Table 5.
List of genes differentially expressed in the indicated cell lines
| gene_id | Log2 fold change | p adj. |
|---|---|---|
| MSS vs MSI | ||
| ABCB6 | − 1.12 | 0.01 |
| ACAD11 | 1.18 | 0.00 |
| ACOT8 | − 1.04 | 0.00 |
| AHCYL2 | 1.12 | 0.02 |
| ALDH6A1 | 1.34 | 0.00 |
| AMACR | − 1.54 | 0.01 |
| AOC1 | − 1.57 | 0.04 |
| APBB3 | 1.04 | 0.00 |
| ARHGAP18 | − 1.01 | 0.02 |
| ATOX1 | − 1.00 | 0.01 |
| ATP5E | − 1.22 | 0.00 |
| ATP9A | − 1.77 | 0.00 |
| B2M | − 1.58 | 0.00 |
| B4GALT5 | − 1.14 | 0.00 |
| BCL2L15 | − 1.73 | 0.01 |
| BCL9L | − 1.09 | 0.02 |
| BPTFP1 | 1.09 | 0.03 |
| C15orf52 | − 1.28 | 0.05 |
| C20orf24 | − 1.14 | 0.00 |
| C6orf48 | 1.05 | 0.01 |
| CAPG | − 1.30 | 0.02 |
| CCDC71L | − 1.08 | 0.02 |
| CCND3 | − 1.26 | 0.00 |
| CCPG1 | 1.16 | 0.02 |
| CD59 | − 1.01 | 0.03 |
| CD82 | − 1.37 | 0.03 |
| CDKN2A | − 3.20 | 0.00 |
| CEACAM1 | − 1.89 | 0.00 |
| CEACAM6 | − 1.71 | 0.05 |
| CGN | − 1.06 | 0.02 |
| CHKA | − 1.13 | 0.00 |
| CHMP4B | − 1.16 | 0.00 |
| CLDN1 | − 1.37 | 0.05 |
| CLDN3 | − 1.58 | 0.01 |
| COL17A1 | − 1.61 | 0.03 |
| COTL1 | − 1.61 | 0.00 |
| CPNE1 | − 1.05 | 0.00 |
| CPT1B | 1.13 | 0.00 |
| CTSA | − 1.10 | 0.00 |
| CTSD | − 1.02 | 0.03 |
| CTSH | − 1.22 | 0.03 |
| CTSS | − 2.46 | 0.00 |
| CTSV | − 1.81 | 0.00 |
| CTSZ | − 1.08 | 0.01 |
| CUEDC1 | − 1.33 | 0.02 |
| CXXC5 | − 1.24 | 0.01 |
| CYB5D1 | 1.24 | 0.00 |
| CYFIP2 | 1.37 | 0.03 |
| DAB2IP | − 1.14 | 0.00 |
| DCBLD2 | − 2.43 | 0.00 |
| DDX27 | − 1.02 | 0.00 |
| DNTTIP1 | − 1.25 | 0.00 |
| DPEP1 | − 1.88 | 0.04 |
| DYNLRB1 | − 1.04 | 0.00 |
| EDN1 | − 1.79 | 0.01 |
| EMP1 | − 1.47 | 0.03 |
| EPB41L1 | − 1.09 | 0.01 |
| EPB41L4A-AS1 | 1.04 | 0.01 |
| EPS8L1 | − 1.13 | 0.03 |
| FCGRT | − 1.69 | 0.00 |
| FECH | 1.07 | 0.00 |
| FKBP1A | − 1.02 | 0.01 |
| FZD7 | − 1.02 | 0.03 |
| GABBR1 | 1.70 | 0.01 |
| GABRE | − 1.83 | 0.00 |
| GCAT | 1.39 | 0.00 |
| GLS2 | 1.38 | 0.00 |
| GNE | − 1.13 | 0.04 |
| GSN | − 1.30 | 0.03 |
| HELZ2 | − 1.14 | 0.01 |
| HIST1H2AC | − 1.36 | 0.01 |
| HIST1H2BD | − 1.92 | 0.00 |
| HIST1H2BK | − 1.48 | 0.00 |
| HIST2H2AA3 | − 1.13 | 0.03 |
| HIST2H4A | − 2.11 | 0.00 |
| HSPA1A | − 1.83 | 0.02 |
| HSPB1 | − 1.41 | 0.03 |
| HSPH1 | − 1.43 | 0.00 |
| IDH2 | − 1.01 | 0.04 |
| IDS | − 1.30 | 0.02 |
| IFI6 | − 1.76 | 0.03 |
| IRF1 | − 1.02 | 0.01 |
| KRT20 | − 1.73 | 0.04 |
| KRT23 | − 4.08 | 0.00 |
| LAMC2 | − 1.77 | 0.00 |
| LFNG | − 1.19 | 0.02 |
| LGALS1 | − 2.88 | 0.00 |
| LINC01089 | − 1.05 | 0.01 |
| LIPG | 1.38 | 0.00 |
| LPCAT2 | − 1.11 | 0.01 |
| LRRC75A-AS1 | 1.01 | 0.04 |
| LRRC8A | − 1.23 | 0.00 |
| LTBP3 | − 1.37 | 0.01 |
| LY6E | − 1.41 | 0.02 |
| LY75 | − 1.60 | 0.01 |
| MACF1 | − 1.23 | 0.01 |
| MALL | − 1.20 | 0.03 |
| MAP7D1 | − 1.03 | 0.02 |
| MAPRE3 | − 1.11 | 0.02 |
| MDM2 | 1.37 | 0.00 |
| MGLL | − 1.35 | 0.01 |
| MIR4435-2HG | − 1.09 | 0.05 |
| MMP14 | − 1.53 | 0.02 |
| MOCOS | 1.18 | 0.01 |
| MORC4 | 1.15 | 0.00 |
| MUC20 | − 1.64 | 0.02 |
| MYBL2 | − 1.13 | 0.01 |
| MYL5 | 1.04 | 0.01 |
| NABP1 | − 1.35 | 0.01 |
| NDUFC2 | − 1.22 | 0.00 |
| OXR1 | − 1.12 | 0.01 |
| PDP1 | − 1.01 | 0.03 |
| PEA15 | − 1.29 | 0.00 |
| PFDN4 | − 1.04 | 0.00 |
| PIGT | − 1.00 | 0.00 |
| PLA2G6 | 1.17 | 0.00 |
| PLS3 | − 1.21 | 0.03 |
| PMEPA1 | − 2.81 | 0.00 |
| PML | − 1.04 | 0.00 |
| POLE4 | − 1.01 | 0.01 |
| PPM1M | 1.46 | 0.00 |
| PPP1R14D | − 1.98 | 0.01 |
| PPP1R18 | − 1.27 | 0.01 |
| PRADC1 | − 1.19 | 0.01 |
| PRAP1 | − 1.79 | 0.04 |
| QPCT | − 1.89 | 0.02 |
| QPRT | − 2.16 | 0.00 |
| REG4 | 2.81 | 0.00 |
| ROMO1 | − 1.14 | 0.01 |
| RPL22L1 | 1.62 | 0.00 |
| RPL32P29 | 1.31 | 0.00 |
| S100A11 | − 1.62 | 0.00 |
| S100A2 | − 2.35 | 0.00 |
| S100A4 | − 2.70 | 0.00 |
| SDC4 | − 1.30 | 0.00 |
| SESN2 | 1.23 | 0.01 |
| SGK2 | − 1.40 | 0.04 |
| SLC20A2 | − 1.07 | 0.01 |
| SLC2A1 | − 1.22 | 0.04 |
| SLC39A5 | − 1.93 | 0.02 |
| SLC6A6 | − 1.40 | 0.00 |
| SNHG8 | 1.01 | 0.01 |
| SNORA73B | 1.12 | 0.02 |
| SPINK1 | − 2.25 | 0.01 |
| STAT1 | − 1.06 | 0.01 |
| SULT2B1 | − 1.78 | 0.01 |
| SUPT4H1 | 1.22 | 0.00 |
| SYT7 | − 1.82 | 0.00 |
| TCF7 | − 1.03 | 0.04 |
| TFF1 | 2.17 | 0.02 |
| TGFBI | − 2.43 | 0.00 |
| TIMP2 | − 2.16 | 0.01 |
| TM4SF1 | − 1.70 | 0.01 |
| TMEM52 | 1.08 | 0.03 |
| TMPRSS4 | − 1.35 | 0.04 |
| TNFSF9 | 2.01 | 0.00 |
| TRIM7 | 1.24 | 0.05 |
| TSPAN6 | − 1.49 | 0.00 |
| TUBA4A | − 1.11 | 0.00 |
| TUBE1 | 1.12 | 0.01 |
| TXNDC9 | − 1.04 | 0.00 |
| UCA1 | − 1.79 | 0.03 |
| UCP2 | − 1.38 | 0.03 |
| UNC13D | − 1.81 | 0.01 |
| VAMP8 | − 1.09 | 0.00 |
| VOPP1 | − 1.13 | 0.01 |
| ZMYND8 | − 1.11 | 0.00 |
| ZNFX1 | − 1.08 | 0.00 |
| Hypermutated vs non-hypermutated | ||
| ABHD12 | − 1.10 | 0.00 |
| ACOT8 | − 1.09 | 0.00 |
| AHCYL2 | 1.00 | 0.01 |
| AKR1C3 | − 1.52 | 0.02 |
| ALDH6A1 | 1.30 | 0.00 |
| AMN | 1.06 | 0.04 |
| ANXA6 | − 1.94 | 0.00 |
| AOC1 | − 1.96 | 0.00 |
| ARHGEF10 | 1.15 | 0.04 |
| ARL4C | − 1.56 | 0.01 |
| ATOX1 | − 1.12 | 0.00 |
| ATP5E | − 1.31 | 0.00 |
| ATP8B1 | 1.09 | 0.00 |
| ATP9A | − 1.77 | 0.00 |
| B2M | − 1.82 | 0.00 |
| BCAS4 | − 1.06 | 0.00 |
| BCL2L1 | − 1.02 | 0.00 |
| BNIP3 | 1.31 | 0.02 |
| C15orf52 | − 1.10 | 0.04 |
| C20orf24 | − 1.21 | 0.00 |
| C2orf54 | − 2.00 | 0.00 |
| C7orf50 | − 1.20 | 0.00 |
| CAPG | − 1.02 | 0.03 |
| CCDC71L | − 1.00 | 0.01 |
| CD59 | − 1.13 | 0.00 |
| CD82 | − 1.31 | 0.01 |
| CDKN2A | − 1.43 | 0.03 |
| CEACAM1 | − 1.42 | 0.00 |
| CFD | 1.65 | 0.00 |
| CHKA | − 1.17 | 0.00 |
| CHMP4B | − 1.25 | 0.00 |
| CLDN3 | − 1.45 | 0.00 |
| COL17A1 | − 1.33 | 0.03 |
| COTL1 | − 1.67 | 0.00 |
| CPNE1 | − 1.09 | 0.00 |
| CST3 | − 1.29 | 0.00 |
| CTSA | − 1.01 | 0.00 |
| CTSD | − 1.27 | 0.00 |
| CTSH | − 1.31 | 0.00 |
| CTSS | − 2.26 | 0.00 |
| CTSV | − 2.11 | 0.00 |
| CTSZ | − 1.05 | 0.00 |
| CUEDC1 | − 1.59 | 0.00 |
| CXXC5 | − 1.01 | 0.01 |
| CYB5D1 | 1.17 | 0.00 |
| CYTOR | − 1.42 | 0.00 |
| DBNDD2 | − 1.06 | 0.00 |
| DCBLD2 | − 2.20 | 0.00 |
| DGAT2 | − 1.04 | 0.01 |
| DHRS3 | − 1.09 | 0.01 |
| DNTTIP1 | − 1.23 | 0.00 |
| DYNLRB1 | − 1.25 | 0.00 |
| EDN1 | − 1.27 | 0.03 |
| EHD1 | − 1.01 | 0.00 |
| EMP1 | − 1.60 | 0.00 |
| EPB41L1 | − 1.06 | 0.00 |
| EPS8L1 | − 1.20 | 0.00 |
| FAH | − 1.28 | 0.00 |
| FAM84B | − 1.10 | 0.02 |
| FCGRT | − 1.60 | 0.00 |
| FECH | 1.27 | 0.00 |
| FKBP10 | − 1.41 | 0.04 |
| FKBP1A | − 1.16 | 0.00 |
| FUNDC2 | − 1.04 | 0.00 |
| FUNDC2P1 | − 1.08 | 0.00 |
| FZD7 | − 1.19 | 0.00 |
| GABARAPL1 | − 1.35 | 0.01 |
| GABRE | − 1.53 | 0.00 |
| GCAT | 1.01 | 0.01 |
| GNE | − 1.03 | 0.02 |
| GPC1 | − 1.01 | 0.05 |
| GSN | − 1.75 | 0.00 |
| HELZ2 | − 1.02 | 0.01 |
| HIST1H2BD | − 1.04 | 0.01 |
| HIST2H4A | − 1.38 | 0.00 |
| HSD11B2 | − 1.11 | 0.03 |
| HSPB1 | − 1.20 | 0.02 |
| IDS | − 1.60 | 0.00 |
| IFI27 | − 1.48 | 0.03 |
| IFI27L2 | − 1.03 | 0.03 |
| IFI6 | − 1.86 | 0.00 |
| IGFBP4 | − 1.15 | 0.02 |
| IL33 | 1.58 | 0.04 |
| IRF1 | − 1.28 | 0.00 |
| ISG15 | − 1.13 | 0.04 |
| ITGA3 | − 1.23 | 0.01 |
| ITGB5 | − 1.09 | 0.00 |
| KIFC3 | − 1.20 | 0.04 |
| KLK6 | − 2.00 | 0.00 |
| KRT20 | − 1.56 | 0.02 |
| KRT23 | − 3.88 | 0.00 |
| KRT80 | − 1.58 | 0.00 |
| LAMC2 | − 1.57 | 0.00 |
| LFNG | − 1.23 | 0.00 |
| LGALS1 | − 2.44 | 0.00 |
| LIPG | 1.38 | 0.00 |
| LITAF | − 1.20 | 0.01 |
| LTBP3 | − 1.63 | 0.00 |
| LTBP4 | 1.17 | 0.00 |
| LY6E | − 1.74 | 0.00 |
| LY6G6D | − 2.03 | 0.01 |
| LY75 | − 1.60 | 0.00 |
| MAPRE3 | − 1.23 | 0.00 |
| MBOAT2 | − 1.03 | 0.02 |
| MCRIP1 | − 1.02 | 0.00 |
| MDK | − 1.36 | 0.01 |
| MDM2 | 1.09 | 0.00 |
| MELTF | − 1.18 | 0.01 |
| MGLL | − 1.20 | 0.00 |
| MIR4435-2HG | − 1.47 | 0.00 |
| MMP14 | − 1.64 | 0.00 |
| MOCOS | 1.13 | 0.00 |
| MOSPD1 | − 1.01 | 0.00 |
| MUC20 | − 1.58 | 0.00 |
| MYBL2 | − 1.06 | 0.00 |
| NABP1 | − 1.05 | 0.01 |
| NDUFC2 | − 1.11 | 0.00 |
| PDP1 | − 1.16 | 0.00 |
| PEA15 | − 1.30 | 0.00 |
| PFDN4 | − 1.20 | 0.00 |
| PHLDB1 | − 1.05 | 0.05 |
| PLAUR | − 1.18 | 0.00 |
| PLTP | − 1.53 | 0.03 |
| PMEPA1 | − 2.92 | 0.00 |
| PML | − 1.03 | 0.00 |
| POLD4 | − 1.06 | 0.00 |
| PPP1R14D | − 2.05 | 0.00 |
| PRDX5 | − 1.09 | 0.00 |
| PRR15 | − 1.06 | 0.03 |
| PRSS23 | − 1.09 | 0.02 |
| PSMA7 | − 1.00 | 0.00 |
| PSMB10 | − 1.27 | 0.00 |
| QPCT | − 2.23 | 0.00 |
| QPRT | − 1.32 | 0.05 |
| RASL11A | − 1.19 | 0.04 |
| REG4 | 2.99 | 0.00 |
| RGCC | − 2.97 | 0.00 |
| RGMB | 1.49 | 0.00 |
| RHOD | − 1.22 | 0.01 |
| ROMO1 | − 1.28 | 0.00 |
| RPL22L1 | 1.12 | 0.01 |
| RTFDC1 | − 1.04 | 0.00 |
| S100A11 | − 1.65 | 0.00 |
| S100A2 | − 2.87 | 0.00 |
| S100A4 | − 1.55 | 0.02 |
| SDC4 | − 1.30 | 0.00 |
| SLC20A2 | − 1.01 | 0.00 |
| SLC2A1 | − 1.42 | 0.00 |
| SLC2A4RG | − 1.04 | 0.00 |
| SLC2A8 | − 1.04 | 0.00 |
| SLC39A5 | − 1.70 | 0.01 |
| SLCO1B3 | 1.46 | 0.05 |
| SMAD3 | − 1.08 | 0.00 |
| SMIM22 | − 1.19 | 0.01 |
| SNORA73B | 1.00 | 0.01 |
| SPINK1 | − 2.72 | 0.00 |
| SULT2B1 | − 1.60 | 0.00 |
| SYT7 | − 1.55 | 0.00 |
| TACSTD2 | − 2.32 | 0.00 |
| TCF7 | − 1.18 | 0.00 |
| TGFBI | − 2.28 | 0.00 |
| TIMP2 | − 2.59 | 0.00 |
| TM4SF1 | − 1.78 | 0.00 |
| TMEM176A | − 2.16 | 0.00 |
| TMEM176B | − 1.85 | 0.01 |
| TMEM185A | − 1.07 | 0.00 |
| TMPRSS4 | − 1.35 | 0.01 |
| TNFRSF14-AS1 | 1.19 | 0.02 |
| TNFRSF1B | − 1.44 | 0.00 |
| TRIB1 | − 1.11 | 0.02 |
| TRIM7 | 1.08 | 0.04 |
| TSC22D1 | − 1.01 | 0.01 |
| TUBA4A | − 1.01 | 0.00 |
| TUBB2A | − 1.49 | 0.00 |
| TUBE1 | 1.12 | 0.00 |
| UCA1 | − 1.49 | 0.03 |
| UCP2 | − 1.16 | 0.02 |
| VAMP8 | − 1.10 | 0.00 |
| VEGFB | − 1.25 | 0.00 |
| VOPP1 | − 1.27 | 0.00 |
| VSIR | − 1.68 | 0.00 |
| ZFP90 | 1.13 | 0.00 |
| ZMYND8 | − 1.07 | 0.00 |
| EVOLVING-CRC vs STABLE-CRC | ||
| ABCB6 | − 1.00 | 0.04 |
| AHI1 | 1.04 | 0.02 |
| ANXA6 | − 1.83 | 0.02 |
| ATOX1 | − 1.07 | 0.01 |
| B2M | − 1.57 | 0.00 |
| CPNE1 | − 1.12 | 0.00 |
| FAT1 | 1.09 | 0.04 |
| GTF3A | − 1.09 | 0.03 |
| IGFBP6 | − 2.01 | 0.02 |
| IRF1 | − 1.05 | 0.02 |
| LGALS1 | − 2.45 | 0.00 |
| LY6E | − 1.47 | 0.02 |
| PAM | − 1.27 | 0.03 |
| PEA15 | − 1.12 | 0.01 |
| PLA2G2A | 2.56 | 0.01 |
| PSMB10 | − 1.05 | 0.02 |
| S100A2 | − 1.96 | 0.00 |
| SDC4 | − 1.04 | 0.05 |
| SLC7A11 | 1.63 | 0.01 |
| TGFBI | − 1.50 | 0.04 |
| TIMP2 | − 1.82 | 0.03 |
| TUBA1A | − 1.71 | 0.05 |
| TUBB2A | − 1.55 | 0.03 |
| TUBE1 | 1.27 | 0.01 |
| VEGFA | 1.08 | 0.05 |