Table 1.

Genes upregulated in the TG input

Genes	Log2 fold change	p	q	Genes	Log2 fold change	p	q
1700037C18Rik	1.847	0.006	0.058	Mrpl36	1.645	0.024	0.100
6430548M08Rik	1.249	0.000	0.026	Mrpl44	1.331	0.020	0.093
9130401M01Rik	1.884	0.023	0.098	Mrpl46	1.476	0.005	0.052
Aard	2.059	0.001	0.030	Mrps11	1.718	0.003	0.042
Abca2	1.917	0.000	0.026	Mrps14	1.614	0.004	0.050
Abhd6	1.493	0.001	0.031	Mrps23	1.332	0.001	0.031
Adarb1	1.426	0.011	0.072	Mrps36	1.262	0.002	0.034
Adck2	1.969	0.004	0.049	Mt2	3.017	0.023	0.097
Ak5	1.564	0.004	0.050	Mt3	2.988	0.011	0.071
Alkbh3	2.585	0.002	0.039	Mtap	1.600	0.017	0.086
Amdhd2	1.234	0.001	0.030	Mtfp1	1.528	0.001	0.034
Anapc13	1.952	0.003	0.046	Mtmr4	1.402	0.005	0.052
Ap4s1	1.506	0.006	0.057	Mxd3	1.297	0.020	0.092
Apbb1	3.191	0.005	0.054	Mxra8	2.100	0.004	0.051
Apip	1.677	0.023	0.099	Myl12a	2.141	0.000	0.027
Apmap	1.356	0.007	0.061	Mylk	1.285	0.019	0.090
Apod	3.523	0.001	0.029	Naa38	3.315	0.019	0.090
Apoe	1.621	0.018	0.088	Nap1l2	1.759	0.002	0.035
Arfip2	1.328	0.000	0.026	Ndp	1.418	0.005	0.053
Arhgef3	1.405	0.014	0.079	Ndufa12	1.436	0.012	0.073
Arhgef4	1.255	0.005	0.055	Ndufa13	1.921	0.024	0.100
Arih2	1.638	0.008	0.066	Ndufb2	3.404	0.005	0.053
Armc5	1.203	0.020	0.093	Necab3	1.663	0.007	0.062
Arpc5l	1.248	0.021	0.095	Nefh	1.820	0.001	0.031
Atp5c1	2.858	0.012	0.074	Nif3l1	1.999	0.018	0.087
Atp5d	2.923	0.004	0.052	Nme3	3.589	0.008	0.063
Atp5j	2.373	0.011	0.070	Nnat	1.368	0.023	0.099
Atp5sl	1.335	0.005	0.053	Nr2f6	1.334	0.016	0.084
Atxn7l3	1.365	0.015	0.080	Nsg1	2.505	0.003	0.041
Avpi1	1.810	0.015	0.082	Nsmaf	1.511	0.002	0.037
B930041F14Rik	2.887	0.004	0.051	Nubp2	2.798	0.000	0.026
Bad	1.797	0.005	0.052	Nudt1	1.395	0.017	0.086
Bet1l	1.486	0.014	0.079	Nudt13	1.358	0.007	0.062
Bod1	1.529	0.013	0.077	Odc1	2.129	0.005	0.053
Cacng5	2.058	0.008	0.063	Otud3	2.021	0.002	0.037
Calb2	3.253	0.005	0.053	P2rx6	1.581	0.009	0.068
Calu	1.213	0.001	0.031	Pacs2	1.388	0.000	0.029
Camkk1	1.514	0.013	0.076	Pak1	3.982	0.001	0.030
Casp3	1.506	0.002	0.035	Pard6a	1.806	0.011	0.072
Cbx7	1.324	0.015	0.081	Pced1a	1.460	0.018	0.088
Ccdc12	1.344	0.018	0.087	Pcp4l1	1.512	0.000	0.020
Ccdc124	1.505	0.015	0.082	Pdia4	1.410	0.002	0.037
Ccdc63	3.251	0.018	0.088	Pdlim2	2.857	0.001	0.030
Cd81	1.413	0.005	0.055	Pex11b	2.281	0.017	0.086
Cda	1.665	0.003	0.044	Pgbd5	1.688	0.001	0.031
Cdc37	1.442	0.014	0.079	Pin1	1.948	0.013	0.076
Cdk5r1	1.482	0.005	0.055	Pkdcc	1.610	0.003	0.045
Cdpf1	1.216	0.014	0.079	Pkm	1.408	0.014	0.080
Cdr2l	1.629	0.015	0.082	Pla2g16	2.793	0.000	0.022
Cela1	1.982	0.014	0.080	Plcd4	1.204	0.015	0.082
Cenpf	3.061	0.020	0.091	Plekha4	1.487	0.001	0.030
Cep19	1.321	0.005	0.053	Plk5	2.167	0.007	0.063
Cgrrf1	2.813	0.002	0.035	Pllp	1.905	0.002	0.040
Chchd1	2.920	0.001	0.029	Plpp1	2.148	0.003	0.046
Chchd3	1.514	0.018	0.088	Plxdc1	1.659	0.003	0.046
Chga	1.707	0.007	0.063	Pnpla2	1.296	0.013	0.078
Chgb	1.656	0.002	0.039	Polr2b	1.215	0.021	0.095
Chmp6	2.654	0.003	0.045	Polr2l	4.483	0.010	0.070
Chpf2	1.312	0.015	0.082	Pon2	1.207	0.002	0.040
Chrac1	1.481	0.002	0.035	Ppa2	1.552	0.005	0.052
Ckmt1	1.257	0.020	0.093	Ppdpf	1.387	0.023	0.097
Clcn7	1.490	0.005	0.053	Ppfia4	2.311	0.001	0.030
Clec2l	2.448	0.002	0.036	Ppm1f	1.386	0.011	0.071
Clu	1.283	0.000	0.029	Ppp1r16b	1.798	0.023	0.097
Clybl	1.665	0.015	0.081	Ppp2r4	1.920	0.003	0.044
Cnnm4	1.420	0.022	0.097	Prorsd1	1.630	0.018	0.088
Cnp	2.467	0.000	0.024	Prpsap1	1.397	0.001	0.031
Cnpy3	1.844	0.008	0.063	Prss12	2.286	0.000	0.029
Cnst	1.991	0.017	0.085	Prx	1.489	0.001	0.033
Cops3	1.363	0.008	0.064	Psmb11	2.692	0.021	0.094
Coq10a	2.084	0.010	0.068	Psmb7	2.699	0.003	0.045
Cotl1	1.523	0.002	0.035	Ptcd2	1.699	0.016	0.085
Cox6b1	1.564	0.018	0.088	Ptgds	1.888	0.008	0.063
Cox7a2l	1.430	0.005	0.053	Rab11fip5	1.791	0.008	0.063
Cplx1	1.869	0.008	0.065	Rab35	1.527	0.008	0.063
Crip1	1.529	0.014	0.079	Rab3ip	1.739	0.005	0.053
Crispld2	1.532	0.006	0.056	Rad54l	1.412	0.018	0.088
Cspg5	1.427	0.010	0.069	Rarres1	1.432	0.001	0.031
Csrp2	2.150	0.001	0.030	Rcor2	1.946	0.006	0.056
Cst3	1.798	0.004	0.048	Rep15	3.803	0.006	0.059
Ctif	1.444	0.023	0.099	Rhbdd2	1.301	0.002	0.035
Ctnnbl1	1.636	0.019	0.089	Rhot2	1.367	0.013	0.076
Ctsf	1.591	0.000	0.029	Rimklb	1.410	0.021	0.094
Cyb5a	1.289	0.009	0.068	Rnaseh2c	2.276	0.010	0.069
Cyc1	3.399	0.002	0.034	Rnf114	1.743	0.001	0.029
Dbi	1.474	0.015	0.081	Rnf121	1.390	0.005	0.053
Dexi	2.255	0.000	0.026	Rnf157	1.611	0.005	0.055
Dffa	1.337	0.011	0.072	Rom1	2.221	0.000	0.032
Dhdh	4.211	0.008	0.064	Rpl10a	2.066	0.008	0.063
Dlg2	1.409	0.004	0.048	Rprm	1.661	0.004	0.048
Dnajb9	1.633	0.001	0.030	Rps27	2.271	0.023	0.099
Dnajc11	1.379	0.004	0.050	S100a4	1.233	0.003	0.045
Dnal4	1.470	0.019	0.090	Sac3d1	3.758	0.002	0.037
Dpm3	2.497	0.012	0.074	Sap18	1.448	0.024	0.100
Dpp9	1.459	0.007	0.061	Sat1	1.390	0.005	0.055
Eaf1	1.246	0.002	0.035	Scg5	1.738	0.011	0.072
Edf1	2.374	0.017	0.086	Scn4b	1.595	0.005	0.052
Efcc1	4.477	0.009	0.068	Scrn1	1.936	0.001	0.030
Egln2	1.685	0.001	0.031	Scx	2.374	0.004	0.049
Eif2b2	2.535	0.001	0.031	Scyl3	3.634	0.010	0.068
Eif3l	2.072	0.012	0.075	Sec13	2.615	0.017	0.086
Elp3	1.598	0.001	0.031	Selm	2.482	0.009	0.067
Eme1	1.587	0.009	0.068	Sepp1	2.699	0.002	0.035
Eme2	1.501	0.006	0.056	Sfxn5	1.714	0.003	0.046
Endod1	1.402	0.002	0.034	Sh3bgr	1.391	0.024	0.100
Enho	1.447	0.001	0.031	Sh3gl2	1.278	0.010	0.069
Eno2	1.548	0.020	0.092	Sh3rf1	1.571	0.002	0.038
Eny2	1.328	0.009	0.067	Shd	1.737	0.002	0.038
Epn3	1.200	0.014	0.079	Sirt2	1.287	0.004	0.050
Esrrg	1.705	0.007	0.063	Slc22a17	4.451	0.005	0.054
Etl4	1.537	0.005	0.052	Slc25a25	1.508	0.015	0.082
Fabp3	1.275	0.022	0.096	Slc25a43	3.074	0.021	0.095
Fabp7	3.165	0.002	0.038	Slc25a5	3.786	0.002	0.036
Faim2	1.328	0.002	0.034	Slc38a10	1.399	0.017	0.087
Fam160b2	1.237	0.015	0.083	Slc4a2	1.322	0.014	0.079
Fam162a	2.032	0.005	0.054	Slc6a8	1.844	0.008	0.063
Fam19a5	2.083	0.016	0.084	Slc9a3r1	2.002	0.004	0.051
Fam57b	2.035	0.005	0.054	Slco2b1	2.443	0.004	0.051
Fars2	1.969	0.002	0.038	Smim1	1.230	0.009	0.066
Fbxl12	1.201	0.006	0.057	Smim4	1.838	0.002	0.035
Fbxo27	2.483	0.001	0.031	Smoc2	1.302	0.004	0.049
Fbxo44	1.807	0.004	0.048	Smox	2.826	0.001	0.030
Fchsd1	1.429	0.005	0.053	Smpx	1.427	0.001	0.034
Fdx1l	1.385	0.018	0.088	Sncb	1.711	0.007	0.060
Fhdc1	1.306	0.000	0.026	Snn	2.308	0.012	0.074
Fkbp2	1.980	0.015	0.083	Snx22	2.722	0.009	0.068
Fkbp4	1.407	0.005	0.055	Sphkap	2.242	0.001	0.030
Fth1	4.168	0.000	0.022	Sptb	1.567	0.020	0.093
Fuca1	1.308	0.013	0.076	Srm	1.623	0.012	0.075
Gatb	1.370	0.008	0.064	Stard3	1.798	0.002	0.039
Glb1l2	2.686	0.001	0.031	Stk32c	1.467	0.022	0.096
Gle1	1.391	0.020	0.091	Stmn4	2.074	0.000	0.028
Glyr1	1.263	0.014	0.079	Stxbp6	1.486	0.024	0.100
Gps1	2.939	0.008	0.065	Suclg1	2.146	0.008	0.064
Gpx1	1.719	0.023	0.097	Supt4a	3.247	0.001	0.031
Grk6	1.513	0.007	0.061	Suv420h1	2.426	0.019	0.090
Gtf2h4	4.152	0.003	0.045	Syn2	1.312	0.001	0.030
Gtf2i	1.710	0.003	0.045	Syne4	2.723	0.002	0.037
Gtf2ird1	2.143	0.010	0.069	Sys1	1.933	0.003	0.046
Haghl	1.514	0.008	0.063	Taf6l	1.539	0.006	0.056
Hapln4	1.571	0.012	0.075	Tango2	1.243	0.008	0.065
Harbi1	1.772	0.011	0.070	Tecr	1.980	0.024	0.100
Haus8	3.145	0.010	0.069	Tfb1m	1.304	0.012	0.073
Hax1	1.463	0.007	0.063	Thap11	1.324	0.004	0.049
Hebp2	1.567	0.001	0.033	Tifab	1.602	0.018	0.088
Hhatl	2.106	0.003	0.045	Timm9	1.715	0.009	0.066
Hid1	1.773	0.013	0.077	Tmco1	1.240	0.014	0.079
Hist3h2ba	1.307	0.005	0.052	Tmem101	1.649	0.020	0.092
Hlcs	1.772	0.012	0.075	Tmem126a	1.893	0.001	0.030
Homer3	2.804	0.001	0.031	Tmem132c	2.205	0.007	0.059
Hpca	1.469	0.003	0.046	Tmem14c	1.461	0.022	0.096
Hs3st1	1.520	0.012	0.075	Tmem18	1.588	0.002	0.040
Hsdl2	1.375	0.005	0.053	Tmem201	1.336	0.001	0.030
Htra1	2.177	0.007	0.063	Tmem203	1.637	0.018	0.087
Hunk	3.047	0.007	0.061	Tmem229b	1.572	0.002	0.038
Iba57	1.357	0.014	0.080	Tmem242	1.386	0.018	0.088
Id3	2.405	0.005	0.053	Tmem25	2.039	0.001	0.030
Idh2	1.732	0.002	0.036	Tmem258	3.156	0.013	0.076
Idh3b	1.848	0.007	0.062	Tmem60	1.268	0.001	0.031
Imp3	2.481	0.007	0.060	Tnfrsf1a	1.468	0.005	0.055
Impdh2	1.694	0.004	0.051	Tpbgl	2.734	0.008	0.064
Inpp5j	2.890	0.006	0.058	Trak1	1.435	0.005	0.053
Itih5	1.235	0.006	0.058	Trappc3	2.247	0.020	0.093
Itm2c	1.551	0.002	0.035	Trf	2.565	0.002	0.037
Jam3	2.138	0.000	0.030	Trp53rka	1.316	0.001	0.030
Kat2a	1.756	0.009	0.067	Tspan3	1.262	0.012	0.074
Kcnq4	2.581	0.001	0.030	Ttc9b	1.870	0.011	0.071
Kctd15	2.542	0.016	0.084	Txnl4b	1.574	0.003	0.044
Krt10	1.758	0.008	0.064	Tyr	2.829	0.023	0.097
Lancl1	1.907	0.000	0.029	Tyro3	2.928	0.019	0.089
Laptm4b	1.441	0.001	0.031	U2af1l4	1.981	0.002	0.035
Ldhb	1.497	0.014	0.080	Ube2v1	1.615	0.006	0.058
Letm1	1.305	0.015	0.081	Ubl5	1.577	0.021	0.093
Lgi3	1.359	0.006	0.055	Ufsp1	2.295	0.001	0.034
Limd1	1.389	0.000	0.028	Ulk1	1.439	0.008	0.064
Lrp1	1.242	0.001	0.033	Uqcc2	2.331	0.006	0.058
Lyz2	3.211	0.002	0.040	Uqcc3	1.376	0.005	0.054
Lztr1	1.525	0.018	0.088	Uqcrh	1.253	0.016	0.084
Maged2	1.849	0.012	0.074	Vasp	1.204	0.024	0.100
Map1lc3b	1.800	0.001	0.030	Vim	1.384	0.007	0.060
Mark4	2.680	0.002	0.040	Vwa7	1.728	0.001	0.033
Mars	1.517	0.003	0.046	Wbp1	1.987	0.009	0.068
Mat2a	1.570	0.001	0.030	Wfs1	2.149	0.001	0.031
Meis2	1.776	0.004	0.051	Wwox	1.523	0.023	0.098
Mgat5	1.417	0.001	0.032	Yif1a	1.236	0.006	0.059
Mgst3	3.432	0.001	0.035	Zfand2b	2.929	0.005	0.054
Mief1	1.479	0.013	0.078	Zfp180	1.595	0.014	0.080
Mmd2	2.595	0.003	0.044	Zfp335	1.645	0.017	0.085
Mobp	1.996	0.015	0.082	Zfp771	1.604	0.023	0.097
Mpc2	1.877	0.004	0.052