Table 2.
Polymorphism analysis of BLV Gag region
| Isolate | Viral gene | MA | CA | NC | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | 3 | 4 | 6 | 6 | 6 | 8 | 8 | 9 | 1 | 1 | 1 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | ||
| 2 | 5 | 8 | 1 | 3 | 9 | 7 | 8 | 0 | 0 | 6 | 7 | 4 | 1 | 1 | 2 | 2 | 6 | 6 | 7 | ||
| 8 | 4 | 1 | 9 | 5 | 8 | 3 | 9 | 5 | 9 | 9 | |||||||||||
| EF600696-USA-G1 | L | S | H | G | T | R | D | G | A | V | E | A | P | A | V | V | G | A | T | P | |
| Gag-China-P1-G1 | N | Y | I | K | E | V | V | T | I | W | T | ||||||||||
| Gag-China-P2-G1 | E | T | M | I | |||||||||||||||||
| Gag-China-P3-G1 | E | K | M | I | |||||||||||||||||
| FJ914764-Argentina-G2 | Y | S | S | I | I | T | L | ||||||||||||||
| AF033818-USA-G4 | R | A | K | E | I | I | T | ||||||||||||||
| LC080656-Paraguay-G6 | Y | V | K | E | T | I | T | ||||||||||||||
| LC080660-Bolivia-G9 | S | T | I | I | T | ||||||||||||||||
| LC154849-Myanmar-G10 | Y | S | V | K | E | I | A | ||||||||||||||
The USA strain EF600696 was used as a reference for the Gag alignment
MA matrix, CA capsid, NC nucleocapsid