Table 3. Information for primers used in the bisulfite sequencing of regulatory regions of the murine and human SHH genes.

Target species	Primer name	Forward sequence (5’-3’)	Reverse sequence (5’-3)
Mouse	Shh promoter	TTTTTAGTTTTGTTATTATTTAAAATTAGG	CAAAAATCACCAAAAAACATCTAAC
	Shh upshore region 1	TTTGTATATTTATATTTGGGGATGG	AAAAAACTTATAAAACAAACTACCTTTC
	Shh upshore region 2	TTGTATTTTGTTAGGATAGATTGGAAG	ACCCCATCCCCAAATATAAATATAC
	Shh upshore region 3	GGATGGTGAGGTTTTGTTATATTGT	ATATCCAACACTCTTTCAAAAAAAA
	Shh upshore region 4	TTGAAGTAAAATGAGGTTTTAGGATGT	CACCATCCCAAACTTAAAAAAATTA
	Shh downshore region 1	ATGTTGTTGTTGTTGGTTAGATGTT	ATAAAAAACCCCATCTTCTAATACC
	Shh downshore region 2	GGGTATTAGAAGATGGGGTTTTTTA	CCCAAACTTTCTCAATTACAATTCT
	Shh downshore region 3	GAAAGTTTGGGGGTAGTTTTGATA	TATTTACAAAAAAACCCATTTCCAA
Human	SHH promoter	TTTTTTTGTTTTTTGATTGTTGTTT	TCAACTTTTTAAAATACCTCCTCTTC
	SHH upshore region 1	TTTTGGGGAAGAAAAATTAAATAAT	CAACAATCAAAAAACAAAAAAAATCTA
	SHH upshore region 2	AGTGAGGTGATTATAGATTTAAAGAT	CAACTATTATTTAATTTTTCTTCCCC
	SHH upshore region 3	ATTTGTAAAGGGAATTTTTGGAAAT	AACCAAAAAAATAAAATTTAAAACTCC
	SHH upshore region 4	TGTTAAGGGTGGAAGGTAGGGTAGTT	CAAAAATTCCCTTTACAAATCAACT
	SHH downshore region 1	GGAAGAGGAGGTATTTTAAAAAGTTG	AACTAAACCCTTAACCTCCATTCTC
	SHH downshore region 2	GAGAATGGAGGTTAAGGGTTTAGTT	CCTCCTAACTTTTCCAATTAAAAAT
	SHH downshore region 3	ATTTTTAATTGGAAAAGTTAGGAGG	CAAAAAAACCCATTTCTAACTTCAA