Table 1.
DNA methylation markers in whole blood for risk assessment of colorectal neoplasms.
| Gene/LINE-1 locus | Chromosome | Gao, 2018 [37] | Zhang, 2017 a [38] | Liu, 2017 [39] | Leclerc, 2017 [42] | Heiss, 2017 [19] | Alexander, 2017 b [43] | Luo, 2016 [40] | Xiao, 2015 [41] | Ravegnini, 2015 [32] | Nüsgen, 2015 [36] | Ho, 2015 b [45] | Gao, 2012 [27] | Miroglio, 2010 [35] | Kaaks, 2009 [28] | Ally, 2009 a [33] | Ito, 2008 [34] | Ashktorab, 2007 b [44] | Miotto, 2004 [31] | Sabbioni, 2003 [30] | Report Frequency |
Frequency of Significant Results |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CITED4 | 1 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| GSTM2 | 1 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| MTHFR | 1 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PARP1 | 1 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PER3 | 1 | ⬇ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| PTCH2 | 1 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| AOX-1 | 2 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| CNRIP1 | 2 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| L1C2 | 2 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PER2 | 2 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| TMEFF2 | 2 | ○ | ○ | 2 | 0 | |||||||||||||||||
| ADAMTS9 | 3 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| MLH1 | 3 | ○ | ○ | 2 | 0 | |||||||||||||||||
| MME_ | 3 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| RARB2 | 3 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| SEMA3F | 3 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| APC | 5 | ○ | ○ | ○ | 3 | 0 | ||||||||||||||||
| FLT4 | 5 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| NEUROG1 | 5 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| DSP | 6 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| ESR1 | 6 | ○ | ○ c | 2 | 0 | |||||||||||||||||
| IRF4 | 6 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| L1C6 | 6 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PLAGL1 | 6 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PDK4 | 7 | ⬇ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| PODXL | 7 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| SEMA3C | 7 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| SFRP4 | 7 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| SGCE | 7 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| CRH | 8 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| APBA1 | 9 | ⬇ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| CDKN2A | 9 | ○ | ○ | 2 | 0 | |||||||||||||||||
| DAPK1 | 9 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| FOXE-1 | 9 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1C10 | 10 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| MGMT | 10 | ○ | ○ | 2 | 0 | |||||||||||||||||
| SFRP5 | 10 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| H19 | 11 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| IGF2 | 11 | ⬆ | ○ | ⬇ | ○ | ○ | 5 | 2 | ||||||||||||||
| IL18BP | 11 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| KIAA1549L | 11 | ⬆ c | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| KCNK4 | 11 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1C11 | 11 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| WT1 | 11 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| CYP27B1 | 12 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PDE1B_ | 12 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| RERG | 12 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| TMEM132D | 12 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| WIF1 | 12 | ⬆ | ○ | 2 | 1 | |||||||||||||||||
| WNT1 | 12 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| GJB2 | 13 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| MLH3 | 14 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| SNRPN | 15 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| CDH1 | 16 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| NDRG4 | 16 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| BRCA1 | 17 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| CA10 | 17 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| HIC1 | 17 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| NGFR | 17 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| PER1 | 17 | ⬇ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| SEPT9 | 17 | ○ | ⬇ | 2 | 1 | |||||||||||||||||
| BCL2 | 18 | ⬆ c | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| INSR | 19 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| CDH4 | 20 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| DNMT3B | 20 | ⬆ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| HCK | 20 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1C20 | 20 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| B3GALT5 | 21 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| COL18A1 | 21 | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| TIMP3 | 22 | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| DKC1 | X | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| GLA | X | ○ c | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1X1 | X | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1X3 | X | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1X4a | X | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1X5b d | X | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1X6b | X | ○ | 1 | 0 | ||||||||||||||||||
| L1X8 | X | ⬆ c | 1 | 1 | ||||||||||||||||||
| HBII | ○ c | 1 | 0 | |||||||||||||||||||
| MINT31 | ⬆ | 1 | 1 |
○ represents no difference in methylation levels between colorectal adenoma/CRC cases and controls; ⬆ represents hypermethylated marker in colorectal adenoma/CRC cases; ⬇ represents hypomethylated marker in colorectal adenoma/CRC cases. a Cases included both, colorectal adenomas and CRCs; b Cases included only colorectal adenomas; c Reported association after multiple testing correction (methylation changes of 26 CpG sites were significantly associated with CRC risk before Bonferroni correction, but none remained statistically significant after the correction); d Methylation was significantly different in female patients compared to healthy women. Abbreviations: LINE, long interspersed element.