Table 2.
Species | Number of cox1retrotransposons | Freestanding within an intron | Reading frame fused with the intron |
---|---|---|---|
Alectoria fallacina | 6 | 3 | 3 |
Arthonia ruana | 4 | 1 | 3 |
Arthonia susa | 0 | 0 | 0 |
Bacidia sp. | 0 | 0 | 0 |
Cladonia apodocarpa | 3 | 0 | 3 |
Cladonia caroliniana | 3 | 1 | 2 |
Cladonia furcata | 3 | 1 | 2 |
Cladonia leporina | 3 | 0 | 3 |
Cladonia petrophila | 4 | 1 | 3 |
Cladonia peziziformis | 0 | 0 | 0 |
Cladonia rangiferina | 3 | 1 | 2 |
Cladonia robbinsii | 2 | 1 | 1 |
Cladonia stipitata | 4 | 1 | 3 |
Cladonia subtenuis | 3 | 0 | 0 |
Cladonia uncialis | 4 | 2 | 2 |
Coccocarpia palmicola | 7 | 3 | 4 |
Gomphillus americanus | 1 | 0 | 1 |
Graphis lineola | 0 | 0 | 0 |
Heterodermia albicans | 3 | 3 | 0 |
Heterodermia appalachensis | 4 | 1 | 3 |
Heterodermia casarettiana | 5 | 1 | 4 |
Heterodermia echinata | 6 | 3 | 3 |
Heterodermia speciosa1 | 5 | 3 | 2 |
Heterodermia speciosa2 | 5 | 3 | 2 |
Heterodermia squamulosa | 3 | 0 | 3 |
Hypogymnia vittata | 0 | 0 | 0 |
Icmadophila ericetorum | 0 | 0 | 0 |
Imshaugia aleurites | 0 | 0 | 0 |
Lecanora cinereofusca | 0 | 0 | 0 |
Lecanora saxigena | 5 | 0 | 5 |
Lepraria oxybapha | 0 | 0 | 0 |
Leptogium hirsutum | 2 | 1 | 1 |
Menegazzia subsimilis | 5 | 1 | 4 |
Opegrapha vulgata | 0 | 0 | 0 |
Parmotrema austrosinense | 4 | 1 | 3 |
Parmotrema cetratum | 8 | 3 | 5 |
Parmotrema crinitum | 4 | 2 | 2 |
Parmotrema diffractaicum | 6 | 2 | 4 |
Parmotrema internexum | 6 | 3 | 3 |
Parmotrema margaritatum | 1 | 0 | 1 |
Parmotrema mellissi | 5 | 3 | 2 |
Parmotrema neotropicum | 6 | 4 | 2 |
Parmotrema stuppeum | 6 | 3 | 3 |
Parmotrema ultralucens | 1 | 0 | 1 |
Pertusaria obruta | 0 | 0 | 0 |
Pertusaria ostiolata | 2 | 1 | 1 |
Pertusaria plittiana | 4 | 3 | 1 |
Pertusaria propinqua | 3 | 1 | 2 |
Phlyctis boliviensis | 0 | 0 | 0 |
Phyllopsora corallina | 3 | 2 | 1 |
Usnea ceratina | 0 | 0 | 0 |
Usnea cornuta | 0 | 0 | 0 |
Usnea halei | 3 | 0 | 3 |
Usnea mutabilis | 1 | 0 | 1 |
Usnea pensylvanica | 1 | 0 | 1 |
Usnea subfusca | 1 | 0 | 1 |
Usnea subgracilis | 0 | 0 | 0 |
Usnea subscabrosa | 1 | 0 | 1 |