Table 4.
Accuracy Comparison for Performance Tests on SC-SAR 324 datasets, for specified set of k-values and step size configurations.
| Assembler | # Contigs | N50 (bp) | Max Contig Length | Coverage | NGA50 (bp) | # misassemblies |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SC-SAR324 k = 29–71,4 | ||||||
| IDBA-UD | 733 | 61419 | 202281 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-SP | 709 | 64747 | 202281 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-PP | 705 | 62374 | 202281 | NA | NA | NA |
| SC-SAR324 k = 29–71,8 | ||||||
| IDBA-UD | 742 | 60700 | 202281 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-SP | 710 | 64747 | 202281 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-PP | 703 | 63904 | 202281 | NA | NA | NA |
| SC-SAR324 k = 29–71,15 | ||||||
| IDBA-UD | 747 | 60700 | 202281 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-SP | 723 | 64747 | 202281 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-PP | 712 | 64795 | 202281 | NA | NA | NA |
| SC-SAR324 k = 20–50,4 | ||||||
| IDBA-UD | 1082 | 32119 | 131087 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-SP | 1085 | 38257 | 131546 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-PP | 1080 | 38257 | 131546 | NA | NA | NA |
| SC-SAR324 k = 20–50,7 | ||||||
| IDBA-UD | 1088 | 33192 | 131087 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-SP | 1087 | 38257 | 131546 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-PP | 1078 | 38257 | 131546 | NA | NA | NA |
| SC-SAR324 k = 20–50,16 | ||||||
| IDBA-UD | 7740 | 22977 | 131087 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-SP | 8342 | 24254 | 131041 | NA | NA | NA |
| ScalaDBG-PP | 8118 | 24254 | 131041 | NA | NA | NA |