0.588	0.512	0.646	0.686	0.688	0.708
		TAR	0.647	0.871	0.772	0.526	0.609	0.676	1.253	1.166	1.166	1.044	1.273	1.264	1.229
	Total Ty1/Copia		1.416	1.834	1.727	1.214	1.470	1.411	4.031	3.961	3.834	3.736	4.007	4.112	4.141
	Ty3/Gypsy		3.627	4.536	4.414	5.146	5.412	3.748	3.151	2.948	2.760	3.731	2.733	3.111	2.900
		Chromoviruses	8.392	13.29	13.45	16.22	17.02	14.94	9.558	16.34	12.48	10.70	10.09	10.61	11.39
		Ogre	0.386	0.505	0.523	0.918	0.840	0.214	0.513	0.522	0.506	0.415	0.456	0.540	0.504
		Athila	1.260	2.922	3.403	4.412	4.418	1.980	4.746	3.946	4.846	4.099	3.397	4.794	3.868
	Total Ty3/Gypsy		13.67	21.26	21.79	26.70	27.45	20.88	17.97	23.76	20.59	18.94	16.67	19.06	18.66
Other	Caulimovirus	(Pararetrovirus)	1.072	1.121	1.017	0.170	0.190	1.991	0.723	0.484	0.576	0.794	0.727	0.529	0.514
	LINE		0.168	0.552	0.458	0.888	1.130	0.033	0.496	0.469	0.394	0.577	0.382	0.440	0.432
	SINE		0.016	0.027	0.020	0.051	0.030	0.016	0.013	0.010	0.011	0.008	0.014	0.012	0.011
	Helitron		<0.001	<0.001	<0.001	<0.001	<0.001	<0.001	0.021	0.024	0.019	0.031	0.015	0.025	0.017
	DNA transposons		0.353	0.390	0.370	0.180	0.160	0.306	0.252	0.265	0.266	0.336	0.393	0.317	0.308
		hAT	0.200	0.237	0.238	0.107	0.109	0.051	0.121	0.130	0.119	0.144	0.175	0.159	0.143
		CACTA	0.134	0.121	0.103	0.098	0.106	0.055	0.091	0.089	0.074	0.109	0.099	0.088	0.092
		Mutator	0.039	0.030	0.032	0.012	0.009	0.022	0.093	0.091	0.090	0.135	0.135	0.106	0.131
		Harbinger	0.022	0.029	0.022	0.013	0.016	0.016	0.036	0.043	0.036	0.029	0.052	0.022	0.040
	Total DNA transp		0.747	0.807	0.765	0.411	0.399	0.450	0.593	0.618	0.585	0.753	0.854	0.691	0.714
	Tandem repeats	rDNA	3.342	0.602	1.837	2.712	2.705	0.892	3.891	1.982	3.090	2.448	1.864	2.476	2.458
		Satellites	1.255	1.056	1.143	5.104	3.741	1.928	5.406	4.864	8.804	5.682	2.959	3.601	2.801
	Total tandem repeats		4.597	1.658	2.980	7.816	6.446	2.820	9.927	6.846	11.894	8.130	4.823	6.077	5.259
Annotated repetitive total			21.80	27.40	28.88	37.33	37.19	27.71	35.27	38.08	39.72	35.28	29.37	32.91	31.74
Unclassified repetitive			0.443	0.591	0.638	0.491	0.626	0.514	3.500	3.291	5.404	3.383	2.037	1.185	1.213
All repetitive total			22.24	27.99	29.52	37.83	37.81	28.23	38.77	41.37	45.12	38.67	31.41	34.10	32.95