Table 1.

The relative synonymous codon usage (RSCU) value of 59 codons encoding 18 amino acids according to hosts of potato virus M coat protein (PVM CP) and cysteine-rich nucleic acid binding protein (NABP) genes.

Codon	aa	CP				NABP
		Potato	Tomato	Pepino	All	Potato	Tomato	Pepino	All
UUU	F	0.89	0.63	0.65	0.73	1.98	1.8	1.96	1.96
UUC	F	1.11 *	1.38	1.35	1.27	0.02	0.2	0.04	0.04
UUA	L	0.36	0.26	0.02	0.15	1.7	1.6	1.96	1.84
UUG	L	1.18	0.93	0.96	1.04	0.81	0.8	1.84	1.4
CUU	L	0.48	0.26	0.29	0.36	1.63	2.4	2.05	1.93
CUC	L	0.89	1.03	1	0.96	0.52	0.2	0	0.2
CUA	L	1	1.12	1.38	1.23	0.63	0.4	0.02	0.27
CUG	L	2.1	2.41	2.36	2.27	0.7	0.6	0.12	0.37
AUU	I	0.64	0.52	0.13	0.33	1.14	1.07	1.1	1.1
AUC	I	1.17	1.47	1.74	1.53	1.05	0.67	0.65	0.72
AUA	I	1.18	1.01	1.13	1.14	0.81	1.26	1.25	1.18
GUU	V	0.54	0.42	0.48	0.5	0.09	0	0	0.02
GUC	V	0.63	0.54	0.5	0.55	0.52	0.4	0.4	0.42
GUA	V	0.5	0.81	0.55	0.54	1.03	0.8	0.82	0.87
GUG	V	2.33	2.24	2.47	2.41	2.36	2.8	2.77	2.69
UCU	S	0.83	0.81	0.72	0.76	1.83	2.04	2.38	2.23
UCC	S	0.76	0.72	0.71	0.73	0.9	0.64	0.27	0.44
UCA	S	0.88	0.94	1.07	0.99	1.4	1.61	1.58	1.54
UCG	S	1.53	1.48	1.37	1.44	0.23	0	0.01	0.06
AGU	S	0.31	0.4	0.62	0.49	1.6	1.71	1.77	1.72
AGC	S	1.7	1.66	1.51	1.59	0.03	0	0	0.01
CCU	P	0.7	0.55	0.69	0.69	2.02	1.7	1.68	1.75
CCC	P	0.56	0.58	0.43	0.49	0.62	0.8	0.78	0.75
CCA	P	1.24	1.39	1.59	1.45	1.18	1.5	1.51	1.44
CCG	P	1.51	1.47	1.28	1.38	0.19	0	0.03	0.06
ACU	T	1.85	1.99	1.95	1.92	2.68	2.76	3.05	2.95
ACC	T	0.42	0.24	0.37	0.37	0.93	1.16	0.95	0.97
ACA	T	1.01	0.97	0.8	0.88	0.19	0	0	0.04
ACG	T	0.72	0.8	0.89	0.83	0.19	0.07	0	0.04
GCU	A	1.51	1.57	1.34	1.42	2.05	2.38	2.3	2.26
GCC	A	0.86	0.78	0.94	0.9	0.05	0.05	0.14	0.12
GCA	A	1.03	1.03	1.17	1.11	0.48	0.66	0.41	0.44
GCG	A	0.6	0.62	0.54	0.57	1.43	0.91	1.15	1.19
UAU	Y	0.99	1.08	1.01	1.01	1.13	0.86	0.84	0.91
UAC	Y	1.01	0.92	0.99	0.99	0.87	1.14	1.16	1.09
CAU	H	0.77	0.4	0.46	0.56	0.88	0.53	0.72	0.74
CAC	H	1.23	1.6	1.54	1.44	1.12	1.47	1.28	1.26
CAA	Q	0.74	0.58	0.44	0.56	1.37	2	2	1.89
CAG	Q	1.26	1.42	1.56	1.44	0.63	0	0	0.11
AAU	N	1.18	1.34	1.29	1.25	1.64	1.33	1.34	1.4
AAC	N	0.82	0.66	0.71	0.75	0.36	0.67	0.66	0.6
AAA	K	0.76	0.75	0.62	0.68	0.31	0.53	0.53	0.49
AAG	K	1.24	1.25	1.38	1.32	1.69	1.47	1.47	1.51
GAU	D	1.24	1.32	1.45	1.37	1.97	1.78	2	1.98
GAC	D	0.76	0.68	0.55	0.63	0.03	0.22	0	0.02
GAA	E	0.7	0.68	0.66	0.68	0.73	0.8	0.78	0.77
GAG	E	1.3	1.32	1.34	1.32	1.27	1.2	1.22	1.23
UGU	C	0.72	0.83	0.71	0.72	1.58	1.62	1.66	1.64
UGC	C	1.28	1.17	1.29	1.28	0.42	0.38	0.34	0.36
CGU	R	0.65	0.31	0.26	0.4	1.16	1.37	1.37	1.32
CGC	R	1.11	0.81	0.78	0.9	1.07	0.91	0.91	0.95
CGA	R	0.93	1.47	1.5	1.3	0.59	0.74	0.52	0.56
CGG	R	0.53	0.56	0.53	0.53	0.16	0	0	0.03
AGA	R	0.82	0.69	0.69	0.74	1.3	1.26	1.34	1.32
AGG	R	1.96	2.16	2.24	2.14	1.73	1.71	1.85	1.82
GGU	G	1.28	1.01	1.15	1.19	2.09	2.57	2.85	2.66
GGC	G	0.8	0.95	0.98	0.92	0.85	0.14	0.01	0.21
GGA	G	0.9	1.01	1	0.96	0.75	0.71	0.57	0.62
GGG	G	1.02	1.03	0.86	0.93	0.31	0.57	0.57	0.51

* The most frequently used codons are shown in bold.