Table 3. Amino acid substitutions in FMDV capsid surface proteins.
| VP2 | VP3 | VP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Regional enum. | 44 | 82 | 88 | 101 | 131 | 195 | 70 | 75 | 99 | 131 | 139 | 175 | 179 | 190 | 28 | 32 | 96 | 144 | 147 | 155 | 160 | 196 | 197 | 199 | ||||||||||||||||||||||
| Antigenic site | A2 | A1 | A1 | A1 | A1 | A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Inoculum | A | E | H | M | E | A | D | A | T | E | R | T | I | I | H | I | S | S | T | V | A | S | S | D | ||||||||||||||||||||||
| Sample | Non-Vaccinated Cattle | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–20 1 dpi Np | K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–25 3 dpi Np | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–25 3 dpi Ves | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–25 3 dpi Se | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 4 dpi Na | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 4 dpi Sa | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 5 dpi Sa | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 6 dpi Sa | A | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 7 dpi Sa | R | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 8 dpi Sa | T | R | F | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 9 dpi Sa | R | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 17 dpi OPF | R | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 35 dpi OPF | R | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–34 35 dpi Np | K | V | R | V | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–44 4 dpi Ves | K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–44 4 dpi Np | K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–44 4 dpi Se | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–47 2 dpi Sa | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–49 2 dpi Sa | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–49 6 dpi Se | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–49 10 dpi Np | T | Q | R | L | G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 6 dpi Sa | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 6 dpi Se | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 6 dpi Na | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 8 dpi Sa | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 14 dpi OPF | T | K | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 17 dpi OPF | T | K | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 21 dpi OPF | T | N | A | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 24 dpi OPF | T | N | A | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 28 dpi OPF | T | N | A | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 31 dpi OPF | T | N | A | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 35 dpi OPF | T | N | A | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–110 35 dpi Np | T | N | A | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Vaccinated cattle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–112 1 dpi Np | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–53 3 dpi Np | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–54 14 dpi OPF | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–54 35 dpi Np | T | R | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14–54 35 dpi OPF | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–12 3 dpi Sa | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–12 5 dpi Sa | K | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–12 14 dpi OPF | K | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–12 21 dpi OPF | K | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–12 28 dpi OPF | N | M | A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–12 35 dpi OPF | N | M | A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–13 7 dpi OPF | K | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–13 14 dpi OPF | G | M | G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–13 21 dpi OPF | K | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–13 28 dpi OPF | K | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–13 35 dpi OPF | G | G | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–14 5 dpi Na | T | K | M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–14 17 dpi OPF | V | V | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15–14 28 dpi OPF | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dpi: days post infection. Np: nasopharyngeal tissue. Ves: vesicular epithelium. Sa: saliva, Se: serum, Na: nasal fluid, OPF: oropharyngeal fluid. Antigenic sites A1 and A2 are as annotated in Fig 5.