Skip to main content
. 2019 Jan 24;11(2):95. doi: 10.3390/v11020095

Table 3.

Taxonomic characterization of South Scotia Ridge (SSR) viromes and twenty previously published viromes as determined by the indicated BLAST comparison to viral Refseq (E-value < 10−3).

Virome MetaVir
ID.
Total Sequenced
Reads
Viral
Hits (%)
Relative Abundance (%)
dsDNA Viruses, No RNA Stage RNA ssDNA Satellite Virophage
Ackermann Baculo Myo Podo Sipho Herpes Irido Mimi Papilloma Phycodn Polyom Pox Others Circo Gemini Ino Micro Nano Others
Antar Lake Spring 10 41,322 20.51 0 0 0.05 0.06 0.22 0 0 0 0 0.01 0 0 0.03 0.14 22.00 0.27 0.03 3.45 0.22 23.39 6.82 0
Antar Lake Summer 11 38,475 22.07 0 0.01 0.32 0.30 0.72 0.03 0.01 0.38 0 1.57 0.02 0.09 0.20 0.40 61.96 0.49 0.11 1.31 0.93 15.52 3.20 0.19
Lake Pavin 6 649,290 25.04 0 0 1.60 1.29 6.73 0.01 0.01 0.01 0 0.06 0.01 0.02 0.85 28.04 6.02 0.07 0.12 1.79 0.06 17.07 0.93 0.25
Lake Bourget 7 593,084 37.46 0.01 0 2.30 2.98 11.56 0.02 0.01 0.01 0 0.14 0.02 0.06 1.86 0.28 1.77 0.03 0.01 60.35 0.32 1.99 0.36 0.20
Tilapia Channel 33 264,844 9.18 0.03 0.02 5.40 11.42 11.84 0.04 0.03 0.04 0 0.09 0.06 0 2.77 0.02 19.89 13.46 0.42 8.26 0.16 12.31 3.80 0.03
Lough Neagh 4925 2,295,055 24.65 0.14 0.08 10.96 32.59 36.71 0.11 0.08 0.02 0.06 0.38 0.05 0.31 16.11 0.32 0.01 0.03 0.16 0.04 0 0.39 0 0.13
Jiulong River Estuary 6305 498,957 31.40 0.05 0.06 14.67 32.36 34.80 0.12 0.04 0.11 0.02 0.79 0.16 0.49 13.58 0.27 0 0.01 0.11 0.01 0.01 0.22 0.31 0.14
GS117 1479 480,375 38.80 0.04 0.03 16.50 35.59 27.05 0.06 0.04 0.06 0.01 0.53 0.06 0.44 17.59 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.32 0.28
M1CS 1440 303,519 32.93 0.05 0.03 10.92 28.08 48.75 0.09 0.06 0.06 0.02 0.47 0.07 0.15 9.85 0.11 0.03 0.01 0.01 0 0.04 0.11 0.29 0.11
Dunk Island 1357 1,165,256 3.61 0.01 0.02 12.61 40.74 21.80 0.19 0.04 0.04 0.06 0.36 0.04 0.15 22.43 0.09 0 0.05 0.02 0 0 0.07 0.53 0.20
Fitzroy Island 1358 82,739 32.66 0.02 0.05 13.33 48.00 17.30 0.04 0.05 0.05 0.06 0.44 0.12 0.01 19.36 0.20 0 0.04 0.04 0 0 0.09 0 0.29
LA26S 1396 165,256 28.45 0.04 0.17 15.51 44.05 24.32 0.08 0.10 0.11 0.02 1.17 0.27 0.27 11.76 0.10 0 0.02 0.07 0 0 0.21 0.76 0.19
D39s -- 17,667,185 11.97 0.09 0.06 28.33 41.90 11.92 0.03 0.33 0.16 0 3.57 0.05 0.14 7.04 0.04 0.01 0 0.07 0 0 0.10 0 2.00
DA4s -- 19,101,812 5.09 0.06 0.22 22.91 48.68 13.37 0.05 0.41 0.22 0 2.21 0.06 0.22 6.33 0.10 0.11 0 0.10 0.10 0 0.07 0 0.58
DA4b -- 18,192,635 13.87 0.10 0.05 29.46 42.14 14.08 0.02 0.26 0.10 0 1.32 0.01 1.13 6.44 0.05 0.01 0 0.09 0.04 0 0.07 0 0.19
Sargasso Sea 12 397,939 11.80 0.01 0 2.20 6.32 2.48 0 0.02 0.02 0 0.08 0.04 0 2.88 0.01 14.21 0 0 43.69 0.03 24.83 0.60 0.01
Arctic Vir 15 686,209 1.30 0.04 0.04 9.91 9.63 23.14 0.54 0.08 0.25 0.05 1.24 1.37 0.76 3.19 0.99 0.64 0.04 5.18 0 0 1.88 16.07 0.06
Arctic Ocean 1158 79,646 14.15 0 0 0.12 0.12 0.39 0 0 0.01 0 0.03 0.01 0.02 0.09 0.32 63.14 0.09 0.16 2.17 0.19 13.93 4.25 0
Black Sea 1155 78436 16.47 0 0 0.05 0.03 0.08 0 0 0 0 0.02 0 0.01 0.02 0.12 56.33 0.60 0.01 0.88 0.17 14.24 5.79 0
Med Sea 1161 65,340 16.13 0 0.01 2.29 0.82 2.49 0.04 0.05 0.02 0.01 0.16 0.04 1.58 0.35 0.29 21.05 0 0 59.09 0 2.96 7.51 0
OMZst3viral10m 897 128,441 15.56 0.01 0.01 2.90 4.00 2.12 0.01 0.02 0.04 0 0.40 0.03 0.06 1.07 0.08 60.79 0 0.03 6.49 0.13 14.89 1.88 0.16
Antar hypolith 2726 1,057,535 12.74 0.01 0.01 1.31 1.47 7.15 0.13 0.01 0 0.05 0.02 0.03 0.02 0.36 0.13 0.03 0 0.21 88.42 0 0.25 0.09 0
Antar open soil 2727 870,687 16.99 0.08 0.05 9.25 4.96 16.74 0.29 0.05 0.03 0.06 0.24 0.05 0.09 3.10 0.43 0.01 0 0.03 63.28 0 0.40 0.07 0