Table 2.

Average RSCU values of the codons of the Nipah Virus (NiV) genome and comparison with the RSCU values of its natural host as well as experimental animal model hosts.

Amino acid	Codons	Average RSCU values
		NiV	Homo sapiens	Pteropus vampyrus	Equus caballus	Canis lupus	Felis catus	Mesocricetus auratus	Sus scrofa	Mustela putorius	Saimiri sciureus	Chloroceb aethiops
F	UUU	1.146	0.93	0.49	0.83	0.4	0.81	0.81	0.78	0.71	0.68	0.89
	UUC	0.854	1.07	1.01	1.16	1.59	1.18	1.18	1.21	1.28	1.31	1.1
L	UUA	0.722	0.46	0.44	0.32	0.16	0.35	0.32	0.31	0.26	0.26	0.41
	UUG	1.221	0.77	0.8	0.72	0.38	0.75	0.79	0.67	0.63	0.6	0.74
	CUU	0.963	0.79	0.85	0.73	0.46	0.66	0.75	0.65	0.55	0.5	0.91
	CUC	0.740	1.17	1.22	1.31	1.55	1.28	1.21	1.34	1.55	1.44	1.15
	CUA	1.093	0.43	0.44	0.34	0.28	0.35	0.41	0.33	0.38	0.32	0.43
	CUG	1.262	2.37	0.37	2.55	3.15	2.57	2.49	2.67	2.56	2.85	2.33
I	AUU	1.164	1.08	1.19	0.9	0.76	0.94	1.01	0.9	0.82	0.8	1.08
	AUC	1.066	1.41	1.3	1.65	1.76	1.58	1.57	2.34	1.85	1.77	1.46
	AUA	0.770	0.51	0.49	0.42	0.47	0.47	0.41	0.42	0.38	0.42	0.45
V	GUU	1.455	0.72	0.72	0.6	0.22	0.62	0.6	0.56	0.39	0.57	0.8
	GUC	0.685	0.96	0.97	1.07	1.06	1.12	1.03	1.06	1.34	1.08	1
	GUA	0.919	0.47	0.51	0.35	0.38	0.38	0.42	0.33	0.3	0.3	0.43
	GUG	0.942	1.85	1.79	1.96	2.31	1.87	1.93	2.03	1.95	2.03	1.76
S	UCU	1.211	0.91	1.03	1.08	0.81	1.11	1.15	0.99	0.87	1.03	1.25
	UCC	0.455	1.09	1.22	1.43	2.01	1.48	1.39	1.5	1.65	1.54	1.25
	UCA	1.970	0.90	0.89	0.79	0.66	0.74	0.8	0.72	0.58	0.73	0.93
	UCG	0.231	1.44	0.29	0.33	0.22	0.38	0.3	0.38	0.42	0.34	0.28
	AGU	1.260	1.12	0.98	0.85	0.63	0.8	0.89	0.77	0.75	0.73	0.9
	AGC	0.872	1.31	1.56	1.48	1.63	1.47	1.44	1.62	1.7	1.61	1.36
P	CCU	1.436	0.90	1.21	1.19	0.83	1.02	1.18	1.04	1	1.04	1.08
	CCC	0.696	0.33	1.21	1.37	1.85	1.5	1.3	1.45	1.45	1.39	1.27
	CCA	1.304	1.15	1.23	0.97	0.83	0.96	1.14	0.94	0.87	0.92	1.27
	CCG	0.564	1.30	0.35	0.45	0.46	0.5	0.36	0.55	0.66	0.63	0.35
T	ACU	1.422	1.11	0.97	0.93	0.55	0.84	0.95	0.83	0.71	0.85	0.94
	ACC	0.832	0.45	1.42	1.58	1.89	1.59	1.53	1.68	1.8	1.77	1.28
	ACA	1.565	0.98	1.23	0.95	1.13	0.93	1.1	0.91	0.81	0.87	1.17
	ACG	0.182	1.42	0.37	0.52	0.41	0.62	0.4	0.57	0.66	0.49	0.3
A	GCU	1.299	1.14	1.12	1.05	0.87	0.94	1.15	0.95	0.88	1.03	1.21
	GCC	0.719	0.46	1.57	1.72	2.11	1.8	1.62	1.8	1.9	1.75	1.56
	GCA	1.797	1.06	0.94	0.77	0.61	0.75	0.86	0.73	0.69	0.75	0.89
	GCG	0.184	1.60	0.35	0.45	0.4	0.49	0.34	0.5	0.51	0.45	0.32
Y	UAU	1.038	0.91	0.87	0.75	0.74	0.78	0.83	0.73	0.77	0.72	0.93
	UAC	0.962	0.43	1.12	1.25	1.25	1.21	1.16	1.26	1.22	1.27	1.06
H	CAU	1.264	0.55	0.81	0.8	0.47	0.74	0.79	0.7	0.68	0.65	0.81
	CAC	0.736	1.28	1.18	1.19	1.52	1.25	1.2	1.29	1.31	1.34	1.1
Q	CAA	1.157	0.76	0.49	0.51	0.39	0.55	0.46	0.44	0.53	0.52	0.6
	CAG	0.843	1.40	1.5	1.48	1.6	1.44	1.53	1.55	1.46	1.47	1.39
N	AAU	1.113	1.01	0.92	0.83	0.62	0.82	0.81	0.78	0.75	0.76	0.94
	AAC	0.887	0.99	1.07	1.16	1.37	1.17	1.18	1.21	1.25	1.23	1.05
K	AAA	1.117	0.89	0.84	0.79	0.66	0.86	0.71	0.76	0.73	0.75	0.91
	AAG	0.883	1.11	1.15	1.2	1.33	1.13	1.28	1.23	1.26	1.25	1.08
D	GAU	1.259	0.84	0.98	0.83	0.62	0.84	0.81	0.8	0.76	0.74	0.97
	GAC	0.741	1.16	1.01	1.16	1.37	1.15	1.18	1.19	1.23	1.25	1.02
E	GAA	1.073	0.53	1.88	0.76	0.57	0.86	0.77	0.72	0.74	0.75	0.85
	GAG	0.927	1.47	1.05	1.23	1.42	1.13	1.22	1.27	1.25	1.24	1.14
C	UGU	1.122	0.94	0.92	0.89	0.77	0.86	0.85	0.78	0.66	0.73	0.91
	UGC	0.655	1.06	1.07	1.1	1.22	1.13	1.14	1.21	1.33	1.26	1.08
R	CGU	0.410	0.87	0.49	0.54	0.5	0.41	0.55	0.44	0.38	0.43	0.54
	CGC	0.075	1.13	0.94	1.15	1.76	1.09	1.08	1.31	1.35	1.35	1.12
	CGA	0.768	0.93	0.74	0.6	0.5	0.55	0.71	0.6	0.64	0.63	0.64
	CGG	0.274	1.07	1.18	1.08	1.41	1.19	1.11	1.28	1.27	1.08	1.05
	AGA	2.991	0.85	1.26	1.29	0.86	1.33	1.25	1.11	1	1.06	1.44
	AGG	1.482	1.15	1.36	1.31	0.94	1.41	1.26	1.23	1.33	1.42	1.18
G	GGU	0.727	0.65	0.71	0.64	0.65	0.58	0.7	0.56	0.57	0.64	0.6
	GGC	0.533	1.35	1.36	1.42	2.06	1.42	1.29	1.46	1.44	1.51	1.24
	GGA	1.663	1.00	0.96	0.95	0.39	1.01	1.01	0.91	0.88	0.91	1.24
	GGG	1.077	1.00	0.95	0.96	0.88	0.98	0.97	1.05	1.08	0.92	0.9

The RSCU value of preferred codon have been shown bold and highlighted.