Table 3.
Nucleotide sequence variations in the LCR of HPV16 (n = 95)
| n = 95 | LCR base sites | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| HPV16: | T | A | A | C | A | A | C | A | C | T | A | T | T | G | T | |
| 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | ||
| 1 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 6 | 7 | ||
| Variants: | 9 | 3 | 5 | 6 | 8 | 8 | 0 | 2 | 9 | 0 | 1 | 3 | 4 | 9 | 1 | |
| 9 | 1 | 3 | 8 | 5 | 7 | 8 | 3 | 3 | 4 | 7 | 8 | 7 | 9 | 1 | ||
| C | C | G | T | C | C | T | C | T | G | G | G | C | A | G | ||
| E reference: | T | A | A | C | A | A | C | A | C | T | A | T | T | G | T | |
| AA: | T | C | A | C | A | A | C | A | T | T | A | T | T | G | T | |
| As: | C | C | A | T | C | C | C | A | C | T | A | T | T | G | T | |
| Af: | T | A | A | C | A | A | C | A | C | T | A | T | T | G | T | |
| Mutation: | 16 | 2 | 1 | 16 | 16 | 11 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | 1 | 39 | 3 | 16 | |
| Ep-350T | 16 | |||||||||||||||
| Ep-350T | 2 | |||||||||||||||
| Ep | 2 | |||||||||||||||
| Ep | 1 | |||||||||||||||
| Ep | 1 | C | ||||||||||||||
| Ep | 1 | C | T | T | ||||||||||||
| Ep | 1 | |||||||||||||||
| E-T7711G | 15 | G | ||||||||||||||
| E-T7711G | 1 | G | G | |||||||||||||
| E-T7447C | 27 | C | ||||||||||||||
| E-T7447C | 7 | C | ||||||||||||||
| E-T7447C | 3 | C | A | |||||||||||||
| E-T7447C | 1 | C | ||||||||||||||
| E-T7447C | 1 | C | ||||||||||||||
| As | 9 | C | T | C | C | G | ||||||||||
| As | 2 | C | T | C | ||||||||||||
| As | 2 | C | T | C | ||||||||||||
| As | 1 | C | T | C | C | C | ||||||||||
| As | 1 | C | G | T | C | C | ||||||||||
| As | 1 | C | T | C | G | |||||||||||
| n = 95 | LCR base sites | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| HPV16: | A | T | G | G | T | G | C | G | G | A | ||||||
| 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | 7 | C | C | A | C | |||
| 7 | 7 | 7 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 1 | 2 | 4 | 7 | |||
| Variants: | 2 | 7 | 9 | 0 | 2 | 3 | 3 | 3 | 6 | 7 | 3 | 4 | 1 | 3 | ||
| 7 | 8 | 6 | 3 | 4 | 1 | 7 | 9 | 6 | 1 | T | T | C | T | |||
| C | C | A | A | C | C | T | A | A | G | |||||||
| E reference: | A | T | G | G | T | G | C | G | G | A | C | C | A | C | ||
| AA: | A | T | G | G | T | G | C | G | G | A | C | C | A | C | ||
| As: | C | C | G | G | T | G | C | A | G | A | C | T | A | C | ||
| Af: | A | T | G | G | T | T | C | G | A | A | C | C | A | C | ||
| Mutation: | 16 | 1 | 3 | 1 | 3 | 1 | 1 | 16 | 7 | 2 | 3 | 16 | 2 | 2 | ||
| Ep-350T | 16 | |||||||||||||||
| Ep-350T | 2 | T | ||||||||||||||
| Ep | 2 | C | T | C | ||||||||||||
| Ep | 1 | C | ||||||||||||||
| Ep | 1 | |||||||||||||||
| Ep | 1 | |||||||||||||||
| Ep | 1 | C | ||||||||||||||
| E-T7711G | 15 | |||||||||||||||
| E-T7711G | 1 | |||||||||||||||
| E-T7447C | 27 | |||||||||||||||
| E-T7447C | 7 | A | ||||||||||||||
| E-T7447C | 3 | A | ||||||||||||||
| E-T7447C | 1 | A | ||||||||||||||
| E-T7447C | 1 | T | ||||||||||||||
| As | 9 | C | A | T | ||||||||||||
| As | 2 | C | A | G | T | |||||||||||
| As | 2 | C | A | T | ||||||||||||
| As | 1 | C | T | A | T | |||||||||||
| As | 1 | C | C | A | T | |||||||||||
| As | 1 | C | A | T | ||||||||||||
Bolditalic are the most common mutation sites
Ep European prototype, AA Asian American lineage, As Asia lineage, Af African lineage