. 2019 Jul;209:88–97. doi: 10.1016/j.schres.2019.05.011

Table 2.

Top differentially expressed probes.

Gene	FEP vs HC	Scz vs HC	OP vs HC	Chr
Top 50 Up-regulated - logFC (q-value)
CAMP	0.66 (<0.001)	0.94 (<0.001)	0.38 (0.058)	3
DEFA1B	0.97 (<0.001)	1.25 (<0.001)	0.69 (0.042)	8
DEFA3	0.95 (<0.001)	1.24 (<0.001)	0.66 (0.046)	8
DEFA1	0.87 (<0.001)	1.1 (<0.001)	0.64 (0.041)	8
C9ORF72	0.24 (<0.001)	0.3 (<0.001)	0.19 (0.041)	9
CLNS1A	0.18 (<0.001)	0.23 (<0.001)	0.13 (0.049)	11
SUMO3	0.11 (<0.001)	0.12 (<0.001)	0.1 (0.022)	21
TMEM170B	0.3 (<0.001)	0.36 (<0.001)	0.25 (0.037)	6
PSMC2	0.14 (<0.001)	0.18 (<0.001)	0.1 (0.050)	7
HBXIP	0.1 (<0.001)	0.13 (<0.001)	0.07 (0.053)	1
PARL	0.1 (<0.001)	0.12 (<0.001)	0.07 (0.048)	3
IFNGR1	0.16 (<0.001)	0.19 (<0.001)	0.12 (0.050)	6
GLRX	0.24 (<0.001)	0.29 (<0.001)	0.19 (0.042)	5
IDH1	0.14 (<0.001)	0.16 (<0.001)	0.12 (0.036)	2
TCEB1	0.14 (<0.001)	0.16 (<0.001)	0.11 (0.041)	8
CCPG1	0.17 (<0.001)	0.21 (<0.001)	0.13 (0.046)	15
LYPLAL1	0.18 (<0.001)	0.2 (<0.001)	0.16 (0.037)	1
SLC30A9	0.18 (<0.001)	0.2 (<0.001)	0.15 (0.037)	4
TMBIM4	0.08 (<0.001)	0.1 (<0.001)	0.07 (0.044)	12
FAM96A	0.25 (<0.001)	0.29 (<0.001)	0.2 (0.040)	15
FAM45A	0.13 (<0.001)	0.16 (<0.001)	0.1 (0.048)	10
GNG10	0.31 (<0.001)	0.39 (<0.001)	0.24 (0.053)	9
C14ORF100	0.15 (<0.001)	0.17 (<0.001)	0.12 (0.040)	14
COX7A2	0.22 (<0.001)	0.27 (<0.001)	0.18 (0.046)	6
TAF7	0.2 (<0.001)	0.24 (<0.001)	0.17 (0.040)	5
MAP2K1IP1	0.21 (<0.001)	0.25 (<0.001)	0.17 (0.046)	4
CRLS1	0.21 (<0.001)	0.24 (<0.001)	0.17 (0.041)	20
COX7A2L	0.19 (<0.001)	0.21 (<0.001)	0.16 (0.037)	2
ATP5C1	0.24 (<0.001)	0.29 (<0.001)	0.2 (0.045)	10
FBXL5	0.13 (<0.001)	0.15 (<0.001)	0.1 (0.049)	4
UQCRQ	0.28 (<0.001)	0.33 (<0.001)	0.23 (0.046)	5
BNIP2	0.18 (<0.001)	0.19 (<0.001)	0.16 (0.037)	15
SLC35A1	0.19 (<0.001)	0.23 (<0.001)	0.15 (0.059)	6
RPSA	0.16 (<0.001)	0.2 (<0.001)	0.12 (0.061)	3
LYST	0.14 (<0.001)	0.16 (<0.001)	0.12 (0.046)	1
WDR61	0.13 (<0.001)	0.16 (<0.001)	0.11 (0.044)	15
SRP9	0.2 (<0.001)	0.22 (<0.001)	0.18 (0.038)	1
VBP1	0.22 (<0.001)	0.25 (<0.001)	0.19 (0.041)	X
PCMT1	0.14 (<0.001)	0.14 (<0.001)	0.13 (0.036)	6
TMX1	0.25 (<0.001)	0.29 (<0.001)	0.2 (0.048)	14
SLC44A1	0.18 (<0.001)	0.19 (<0.001)	0.16 (0.036)	9
PRDX3	0.13 (<0.001)	0.14 (<0.001)	0.12 (0.037)	10
COX17	0.13 (<0.001)	0.15 (<0.001)	0.11 (0.042)	3
KIAA1600	0.19 (<0.001)	0.22 (<0.001)	0.15 (0.050)	10
PIGY	0.17 (<0.001)	0.2 (<0.001)	0.15 (0.044)	4
COMMD3	0.17 (<0.001)	0.21 (<0.001)	0.14 (0.049)	10
KBTBD11	0.16 (<0.001)	0.19 (<0.001)	0.13 (0.050)	8
TMEM14B	0.16 (<0.001)	0.19 (<0.001)	0.13 (0.055)	6
VAMP7	0.15 (<0.001)	0.16 (<0.001)	0.14 (0.036)	XY
LDHA	0.11 (<0.001)	0.11 (<0.001)	0.11 (0.036)	11

Top 50 Down-regulated - logFC (q-value)
RBM14	−0.13 (<0.001)	−0.17 (<0.001)	−0.09 (0.046)	11
HNRNPUL2	−0.19 (<0.001)	−0.23 (<0.001)	−0.14 (0.040)	11
GABPB2	−0.09 (<0.001)	−0.11 (<0.001)	−0.06 (0.053)	1
FAM110A	−0.16 (<0.001)	−0.19 (<0.001)	−0.12 (0.046)	20
SCAP	−0.14 (<0.001)	−0.17 (<0.001)	−0.11 (0.046)	3
PNPT1	−0.11 (<0.001)	−0.14 (<0.001)	−0.08 (0.050)	2
RASGRP2	−0.12 (<0.001)	−0.15 (<0.001)	−0.09 (0.050)	11
ZC3H5	−0.11 (<0.001)	−0.13 (<0.001)	−0.08 (0.057)
TMEM69	−0.11 (<0.001)	−0.13 (<0.001)	−0.1 (0.037)	1
CLSTN1	−0.16 (<0.001)	−0.2 (<0.001)	−0.12 (0.058)	1
GANAB	−0.12 (<0.001)	−0.15 (<0.001)	−0.09 (0.054)	11
DENND4B	−0.12 (<0.001)	−0.14 (<0.001)	−0.09 (0.046)	1
ZNF296	−0.16 (<0.001)	−0.19 (<0.001)	−0.13 (0.042)	19
KIAA1267	−0.1 (<0.001)	−0.13 (<0.001)	−0.08 (0.051)	17
CXXC1	−0.12 (<0.001)	−0.14 (<0.001)	−0.1 (0.046)	18
POM121C	−0.13 (<0.001)	−0.16 (<0.001)	−0.1 (0.049)	7
RANGAP1	−0.12 (<0.001)	−0.15 (<0.001)	−0.1 (0.050)	22
STIP1	−0.14 (<0.001)	−0.17 (<0.001)	−0.1 (0.060)	11
ITPKB	−0.13 (<0.001)	−0.16 (<0.001)	−0.1 (0.055)	1
CD97	−0.16 (<0.001)	−0.2 (<0.001)	−0.13 (0.053)	19
HGS	−0.1 (<0.001)	−0.13 (<0.001)	−0.08 (0.060)	17
SUPT5H	−0.14 (<0.001)	−0.16 (<0.001)	−0.11 (0.042)	19
UBQLN4	−0.12 (<0.001)	−0.14 (<0.001)	−0.1 (0.044)	1
SPG7	−0.11 (<0.001)	−0.13 (<0.001)	−0.08 (0.058)	16
RAB11FIP1	−0.14 (<0.001)	−0.16 (<0.001)	−0.12 (0.046)	8
TRIM28	−0.14 (<0.001)	−0.16 (<0.001)	−0.11 (0.053)	19
WDR23	−0.12 (<0.001)	−0.13 (<0.001)	−0.1 (0.041)	14
GPS1	−0.09 (<0.001)	−0.1 (<0.001)	−0.08 (0.046)	17
FBXO46	−0.16 (<0.001)	−0.18 (<0.001)	−0.15 (0.041)	19
TLN1	−0.21 (<0.001)	−0.24 (<0.001)	−0.18 (0.044)	9
ABCF1	−0.11 (<0.001)	−0.13 (0.001)	−0.09 (0.060)	6
ORC6L	−0.1 (<0.001)	−0.11 (0.001)	−0.08 (0.046)	16
UBA1	−0.17 (<0.001)	−0.2 (0.001)	−0.13 (0.061)	X
SRRM2	−0.11 (<0.001)	−0.14 (0.001)	−0.09 (0.057)	16
PDPR	−0.21 (<0.001)	−0.24 (0.001)	−0.18 (0.047)
XRCC6	−0.13 (<0.001)	−0.14 (0.001)	−0.11 (0.046)	22
LBA1	−0.18 (<0.001)	−0.21 (0.001)	−0.16 (0.048)	3
GCN1L1	−0.12 (<0.001)	−0.14 (0.001)	−0.1 (0.052)	12
C21ORF58	−0.12 (<0.001)	−0.14 (0.002)	−0.1 (0.061)	21
EMD	−0.09 (<0.001)	−0.1 (0.002)	−0.07 (0.059)	X
ST3GAL1	−0.14 (<0.001)	−0.15 (0.002)	−0.13 (0.037)	8
TSSC4	−0.11 (<0.001)	−0.11 (0.002)	−0.1 (0.037)	11
EDC4	−0.1 (<0.001)	−0.11 (0.002)	−0.1 (0.037)	16
CORO7	−0.12 (<0.001)	−0.14 (0.002)	−0.11 (0.048)	16
WASF2	−0.18 (<0.001)	−0.2 (0.002)	−0.17 (0.040)	1
UBA52	−0.11 (<0.001)	−0.12 (0.002)	−0.1 (0.044)	19
NRGN	−0.3 (<0.001)	−0.33 (0.002)	−0.26 (0.048)	11
AP1G2	−0.11 (<0.001)	−0.11 (0.002)	−0.1 (0.041)	14
KPNA6	−0.12 (0.001)	−0.14 (0.002)	−0.1 (0.057)	1
PBX2	−0.12 (<0.001)	−0.13 (0.002)	−0.11 (0.041)	6

Table of logFC and q-value of top up and down regulated probes for 3 comparisons (FEP vs HC, SCZ vs HC and OP vs HC) following differential expression analysis. Each comparison contains the logFC value followed by the q-value in brackets. Genes were included if the FDR adjusted q-value was less than 0.05 and the absolute log fold change was above 0.1 in all 3 comparisons. For a complete list of probes see supplementary table 2.