Table 2. The presence Bifidobacterium sp. and Lactobacillus sp. in five in-house metagenomes detected by three different programs.

Species	PhymmBL	MetaPhLAn2	TAGMA
RM1
B. adolescentis	+	+	+
B. bifidum	+	+	+
B. longum	+	+	+
B. breve	–	–	+
L. rhamnosus	–	–	+
RM2
B. adolescentis	+	+	+
B. angulatum	–	+	+
B. bifidum	+	+	+
B. longum	+	+	+
B. breve	+	–	+
B. dentium	+	–	–
L. delbrueckii	+	–	–
L. fermentum	+	–	–
L. salivarius	+	–	–
RM3
B. adolescentis	+	+	+
B. bifidum	+	–	–
B. breve	+	–	+
B. catenulatum	–	+	–
B. dentium	+	–	–
B. longum	+	+	+
B. pseudocatenulatum	–	+	+
B. kashiwanohense	–	–	+
RM4
B. adolescentis	+	+	+
B. bifidum	+	+	+
B. longum	+	+	+
L. fermentum	+	–	–
L. rhamnosus	–	–	+
RM5
B. adolescentis	+	+	+
B. animalis	+	–	–
B. bifidum	+	–	–
L. ruminis	+	+	+
L. fermentum	+	–