Table 2.

Biofilm assays suitable for the main categories of anti-biofilm surfaces. The anti-biofilm surfaces are categorized according to Cattò et al. [36].

Topic	Method	In Situ	Ex Situ	Surface Chemistry Modification	Surface Topography Modification	Surface with Microstructure	Antimicrobial Coating	Antimicrobial-Releasing Surface	Antimicrobial-Responsive Surface	Covalent Immobilization of Antimicrobials	Metal Coating	Nanoparticles Based Materials	Anti-Biofilm Biocide-Free Surfaces
Viable cellular biomass	Plate count assay	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Biomarkers quantification (Phospholipid fatty acids, ergosterol)	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Metabolic colorimetric dyes	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	ATP bioluminescence	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Isothermal microcalorimetry	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Tunable Diode Laser Absorption Spectroscopy	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Propidium monoazide-qPCR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
Total (viable and not viable) cellular biomass	Chamber counting	✖	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Dyes binding	✔	✖	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Biomarker quantification (total organic carbon, proteins, chlorophyll)	✖	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Quantitative polymerase chain reaction (q-PCR)	✖	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Flow-based cell counting	✖	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
Total biofilm (cellular biomass + EPS)	Dry weight	✔	✖	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Optical density	✖	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Dye-based methods	✔	✖	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✖	✖	✔	✔
	Colour measurements	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
EPS matrix	Proteins quantification	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Polysaccharides quantification	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Extracellular DNA quantification	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Antibody microarrays	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Fluorescent microscopies	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Spectroscopic techniques (ATR-IR, Raman, SERS)	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Advanced techniques (HPLC, LC–UV-ESI-MS/MS, GC/MS, NMR, TXRF, ICP-MS)	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
Identification and spatial distribution of biofilm members	FISH and FISH-based techniques	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Immunofluorescence detection	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
Biofilm morphology	Confocal Laser Scanning Microscopy (CLSM, FRAP, FCS, FLIM)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Multiphoton microscopy (MPM)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Electronic microscopies (SEM, TEM, cryo-SEM, ESEM, FIB-SEM, ASEM)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Raman microscopy (RM, CRM)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Scanning transmission X-ray microscopy (STXM)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Super-resolution microscopies (STED, GSD, RESOLFT, PALM, STORM, SIM, SSIM)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Optical coherence tomography (OCT)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
Mechanical and physical properties	Atomic force microscopy (AFM, AFM-SCFS)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Rheometry (macro and micro-reometry, SPT, MPT)	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Quartz crystal microbalance (QCM, QCM-D)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Surface plasma resonance (SPR)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Fluid dynamic gauging (FDG)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Microsensors	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
	Nuclear magnetic resonance (NMR, MRI, PFG-NMR)	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔