Table 1.

Relevant amino acid substitutions identified in the Colombian CHIKV isolates.

Gene	Nt positióna	Shift	Shift AA (gen)b	Panama	Car-61	OV26	1 P	6 M	INS-449125	Car-128	Car-3	Car-149	Car-4	Car-62	OV-7	Car-89	OV-13	OV-16	Nicaragua	INS- 477150	INS-449325	Saint Barts	1Colombia	2Colombia
nsP1	398	C > A	L 108 M	.	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
nsP2	2139	T > C	A 153 V	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	.	.	.	.	.	.
nsP2	3308	T > C	Y 543 H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	+	+	.	.	.
nsP2	3840	G > C	G 720 A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	+	+	.	.	.
nsP2	4050	T > C	V 790 A	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
nsP3	5196	G > C	G 375 A	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
nsP3	5426	C > T	P 452 S	.	.	.	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
nsP3	5445	T > C	L 458 P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	+	+	.	.	.
nsP4	5826	C > T	T 58 M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.
nsP4	6384	G > A	S 244 N	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
nsP4	6849	C > A	S 399 Y	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
C	7589	G > A	R 12 K	.	.	.	.	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
C	7787	G > A	R 78 Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	.	.	.	.	.	+	+	+
E2	8895	T > C	V 373 A	.	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
E1	10145	T > C	I 55 T	.	.	+	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
E1	10283	C > T	T 101 M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	+	.
E1	11035	T > G	L 352 V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	+	.	.	.

^aThe nucleotide positions are numbered by the Whole genome (including 5′ UTR). ^bThe amino acid positions are numbered from the first amino acid of each gene product.