Table 1.
T20 variant sequences and IC50 values for viral neutralization
| Peptide | Sequencea | IC50 (μg/mL)b | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | NL43 | JRCSF | 94UG103 | 92BR020 | IAVI C22 | 92TH021 | JRCSF‐GIA | |
| T20 | I | H | S | L | I | E | E | S | Q | N | Q | Q | E | K | N | E | Q | E | L | L | E | L | 0.37 | 0.09 | 0.03 | 0.30 | 0.03 | 0.02 | 3.58 |
| T20v1 | · | R | E | I | L | V | · | · | R | I | · | · | · | · | · | · | R | · | · | R | D | I | 0.06 | 0.10 | 0.06 | 0.17 | 0.12 | 0.06 | 0.29 |
| T20v2 | · | · | · | I | · | · | · | · | R | · | R | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | 0.06 | 0.06 | 0.03 | 0.17 | 0.09 | 0.03 | 1.05 |
| T20v3 | L | R | · | I | · | · | · | G | R | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | 0.13 | 0.08 | 0.03 | 0.19 | 0.08 | 0.03 | 1.34 |
| T20v4 | · | R | · | I | · | · | · | · | R | · | · | · | · | · | · | · | · | K | · | · | · | V | 0.15 | 0.12 | 0.04 | 0.22 | 0.50 | 0.03 | 1.80 |
| T20v5 | L | R | · | · | · | · | · | · | R | · | L | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | V | 0.17 | 0.15 | 0.14 | 0.50 | 0.29 | 0.13 | 5.69 |
| T20v6 | L | W | · | I | · | · | · | G | R | · | L | · | · | · | · | · | · | K | · | · | · | · | 0.16 | 0.14 | 0.21 | 0.62 | 0.59 | 0.10 | 5.68 |
| T20v7 | · | W | K | V | L | N | D | A | R | E | · | · | · | N | · | Q | E | T | · | V | · | I | 0.37 | 0.16 | 0.45 | 1.12 | 0.23 | 0.07 | 5.10 |
| T20v8 | · | R | E | I | M | N | K | · | W | G | · | · | R | R | · | · | G | T | · | A | · | I | 0.40 | 0.24 | 0.31 | 0.53 | 1.11 | 0.24 | 10.2 |
| T20v9 | · | R | E | · | · | S | N | A | R | T | · | · | T | D | · | · | E | S | · | R | N | V | 1.20 | 0.34 | 0.41 | 0.82 | 1.09 | 0.35 | 16.8 |
| T20v10 | · | W | · | I | · | I | D | G | R | E | · | · | R | D | · | · | G | V | · | A | D | · | 23.3 | 0.50 | 3.35 | 12.0 | 0.45 | 0.11 | 24.4 |
a
Positions that were conserved as the wt sequence are indicated by dots.
b
The IC50 of each T20 variant for each pseudotyped virus was defined as the concentration of peptide that inhibited virus infection by 50%. Bold values indicate IC50 < 0.30 μg/mL.