Skip to main content
. 2019 Apr 18;10:433. doi: 10.3389/fphys.2019.00433

Table 1A.

LPC-induced 77 circRNAs in HAECs can be classified into 6 groups based on expression change of circRNAs and corresponding (related) mRNAs.

Gene ID Gene circRNAdb ID Readnumber (LPC) Readnumber (Control) Ratio Log(2) ratio FC (mRNA) Index (circRNA exons) Exon count Exon count (genomic)
circRNA expression increased, mRNA expression increased (Shao et al., 2014)
23094 SIPA1L3 hsa_circ_10577   9   2   4.5   2.17 1.12 11,12   2 24
117583 PARD3B N/A   4   1   4   2 1.19 4,5,6,7,8,9,10,11, 12,13,14,15 12 33
116840 CNTROB hsa_circ_09218   4   1   4   2 1.11 13   1 22
circRNA expression decreased, mRNA expression increased (Li et al., 2016a)
2530 FUT8 hsa_circ_02544   1   7   0.14 –2.81 1.2 3   1 15
768211 RELL1 hsa_circ_08846   2 15   0.13 –2.91 1.15 6,5,4   3   8
  51150   SDF4 hsa_circ_21644   1   9   0.11 –3.17 1.15 4,3   2   8
64778 FNDC3B hsa_circ_15231   1 15   0.07 –3.91 1.13 5,6   2 30
circRNA expression increased, mRNA expression unchanged (Huang et al., 2018)
55852 TEX2 hsa_circ_31354 15   1 15   3.91 0.98 7,6,5   3 15
5820 PVT1 hsa_circ_16350   8   1   8   3   2   1   9
51232 CRIM1 hsa_circ_16396 15   2   7.5   2.91 1.03 2,3,4   3 22
1793 DOCK1 hsa_circ_00689   7   1   7   2.81 1.05 2,3,4,5,6,7,8,9,10,11, 12,13,14,15,16,17, 18,19,20,21,22,23 22 56
4670 HNRNPM hsa_circ_20744   7   1   7   2.81 1.01 2,3,4,5   4 16
22937 SCAP hsa_circ_19380   7   1   7   2.81 0.94 8,7,6,5,4   5 25
9341 VAMP3 hsa_circ_18051   7   1   7   2.81 0.94 3,4   2   5
N/A RP11-146B14.1 N/A   6   1   6   2.58 #N/A 12,13,14,15   4
9380 GRHPR hsa_circ_03935   6   1   6   2.58 1.06 2,3,4   3 11
27086 FOXP1 hsa_circ_19469   6   1   6   2.58 1.01 12,11,10,9,8   5 32
64750 SMURF2 hsa_circ_01208   5   1   5   2.32 1.11 10,9,8,7,6   5 19
84456 L3MBTL3 N/A   5   1   5   2.32 1.03 4,5,6,7,8,9,10,11, 12,13,14,15,16, 17,18,19,20,21 18 30
862 RUNX1T1 N/A   5   1   5   2.32 0.99 5,4,3,2   4 20
151050 KANSL1L hsa_circ_06859   5   1   5   2.32 0.96 4,3,2   3 23
11138 TBC1D8 hsa_circ_32540   5   1   5   2.32 0.94 15,14,13,12,11,10   6 25
84328 LZIC hsa_circ_31394   5   1   5   2.32 0.94 4,3,2   3 10
23331 TTC28 hsa_circ_22261   5   1   5   2.32 0.93 3,2   2 29
1456 CSNK1G3 hsa_circ_08140 14   3   4.67   2.22 0.93 2,3,4   3 18
8460 TPST1 hsa_circ_22617   9   2   4.5   2.17 0.98 2,3   2   8
#N/A PRKY hsa_circ_30664   4   1   4   2 N/A 4,5,6,7   4   8
#N/A PCNXL2 hsa_circ_10712   4   1   4   2 N/A 23,22   2
1523 CUX1 hsa_circ_12403   8   2   4   2 1.11 21   1 34
9701 PPP6R2 hsa_circ_07544   4   1   4   2 1.11 2,3   2 29
54919 DNAAF5 N/A   4   1   4   2 1.1 9,10,11   3 14
84293 FAM213A N/A   4   1   4   2 1.06 2,3,4   3   9
7813 EVI5 hsa_circ_11187   4   1   4   2 1.04 19,18,17   3 30
81608 FIP1L1 hsa_circ_18069   4   1   4   2 1.02 11,12,13   3 19
51295 ECSIT hsa_circ_00599   4   1   4   2   1 4,3   2   9
152002 XXYLT1 hsa_circ_02143   4   1   4   2   1 3,2   2 11
6310 ATXN1 hsa_circ_13397   4   1   4   2 0.99 8   1 11
1024 CDK8 hsa_circ_27078   4   1   4   2 0.98 10,11,12   3 14
6259 RYK hsa_circ_26048   4   1   4   2 0.98 13,12,11,10,9,8,7   7 15
92 ACVR2A hsa_circ_04751   4   1   4   2 0.98 2,3,4   3 12
22828 SCAF8 hsa_circ_06913   4   1   4   2 0.98 2,3,4,5,6   5 22
29086 BABAM1 hsa_circ_04303   4   1   4   2 0.96 7,8   2   9
23244 PDS5A hsa_circ_29001   4   1   4   2 0.95 21,20,19,18,17   5 36
7443 VRK1 hsa_circ_08594   4   1   4   2 0.94 2,3,4,5,6,7,8,9,10,11 10 15
8826 IQGAP1 hsa_circ_10932   4   1   4   2 0.93 6,7,8,9   4 39
circRNA expression decreased, mRNA expression unchanged (Li et al., 2016b)
23362 PSD3 hsa_circ_02851 1   7   0.14 –2.81 1.05 8,7,6,5   4 29
55833 UBAP2 hsa_circ_30156   1   7   0.14 –2.81 0.94 12,11,10,9   4 30
10443 N4BP2L2 hsa_circ_12240   1   7   0.14 –2.81 0.93 6,5,4,3   4 22
6904 TBCD hsa_circ_00754   2 15   0.13 –2.91 1.05 14,15,16,17,18,19   6 61
5747 PTK2 hsa_circ_23485   2 15   0.13 –2.91 1.03 5,4,3   3 44
23603 CORO1C hsa_circ_01619   1   9   0.11 –3.17 1.06 8,7   2 20
5917 RARS hsa_circ_21209   1   9   0.11 –3.17 1.01 2,3,4,5   4 15
11174 ADAMTS6 hsa_circ_28538   3 29   0.1 –3.27 1.05 7,6,5,4,3,2   6 33
22955 SCMH1 hsa_circ_12377   1 10   0.1 –3.32 1.09 10,9   2 22
51306 FAM13B hsa_circ_11413   1 10   0.1 –3.32 1.01 10,9,8   3 30
2050 EPHB4 hsa_circ_08510   1 10   0.1 –3.32   1 12,11   2 17
444 ASPH hsa_circ_10828   1 11   0.09 –3.46   1 3,2   2 33
57488 ESYT2 hsa_circ_25060   1 11   0.09 –3.46 0.95 13,12,11,10,9   5 26
10905 MAN1A2 hsa_circ_02643   1 15   0.07 –3.91 1.06 2,3,4,5   4 14
50807 ASAP1 hsa_circ_09642   1 15   0.07 –3.91 0.93 14,13,12,11,10,9   6 37
circRNA expression increased, mRNA expression decreased (Yan et al., 2008)
4649 MYO9A N/A 8   1   8   3 0.75 39,38,37,36,35,34, 33,32,31,30,29,28 12 48
10564 ARFGEF2 N/A   5   1   5   2.32 0.91 5,6,7   3 39
51444 RNF138 hsa_circ_01057   5   1   5   2.32 0.9 3,4   2   8
152006 RNF38 hsa_circ_32756   5   1   5   2.32 0.79 4,3   2 19
23047 PDS5B hsa_circ_01546   4   1   4   2 0.91 2,3   2 38
55719 SLF2 N/A   4   1   4   2 0.9 5,6   2 21
55247 NEIL3 hsa_circ_00262   4   1   4   2 0.84 8,9   2 10
56886 UGGT1 N/A   4   1   4   2 0.78 2,3,4,5,6,7,8,9,10, 11,12,13,14,15,16 15 44
23499 MACF1 N/A   4   1   4   2 0.68 42,43,44,45,46,47, 48,49,50,51,52 11 111
11123 RCAN3 hsa_circ_22201   4   1   4   2 0.67 2   1   7
circRNA expression decreased, mRNA expression decreased (Combadière et al., 2008)
659 BMPR2 hsa_circ_06837 1   7   0.14 –2.81 0.84 2,3   2 13
23253 ANKRD12 hsa_circ_31497   1   7   0.14 –2.81 0.78 2,3,4,5,6,7   6 18
10725 NFAT5 hsa_circ_16704   1   8   0.13 –3 0.64 15   1 19
26057 ANKRD17 hsa_circ_01636   1   9   0.11 –3.17 0.91 29   1 37
55125 CEP192 hsa_circ_26363   1   9   0.11 –3.17 0.85 2,3,4,5,6,7,8,9   8 46
121512 FGD4 hsa_circ_21030   1   9   0.11 –3.17 0.85 5,6,7,8,9,10   6 27
22836 RHOBTB3 hsa_circ_19124   1 17   0.06 –4.09 0.91 6,7   2 14