TABLE 3.
Consensus variant analysis of 226 variant viruses in directly inoculated and direct-contact quaila
| Group/day | Quail identifier(s) | Sequence |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PB2 | PB1 | PA | HAb | NP | NA | M1 | M2 | NS1 | NEP | ||
| var+LQ | |||||||||||
| 3 dpi | Q13–Q18 | L226 | |||||||||
| 5 dpi | Q13 | I226 | |||||||||
| Q14 | K26E | L226 | |||||||||
| Q15 | K26E | L226 | |||||||||
| Q16 | L226 | ||||||||||
| Q17 | L226 | ||||||||||
| Q18 | L226 | ||||||||||
| 4 dpc | Q55 | H357Y | K26E | L226 | |||||||
| Q56 | K26E | N21T L226 | |||||||||
| Q57 | D619N | K26E | L226 | ||||||||
| Q58 | K26E | L226 D368E | |||||||||
| Q59 | L226 | ||||||||||
| Q60 | D619N | K26E | L226 | ||||||||
| 8 dpc | Q58 | K26E | L226 D368E | ||||||||
| Q59 | K26E | L226 | |||||||||
| Q60 | D619N | K26E | L226 | N127H | |||||||
| var+L | |||||||||||
| 3 dpi | Q1–Q6 | L226 | |||||||||
| 5 dpi | Q1–Q6 | L226 | |||||||||
| 4 dpc | Q43 | K26E | L226 | T91A | |||||||
| Q44 | L226 | ||||||||||
| Q45 | L226 | ||||||||||
| Q46 | L226 | ||||||||||
| Q47 | K26E | L226 | |||||||||
| Q48 | T303A | T204A | M226 | N46K, ΔQ47_P50 | |||||||
| 8 dpc | Q46 | K26E | L226, A325S | A131S | |||||||
| Q47 | K26E | L226 | |||||||||
| Q48 | K26E | L226, A325S | N46K, ΔQ47_P50 | ||||||||
| var+Q | |||||||||||
| 3 dpi | Q49 | L226 | |||||||||
| Q50 | M226 | ||||||||||
| Q51 | L226 | ||||||||||
| Q52 | I226 | ||||||||||
| Q53 | M226 | ||||||||||
| Q54 | L226 | ||||||||||
| 5 dpi | Q49 | K26E | L226 | ||||||||
| Q50 | Q226 | ||||||||||
| Q51 | K26E | L226 | |||||||||
| Q52 | K26E | M226 | |||||||||
| Q53 | K26E | L226 | |||||||||
| Q54 | L226 | ||||||||||
| 4 dpc | Q31 | K26E | L226 | ||||||||
| Q32 | K26E | L226 | |||||||||
| Q33 | K26E | L226 | |||||||||
| Q34 | K26E, E327K | Q226 | |||||||||
| Q35 | K26E | Q226 | |||||||||
| Q36 | K26E | Q226 | |||||||||
| 8 dpc | Q34 | K26E | L226 | ||||||||
| Q35 | K26E | Q226 | |||||||||
| Q36 | K26E | L226 | |||||||||
| varΔLQ | |||||||||||
| 3 dpi | Q25–Q30 | M226 | |||||||||
| 5 dpi | Q25 | L226 | |||||||||
| Q26 | T135I P186T V226 | ||||||||||
| Q27 | N642V | F226 G228A | |||||||||
| Q28 | T204A | M226 | M33I | ||||||||
| Q29 | M226 | ||||||||||
| Q30 | V226 | ||||||||||
| 4 dpc | Q7 | I226 | N82S | ||||||||
| Q8 | K26E | M226 | |||||||||
| Q9 | I226 | ||||||||||
| Q10 | M226 | T383M | |||||||||
| Q11 | N642V | F226 G228A | |||||||||
| Q12 | F226 | ||||||||||
| 8 dpc | Q10 | M226 | T383M | ||||||||
| Q11 | N642V | N226 | |||||||||
| Q12 | T400I | L226 | |||||||||
a
Only the consensus variant sequence is shown. A variant is identified to be different from the consensus sequence of wild-type WF10 virus. Minor variants are omitted from the table.
b
Amino acids 226, 325, and 368 with H3 numbering (amino acids 216, 316, and 359 with H9 numbering).