Table 4.
Analysis of 14 target gene expressions in OA synovium from Gene Expression Omnibus database
| Accession # | GSE55235 | GSE55457 | GSE82107 | GSE1919 | GSE46750 | GSE29746 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Synovium tissue | Synovial fibroblast | |||||
| Group | Normal/OA | Normal/OA | Normal/OA | Normal/OA | Non-inflammatory /Inflammatory | Normal/OA |
| Sample size | 10/10 | 10/10 | 7/10 | 5/5 | 12/12 | 11/11 |
| Up-regulated mRNA | ||||||
| SKAP2 | up | up | down | n.s. | n.s. | n.s. |
| LMO3 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
| KIF1B | up | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
| KCTD20 | n.s. | down | up | n.s. | down | n.s. |
| TTPAL | n.s. | n.s. | n.s. | -- | n.s. | down |
| PTCD3 | n.s. | n.s. | n.s. | -- | n.s. | n.s. |
| TFAP2A | up | n.s. | n.s. | n.s. | up | n.s. |
| CACNA2D1 | up | n.s. | down | n.s. | n.s. | n.s. |
| SENP2 | n.s. | n.s. | n.s. | -- | n.s. | n.s. |
| AP1S2 | up | up | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
| MKL2 | n.s. | n.s. | down | -- | up | n.s. |
| Down-regulated mRNA | ||||||
| PHF21A | down | down | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
| SMAD4 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
| LPP | down | down | n.s. | down | n.s. | down |
up, significantly up-regulated in OA (p<0.05); down, significantly down-regulated in OA (p<0.05); n.s., non-significant between normal and OA synovium. -- indicated no identical probes within the dataset.