Table 3.

Top 25 pathways' list resulting from REACTOME database pathway overrepresentation analysis.

Pathway name	# entities found	# entities total	Entity ratio	Entity P value	Entity FDR	# reactions found	# reactions total	Reaction ratio
Neutrophil degranulation	84	480	0.034	1.11E − 16	2.32E − 14	10	10	8.48E − 04
Platelet degranulation	40	137	0.010	1.11E − 16	2.32E − 14	6	11	9.33E − 04
Platelet activation, signaling, and aggregation	47	293	0.021	1.11E − 16	2.32E − 14	53	114	9.67E − 03
Response to elevated platelet cytosolic Ca2+	40	144	0.010	1.11E − 16	2.32E − 14	6	14	1.19E − 03
Innate immune system	134	1302	0.093	1.11E − 16	2.32E − 14	243	651	5.52E − 02
Immune system	170	2641	0.189	1.11E − 16	2.32E − 14	415	1493	1.27E − 01
Hemostasis	75	812	0.058	3.33E − 16	5.96E − 14	129	327	2.77E − 02
Regulation of insulin-like growth factor (IGF) transport and uptake by insulin-like growth factor-binding proteins (IGFBPs)	27	127	0.009	3.63E − 14	5.66E − 12	3	14	1.19E − 03
Posttranslational protein phosphorylation	25	109	0.008	6.28E − 14	8.73E − 12	1	1	8.48E − 05
Vesicle-mediated transport	63	820	0.059	2.51E − 10	3.13E − 08	160	251	2.13E − 02
Cellular responses to stress	46	512	0.037	7.73E − 10	8.16E − 08	67	184	1.56E − 02
Detoxification of reactive oxygen species	16	65	0.005	7.85E − 10	8.16E − 08	21	34	2.88E − 03
Regulation of complement cascade	22	139	0.010	2.01E − 09	1.93E − 07	40	42	3.56E − 03
Metabolism of proteins	125	2342	0.167	4.52E − 09	3.87E − 07	269	883	7.49E − 02
Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after interleukin-12 stimulation	16	74	0.005	4.80E − 09	3.87E − 07	16	36	3.05E − 03
Interleukin-12 signaling	17	85	0.006	4.96E − 09	3.87E − 07	18	56	4.75E − 03
Interleukin-12 family signaling	18	97	0.007	5.51E − 09	4.02E − 07	24	114	9.67E − 03
Smooth muscle contraction	12	39	0.003	9.38E − 09	6.47E − 07	8	9	7.63E − 04
Apoptosis	24	180	0.013	9.84E − 09	6.49E − 07	29	126	1.07E − 02
Complement cascade	22	156	0.011	1.54E − 08	9.57E − 07	62	71	6.02E − 03
Programmed cell death	24	188	0.013	2.21E − 08	1.30E − 06	30	139	1.18E − 02
Cellular responses to external stimuli	47	599	0.043	3.16E − 08	1.80E − 06	68	254	2.15E − 02
Apoptotic execution phase	13	54	0.004	3.92E − 08	2.12E − 06	19	57	4.84E − 03
Axon guidance	44	583	0.042	2.58E − 07	1.34E − 05	52	297	2.52E − 02