Gene 1 Protein 1 ------------ Gene 2 Protein 2	Start-Stop Positions	Point of Frameshift ----------------- # Nucleotides Which Overlap	Nucleotide Code at Point of Frameshift	Codon Code at Point of Frameshift
gag 261216 -------- gag-pol 223620	790-2292 ------------- 2091-5096	2091 ------ 202	…ttt tta ggg aag… …………….agg gaa gat --------I --------2091	…NFLGK… …………RED… ------^ ------2091
gag-pol 223620 --------- vif 042759	2091-5096 ------------ 5041-5619	5041 ------ 56	…tat gga aaa cag… …….atg gaa aac… ----I ----5041	…DYGKQ… ………MENR… -----^ -----5041
vif 042759 --------- vpr 085451	5041-5619 ------------ 5559-5850	5559 ------ 61	…aga aga tgg aac… ……………….atg gaa.. ----------I ----------5559	…DRWNK… ……….MEQA… -----^ -----5559
vpr 085451 --------- tat-1 085364	5559-5850 ------------- 5831-6049	5831 ------ 20	…aga aat gga gcc.. …………….atg gag… --------I --------5831	…ARNGA… …………MEPV… ------^ ------5831
tat-1 085364 --------- rev-1 085279	5831-6049 ------------ 5970-6045	5970 ------ 80	…tcc tat ggc agg… ………….atg gca gga -------I -------5970	…GISYGR… ……….MAG… -----^ -----5970
vpu 085433 --------- env 239240 *33-856	6062-6310 ------------- 6225-8795	6225 ------ 86	…ggc aat gag agt.. …………..atg aga gtg.. --------I --------6225	…SGNES… …………MRV… ------^ ------6225
env 239240 --------- rev-2 085279	6225-8795 ------------- 8379-8653	8379 ------ 275	..cag acc cac.. …………((a)ac) cca* --------I --------8379 *combine 'a' from rev-1, 'ac' from rev-2	…SFQTH… …..(N)PP*… ----^ ----8379 *combined 'aac' codon for 'N'
env 239240 --------- tat-2 085364	6225-8795 ------------- 8380-8424	8380 ------ 45	…cag acc cac ctc.. ……………ccc acc tcc --------I --------8380	….FQTHL… …………PTS… ------^ ------8380
env 239240 --------- nef 038365	6225-8795 ------------ 8797-9417	8797 ------ 0	…cta taa… …………………..atg ggt ggc… ------------I ------------8797	ILL(stop)… …………………MGG -----------^ -----------8797