Table 3. Variable regions within env gene among SRLV A genotype strains.
HV1 and HV2: hypervariable (HV) region; TM: transmembrane domain within env.
| ENVELOPE REGIONS | HV1 | HV2 | V5 | TM |
|---|---|---|---|---|
| VLVLV1A K1514 | VGNGTITGNCSVTNWDG | NKWTCAARRK--GSRRDSLYIAG-RD | QSYMEAQGENRRS | ELDCWHYQHYCVTS |
| VLVLV1B K1514 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . . . . .TGRK. .Q. . . . . . . .-. . | . . . . . . . .K. . . . | . . . . . . . . . . . . . . |
| NC 001452 kv1772 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . .------K.Q . . .-. . . .-. . | . . . . . . . . . .K. . | . . . . . . . . . . . . . . |
| VLVGAGA_kv1772 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . .------K.Q . . .-. . . .-. . | . . . . . . . . . .K. . | . . . . . . . . . . . . . . |
| VLVCG_Visna/Maedi | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . .------K.Q . . .-. . . .-. . | . . . . .ER. . . . . . | . . . . . . . . . . . . . . |
| VLVCGA_LV1.1 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . .------K.Q . . .-. . . .-. . | . . . . .ER. . . . . . | . . . . . . . . . . . . . . |
| It038.2017 | VGNGTITGNCSVTNWDG | . . . . . .P.WGKG. .--. . . . . . .G.Q | DQ.LKTNKRRK. . | . . . . . . .H.F. . . . |
| AF479638_P1OLV | . . . . .L. . . . . . .D . . . | RQ . . .S. .VG--.TT. . . . . . . .-.N | KA.S.KKKRQPQ- | . . . . . . . . . . . . . . |
| OLVCG_SAOMVV | . . . . . . . . . . . . .D.E. | . . . . . . . .NS--KKK. . . . . . . .-. . | KA.R.KNMR.K. . | . . . . . . . . . . . . . . |
| NC_001511_Ovinelentivirus | . . . . . . . . . . . . .D.E. | . . . . . . . .NS--KKK. . . . . . . .-. . | KA.R.KNMR.K. . | . . . . . . . . . . . . . . |
| It009.2017 | . . . . . . . . . . . . .D . . . | K. . . . . . .AN--DK. . . . . . . . .-.N | N. . . .KNRKKQKR | Q. . . . . . . . . . . . . |
| KT453988_g6221 | I. . . . . . . . . . . . . . . . | .Q. . . . . .TA--.KK. . . . . . . .-. . | . . . .QN.EK.K.A | . . . . . .H. .F. . . . |
| KT453990_s7631 | I. . . . . . . . . . . . . . . . | .Q. . . . . .TA--.E. . . . . . . . .-. . | . . . .QN.EK.K.A | . . . . . .H. .F. . . . |
| KT453989_s7385 | I. . . . . . . . . . . . . . . . | .Q. . . . . .TA--.KK. . . . . . . .-. . | . . . .QN.EK.K.A | . . . . . .H. .F. . . . |
| HQ848062_Ov697 | . . . . .V. . . . . . . . . . . | .T . . .S. .K.--.-. . . . . . . . .-. . | . . .I.S.EK.K. . | . . . . . .H. .F. . . . |
| KY358788_USMARC-199906011-2 | . . . . . . . . . . .A. . . . . | .Q . . .K . . .S--.NKT. . . . . . .-GE | . . . . .T.RRKK. . | . . . . . .H. .F. . . . |
| KY358787_USMARC-200303013-1 | . . . . . . . . . . . .K. . . . | .L. . . .P. .R--.NVT. . . . . . .-GK | K. .I.T.RRKK.A | . . . . . .H. .F. . . . |
| ItVdA.2017 | . . .D. . . . . . . . .D . . . | .E. . . . . .QR--NDK. . . . . . . .-.N | T. .VDQKRGKKKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It024.2017 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . . . . .KEKGKGQQ. . . . . . .-. . | T. .V.QS.KSKNR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It026.2017 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . . . . .K.--KGQQ. . . . . . .-. . | T. .V.QS.K.KNR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It007.2017 | . . . . . . . . . . . . .D . . . | .M. . . . . .QS--.E. . . . . . . . .-.N | TN.V.L.KRRQKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It006.2017 | . . . . . . . . . . . . . . . . . | G. . . . . . .Q.--RDKQ. . . . . . .-.N | T. .V.QN.KKKKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It005.2017 | . . .N. . . . . . . . .D . . . | . . . . . . . .KQ--EEQW. . . . . . .-.N | T. .I.Q.KGKKKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It002.2017 | K. . . . . . .A.N. . . . . . | .R. . . . . .Q.--DG. . . . . . . . .-.N | T. . . .QTRGKKKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It025.2017 | . . .N. . . . . . . . . . . . . | D. . . . . . .QN--NEAQ. . . . . . .-.N | TA.V.Q.-KRKKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It003.2017 | A. .N. . . . . . . . .D . . . | S. . . . .E.Q.--ENKT. .V. . . .-.E | T. .V.Q.TRKKKR | . . . . . . . . .F. . . . |
| It004.2017 | . . .D. . . . . . . . .D . . . | RH. . . .E.QR--.NKT. .V. . . .-.E | A. .V.Q.TRKK.R | . . . . . . . . .F. . . . |