Table 8.
Gene variants obtained by amplicon sequencing in different isolates
| Gene variant | Total (n = 392) | Escherichia coli (n = 321) | Klebsiella pneumoniae (n = 124) | Enterobacter cloacae (n = 20) | Pseudomonas aeruginosa (n = 24) | Acinetobacter baumannii (n = 8) | Chi-score | *p-value |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| bla CTXM-1 | 303 (76) | 238 (74) | 53 (43) | 5 (25) | 7 (29) | 0 (0) | 13.2333292 | < 0.0001 |
| bla CTX-M-15 | 260 (86) | 204 (98) | 48 (91) | 3 (50) | 5 (71) | 0 (0) | 6.336967046 | 0.0118 |
| bla OXA | 203 (52) | 126 (39) | 35 (28) | 15 (75) | 19 (79) | 8 (100) | 11.31364661 | <0.0001 |
| bla OXA-1 | 99 (49) | 69 (55) | 0 (0) | 7 (50) | 0 (0) | 0 (0) | 4.800612279 | 0.0284 |
| bla OXA-50 | 7 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 7 (100) | 0 (0) | 3.997740394 | 0.0456 |
| bla OXA-144 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (25) | 32.84026642 | <0.0001 |
| bla OXA-23 | 4 (2) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (50) | 65.68053525 | <0.0001 |
| bla OXA-371 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (25) | 32.84026642 | <0.0001 |
| bla OXA-58 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (25) | 32.84026642 | <0.0001 |
| bla OXA-68 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (25) | 32.84026642 | <0.0001 |
| bla OXA-94 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (25) | 32.84026642 | <0.0001 |
| bla TEM | 109 (28) | 82 (29) | 23 (19) | 4 (20) | 0 (0) | 0 (0) | 16.56736583 | <0.0001 |
| bla TEM-1B | 69 (34) | 76 (33) | 19 (83) | 1 (25) | 0 (0) | 0 (0) | 1.942065018 | |
| bla SHV | 82 (21) | 10 (3) | 65 (52) | 7 (35) | 0 (0) | 0 (0) | 13.56652163 | <0.0001 |
| bla SHV-10 | 5 (6) | 1 (10) | 4 (8) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5.566456898 | 0.0183 |
| bla SHV-11 | 47 (57) | 0 (0) | 47 (89) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 22.26584202 | <0.0001 |
| bla SHV-1 | 13 (16) | 0 (0) | 13 (25) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 16.69937791 | <0.0001 |
| bla SHV-27 | 4 (5) | 0 (0) | 4 (8) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5.566456898 | 0.0183 |
| bla SHV-28 | 4 (5) | 0 (0) | 4 (8) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5.566456898 | 0.0183 |
| bla SHV-83 | 24 (29) | 0 (0) | 24 (45) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5.566456898 | 0.0183 |
| Gene combinations | ||||||||
| blaCTX-M-15 + blaOXA-1 | 71 (14) | 55 (60) | 5 (42) | 2 (10) | 0 (0) | 0 (0) | 5.44065331 | 0.0197 |
| blaOXA-1 + blaTEM-1B | 30 (6) | 22 (20) | 6 (50) | 1 (5) | 0 (0) | 1 (13) | 0.485769791 | |
| blaCTX-M-15 + blaTEM-1B | 44 (9) | 33 (7) | 10 (8) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (13) | 1.009389671 | |
| blaCTX-M-15 + blaSHV-11 | 4 (3) | 0 (0) | 4 (33) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 19.46666667 | <0.0001 |
| blaCTXM-15 + blaOXA-1 + blaTEM-1B | 28 (4) | 22 (7) | 5 (4) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (25) | 0.234071093 | |
*only p-values <0.05 are shown