Table 2. Alignment of pan-PV CODEHOP primers with HPV types used for the analysis of the assay’s analytical sensitivity and those identified in eyebrow hair follicle specimens, respectively, and type-specific melting temperatures of individual primers.
HPV types used for the analysis of the assay’s analytical sensitivity are shown in bold. The degenerated cores of pan-PV CODEHOP primers are highlighted in grey.
| No. of mismatches | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| HPV type | Species | Complete sequence (36 nt) |
Core sequence (12 nt) | Sensitivity (copies/reaction) | DGDM-F1 primer GAGCTTATAAACACAGATATTGAAGATGGIGAYATG | Tm (°C) |
| HPV18 | Alpha-7 | 5 | 0 | 5 | - - a - - - - a - - - - - - - - t - t - g - - - - - - - - - - - - - - - | 52.1 |
| HPV16 | Alpha-9 | 5 | 0 | 5 | - - - t - a - - - - - - - - - - t - - - - c - g - - - - - - - - - - - - | 51.2 |
| HPV56 | Alpha-6 | 10 | 0 | 50 | - c a t - a - - t - - t - - - c c - - - a - - g - - - - - - - - - - - - | 37.5 |
| HPV66 | Alpha-6 | 14 | 1 | 50 | - c a t - a g - t - - t - - c c c g - - a - - g - - c - - - - - - - - - | 10.3 |
| HPV45 | Alpha-7 | 6 | 0 | 50 | - - a - - - - a - - - - - - c a t - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | 49.0 |
| HPV33 | Alpha-9 | 6 | 0 | 50 | - - a - - - - - - - - t - - t a t - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | 46.5 |
| HPV35a | Alpha-9 | 10 | 1 | 50 | - - - t - a c - - - - - - - t - t a c - a c - - - - c - - - - - - - - - | 25.4 |
| HPV52 | Alpha-9 | 10 | 0 | 50 | c - - - - c - - t - - - - g t - t a - - a c - g - - - - - - - - - - - - | 33.5 |
| HPV58 | Alpha-9 | 9 | 0 | 50 | - - a - - - t - t - - t t - t a t - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | 46.5 |
| HPV6* | Alpha-10 | 9 | 0 | 50 | - - a - - - - - t - c - - g t - t - - - a c - g - - - - - - - - - - - - | 33.5 |
| HPV11* | Alpha-10 | 9 | 0 | 50 | - - a - - - - - t - c - - g t - t - - - a c - g - - - - - - - - - - - - | 33.5 |
| HPV179 | Gamma-15 | 13 | 0 | 50 | c - a t - a g - - - - t t - t c c a - - - c - g - - - - - - - - - - - - | 33.5 |
| HPV4 | Gamma-1 | 6 | 0 | 500 | - - - - - - g - - - - t t - - t - c - - - c - - - - - - - - - - - - - - | 40.8 |
| HPV31 | Alpha-9 | 9 | 0 | 500 | - - a t - a - a - - - t t - - - t - - - a c - - - - - - - - - - - - - - | 40.8 |
| HPV39 | Alpha-7 | 7 | 0 | 500 | - - a - - a g - - - - - - - c c c - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | 48.1 |
| HPV59 | Alpha-7 | 7 | 0 | 500 | - - a t - a - - - - - t - - - c c a - - - - - - - - - - - - - - - - - - | 54.0 |
| HPV150* | Alpha-5 | 9 | 0 | 500 | - - a t - a - a g - - t - - - a t c - - - - - - - - - - - - - - - - - - | 53.8 |
| HPV156 | Gamma-18 | 10 | 0 | 500 | - - a t - a t - t c - - - - t t - c - - - c - - - - - - - - - - - - - - | 40.8 |
| HPV5 | Beta-1 | 5 | 0 | - - a - - a - a - - - - - - - t - - - - a - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV12 | Beta-1 | 8 | 0 | - - - t - a - a g - - - - - t t t c - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV21 | Beta-1 | 10 | 0 | - - a t - a - - t - - t t - - - c a - - a c - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV24 | Beta-1 | 9 | 0 | a - - t - a g - - - - t t - - - t a - - - c - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV118 | Beta-1 | 12 | 1 | - - a t - g g - g - - t - - t t t - - - - c - g - - - - a - - - - - - - | ||
| HPV124 | Beta-1 | 8 | 0 | - - - - - - g - - - - t t - - t - c - - a c - g - - - - - - - - - - - - | ||
| HPVRTRX7 | Beta-1 | 7 | 0 | - - a t - a - a - - - - - - t t t - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV9 | Beta-2 | 7 | 0 | - - a t - a - g - - - - - - - - t a - - - - - g - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV15 | Beta-2 | 4 | 0 | - - a - - - - a - - - t - - - - t - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV37 | Beta-2 | 6 | 0 | - - a t - a - a - - - - - - - - t g - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV38 | Beta-2 | 10 | 1 | - - a t - g - a - - - t - g t - t a - - - - - - - - c - - - - - - - - - | ||
| HPV122 | Beta-2 | 7 | 0 | - - - t - a - a - - - t t - - - t a - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV174 | Beta-2 | 7 | 0 | - - a t - a - a - - - - - - t - t - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV75 | Beta-3 | 7 | 0 | - - a t - a g - - - - t - - - - t - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV115 | Beta-3 | 9 | 0 | - - a t - a - g - - - t - - t a t - - - - - - g - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV142 | Gamma-10 | 10 | 0 | - - a - - g - a - c - t - g t - t c - - a - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV161 | Gamma-19 | 12 | 0 | - - a a g a - a - - c a - - t - t a - - - c - g - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV165 | Gamma-12 | 12 | 0 | c - - t - a g - t g - t - a t - t - - - - c - g - - - - - - - - - - - - | ||
| No. of mismatches | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| HPV type | Species | Complete sequence (36 nt) | Core sequence (12 nt) | Sensitivity (copies/reaction) | DGDM-F2 primer GAGCTTATAAACACAGTTATTGAGGAYGGNGAYATG | Tm (°C) |
| HPV18 | Alpha-7 | 5 | 0 | 5 | - - a - - - - a - - - - - - - - - - t - g - - a - - - - - - - - - - - - | 47.6 |
| HPV16 | Alpha-9 | 3 | 0 | 5 | - - - t - a - - - - - - - - - - - - - - - c - - - - - - - - - - - - - - | 61.8 |
| HPV56 | Alpha-6 | 9 | 0 | 50 | - c a t - a - - t - - t - - - c c - - - a - - - - - - - - - - - - - - - | 43.6 |
| HPV66 | Alpha-6 | 12 | 0 | 50 | - c a t - a g - t - - t - - c c c g - - a - - - - - - - - - - - - - - - | 43.6 |
| HPV45 | Alpha-7 | 4 | 0 | 50 | - - a - - - - a - - - - - - c a - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | 55.9 |
| HPV33 | Alpha-9 | 4 | 0 | 50 | - - a - - - - - - - - t - - t a - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | 54.4 |
| HPV35a | Alpha-9 | 9 | 0 | 50 | - - - t - a c - - - - - - - t - - a c - a c - a - - - - - - - - - - - - | 31.8 |
| HPV52 | Alpha-9 | 8 | 0 | 50 | c - - - - c - - t - - - - g t - - a - - a c - - - - - - - - - - - - - - | 34.0 |
| HPV58 | Alpha-9 | 7 | 0 | 50 | - - a - - - t - t - - t t - t a - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | 52.6 |
| HPV6* | Alpha-10 | 7 | 0 | 50 | - - a - - - - - t - c - - g t - - - - - a c - - - - - - - - - - - - - - | 34.0 |
| HPV11* | Alpha-10 | 7 | 0 | 50 | - - a - - - - - t - c - - g t - - - - - a c - - - - - - - - - - - - - - | 34.0 |
| HPV179 | Gamma-15 | 12 | 0 | 50 | c - a t - a g - - - - t t - t c c a - - - c - - - - - - - - - - - - - - | 34.0 |
| HPV4 | Gamma-1 | 8 | 0 | 500 | - - - - - - g - - - - t t - - t a c - - - c - a - - - - - - - - - - - - | 12.2 |
| HPV31 | Alpha-9 | 9 | 0 | 500 | - - a t - a - a - - - t t - - - - - - - a c - a - - - - - - - - - - - - | 23.6 |
| HPV39 | Alpha-7 | 6 | 0 | 500 | - - a - - a g - - - - - - - c c c - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | 51.7 |
| HPV59 | Alpha-7 | 8 | 0 | 500 | - - a t - a - - - - - t - - - c c a - - - - - a - - - - - - - - - - - - | 33.5 |
| HPV150* | Alpha-5 | 9 | 0 | 500 | - - a t - a - a g - - t - - - a - c - - - - - a - - - - - - - - - - - - | 33.1 |
| HPV156 | Gamma-18 | 12 | 0 | 500 | - - a t - a t - t c - - - - t t a c - - - c - a - - - - - - - - - - - - | 18.0 |
| HPV5 | Beta-1 | 7 | 0 | - - a - - a - a - - - - - - - t a - - - a - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV12 | Beta-1 | 8 | 0 | - - - t - a - a g - - - - - t t - c - - - - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV21 | Beta-1 | 11 | 0 | - - a t - a - - t - - t t - - - c a - - a c - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV24 | Beta-1 | 9 | 0 | a - - t - a g - - - - t t - - - - a - - - c - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV118 | Beta-1 | 10 | 1 | - - a t - g g - g - - t - - t t - - - - - c - - - - - - a - - - - - - - | ||
| HPV124 | Beta-1 | 8 | 0 | - - - - - - g - - - - t t - - t a c - - a c - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPVRTRX7 | Beta-1 | 7 | 0 | - - a t - a - a - - - - - - t t - - - - - - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV9 | Beta-2 | 5 | 0 | - - a t - a - g - - - - - - - - - a - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV15 | Beta-2 | 4 | 0 | - - a - - - - a - - - t - - - - - - - - - - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV37 | Beta-2 | 6 | 0 | - - a t - a - a - - - - - - - - - g - - - - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV38 | Beta-2 | 9 | 0 | - - a t - g - a - - - t - g t - - a - - - - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV122 | Beta-2 | 7 | 0 | - - - t - a - a - - - t t - - - - a - - - - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV174 | Beta-2 | 5 | 0 | - - a t - a - a - - - - - - t - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV75 | Beta-3 | 5 | 0 | - - a t - a g - - - - t - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV115 | Beta-3 | 7 | 0 | - - a t - a - g - - - t - - t a - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV142 | Gamma-10 | 10 | 0 | - - a - - g - a - c - t - g t - - c - - a - - a - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV161 | Gamma-19 | 10 | 0 | - - a a g a - a - - c a - - t - - a - - - c - - - - - - - - - - - - - - | ||
| HPV165 | Gamma-12 | 10 | 0 | c - - t - a g - t g - t - a t - - - - - - c - - - - - - - - - - - - - - | ||
| No. of mismatches | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| HPV type | Species | Complete sequence (38 nt) | Core sequence (12 nt) | Sensitivity (copies/reaction) | PAP14-R primer AAYAATGGIATCTGTTGGGGTAACCAGGTGTTTGTTAC | Tm (°C) |
| HPV18 | Alpha-7 | 9 | 2 | 5 | - - - - - - - - - g - t - - c - - - c a - - - t - - a t - a - - - - - - - - | 61.2 |
| HPV16 | Alpha-9 | 4 | 1 | 5 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - - - - - - - - a c - a - - - - - - - - | 59.0 |
| HPV56 | Alpha-6 | 6 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - c - - - - - - - - t - - a t - a - - - - - - - - | 65.3 |
| HPV66 | Alpha-6 | 4 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - a - - c - - - - - - - - t - - - - - a - - - - - - - - | 47.6 |
| HPV45 | Alpha-7 | 5 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - c a - - - t - - - t - - - - - - - - - - | 60.3 |
| HPV33 | Alpha-9 | 4 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - - c - - t - - - - - a - - - - - - - - | 55.1 |
| HPV35a | Alpha-9 | 4 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - a - - - - - - - a t - - - - - - - - - - | 64.4 |
| HPV52 | Alpha-9 | 5 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - a - - - - - - - - c - - t - - - t - - - - - - - c - - | 55.8 |
| HPV58 | Alpha-9 | 6 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - c - - - - - c - - t - - - t - a - - - - - - - - | 51.2 |
| HPV6* | Alpha-10 | 4 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - - - - - t - - a c - - - - - - - - - - | 77.7 |
| HPV11* | Alpha-10 | 5 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - c - - - - - a - - - - - c t - - - - - - - - - - | 62.9 |
| HPV179 | Gamma-15 | 11 | 1 | 50 | - - - - - - - - - - - t - - c - - - t c c - - t g - c t - a - - - a - - - - | 55.7 |
| HPV4 | Gamma-1 | 4 | 1 | 500 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - a - - - t - - - t - - - - - - - - - - | 60.2 |
| HPV31 | Alpha-9 | 5 | 1 | 500 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - - c - - t - - - t - a - - - - - - - - | 47.6 |
| HPV39 | Alpha-7 | 8 | 1 | 500 | - - - - - - - - - - - a - - - - - - c a - - - t - - a t - a - - - c - - - - | 40.8 |
| HPV59 | Alpha-7 | 9 | 1 | 500 | - - - - - - - - - - - a - - - - - - c a c - - t - - a t - - - - - t - a - - | 48.9 |
| HPV150* | Alpha-5 | 7 | 1 | 500 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - - - - - t - - a a - c - - - t - a - - | 64.8 |
| HPV156 | Gamma-18 | 9 | 1 | 500 | - - - - - - - - - - - a c t - - - - - - - - - - - - a t g t - - - a - a - - | 61.5 |
| HPV5 | Beta-1 | 9 | 0 | - - - - - - - - - - - - c t g - - - - c - - - t - - a a - - - - - a - c - - | ||
| HPV12 | Beta-1 | 7 | 0 | - - - - - - - - - - - - c t g - - - - c - - - t - - - a - - - - - - - c - - | ||
| HPV21 | Beta-1 | 7 | 1 | - - - - - - - - - - - a - - - - - - t t - - - t - - a t - a - - - - - - - - | ||
| HPV24 | Beta-1 | 7 | 1 | - - - - - - - - - - - t - - - - - - - c - - - t - - a t - - - - c a - - - - | ||
| HPV118 | Beta-1 | 7 | 0 | - - - - - - - - - - - - - t a - - - - - - - - t - - a t - a - - - - - g - - | ||
| HPV124 | Beta-1 | 6 | 0 | - - - - - - - - - - - - - t a - - - - - - - - t - - a t - - - - - - - g - - | ||
| HPVRTRX7 | Beta-1 | 8 | 1 | - - - - - - - - - - - t c t g - - - - c - - - t - - - a - - - - - - - c - - | ||
| HPV9 | Beta-2 | 6 | 1 | - - - - - - - - - - - t - t a - - - - - - - - t - - - a - a - - - - - - - - | ||
| HPV15 | Beta-2 | 6 | 1 | - - - - - - - - - - - a c t - - - - - - - - - t - - - a - - - - - a - - - - | ||
| HPV37 | Beta-2 | 8 | 1 | - - - - - - - - - - - t - t a - - - - - - - - t - - a a - - - - - a - c - - | ||
| HPV38 | Beta-2 | 7 | 1 | - - - - - - - - - - - t - t a - - - - - c - - t - - a a - - - - - - - - - - | ||
| HPV122 | Beta-2 | 6 | 1 | - - - - - - - - - - - t - t g - - - - - - - - t - - - a - - - - - - - a - - | ||
| HPV174 | Beta-2 | 9 | 0 | - - - - - - - - - - - - c t g - - - - - - - - t - - a a - a - - - a - a - - | ||
| HPV75 | Beta-3 | 7 | 1 | - - - - - - - - - - - a - - - - - - - a a - - t - - a t - a - - - - - - - - | ||
| HPV115 | Beta-3 | 8 | 1 | - - - - - - - - - - - a - - c - - - - a a - - t - - - c - t - - - - - c - - | ||
| HPV142 | Gamma-10 | 6 | 1 | - - - - - - - - - g - - c t a - - - - - - - - - - - - c - - - - - - - a - - | ||
| HPV161 | Gamma-19 | 5 | 1 | - - - - - - - - - - - a - - - - - - - - a - - t - - - t - - - - - - - g - - | ||
| HPV165 | Gamma-12 | 6 | 2 | - - - - - c - - - - - t - - - - - - - - - - - - a - t t - a - - - - - - - - | ||
*HPV types also found in eyebrow samples. I, inosine; Tm, melting temperature.