Skip to main content
. 2019 Oct 17;14(10):e0223958. doi: 10.1371/journal.pone.0223958

Table 4. Full-length nucleotide sequence identities (%) of citrus tatter leaf virus isolates characterized in this study and capilloviruses from NCBI GenBank database.

Isolate* Clade Cluster 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42
1-AGSV-YTG A I                                                                                    
2-ASGV-HH 84.52                                                                                  
3-ASGV-CHN 83.23 90.54                                                                                
4-ASG-241KP 86.78 87.12 86.34                                                                              
5-ASGV-P-209 86.78 87.12 86.34 100.00                                                                            
6-ASGV-Nagami 87.06 87.06 85.92 92.96 92.96                                                                          
7-CTLV-ASGV-2-HJY 86.26 87.23 85.97 92.36 92.36 93.02                                                                        
8-CTLV-MTH 86.63 86.49 85.78 91.07 91.07 91.42 90.84                                                                      
9-CTLV-IPPN122 84.52 84.57 83.72 86.06 86.06 86.54 87.23 86.82                                                                    
10-CTLV-L II 83.04 84.09 83.12 82.98 82.98 82.95 83.11 83.45 83.48                                                                  
11-ASGV-Li-23 82.78 84.08 83.03 82.97 82.97 82.97 83.17 83.27 83.41 98.47                                                                
12-ASGV-FKSS2 83.37 84.89 83.54 83.44 83.44 83.68 83.85 84.13 83.96 94.90 94.70                                                              
13-ASGV-N297 82.98 84.43 83.35 83.27 83.27 83.68 83.68 84.06 83.38 94.24 94.04 95.27                                                            
14-ASGV-AC B III 82.58 81.89 81.53 82.66 82.66 82.23 82.03 82.06 82.09 81.66 81.64 82.23 82.28                                                          
15-ASGVp12 82.12 81.16 80.90 81.76 81.76 81.42 80.99 81.49 81.42 80.84 80.87 81.47 81.42 97.31                                                        
16-ASGV-Ac 82.06 81.35 81.50 81.89 81.89 82.14 81.91 81.83 82.23 81.61 81.49 82.20 82.09 82.31 81.86                                                      
17-ASGV-Matsuco 82.54 81.66 81.44 81.81 81.81 82.25 81.55 82.57 81.14 81.37 81.37 81.78 81.72 81.71 81.55 82.23                                                    
18-CTLV-Ponkan8 82.43 81.97 81.60 81.72 81.72 82.23 81.66 82.13 81.11 81.58 81.57 81.74 81.61 81.86 81.61 82.20 95.13                                                  
19-CTLV-Pk 82.43 81.97 81.60 81.72 81.72 82.23 81.66 82.14 81.12 81.57 81.57 81.74 81.61 81.86 81.61 82.20 95.13 100.00                                                
20-CTLV-TL113 82.35 82.01 81.60 81.64 81.64 82.15 81.66 82.08 81.18 81.49 81.46 81.75 81.54 81.98 81.73 82.26 95.05 99.43 99.43                                              
21-CTLV-TL114 82.26 81.83 81.40 81.93 81.93 82.29 81.98 82.60 81.51 81.52 81.47 81.91 81.71 81.97 81.93 82.57 93.88 96.18 96.18 96.35                                            
22-CTLV-TL112 82.30 81.71 81.60 82.07 82.07 82.60 81.94 82.37 81.58 81.60 81.61 81.95 81.78 82.29 81.92 82.49 93.51 93.27 93.27 93.75 92.67                                          
23-CTLV-LCd-NA-1 82.14 81.46 81.41 81.66 81.66 82.32 81.58 82.01 81.26 81.28 81.29 81.66 81.43 82.11 81.72 82.43 94.24 93.95 93.93 94.47 93.42 98.73                                        
24-CTLV-HJY 82.24 81.55 81.29 81.89 81.89 82.29 81.68 82.29 81.35 81.15 81.17 81.40 81.25 81.81 81.69 82.52 94.19 93.88 93.88 93.81 94.75 94.11 95.01                                      
25-CTLV-Kumquat1 82.41 81.54 81.20 81.87 81.87 82.17 81.74 82.38 81.37 81.43 81.30 81.65 81.55 81.83 81.59 82.25 94.11 93.96 93.95 93.87 95.52 94.31 95.10 97.18                                    
26-CTLV-Shatang Orange 82.27 81.66 81.35 81.69 81.69 82.31 81.52 82.34 81.45 81.18 81.18 81.43 81.41 81.85 81.59 82.34 94.45 94.10 94.11 94.10 95.18 94.53 95.35 97.53 97.96                                  
27-CTLV-XHC 81.89 81.06 80.90 81.33 81.33 81.80 81.23 81.89 80.88 80.91 80.89 81.11 81.09 81.83 81.49 82.12 94.10 93.65 93.67 93.59 94.81 94.33 95.18 97.19 97.59 97.98                                
28-CTLV-ML IV 81.95 81.12 81.52 81.64 81.64 82.27 81.33 82.09 82.18 81.38 81.27 81.66 81.61 81.77 81.42 81.50 81.86 81.84 81.84 81.98 81.93 82.04 81.90 81.98 81.86 81.72 81.43                              
29-CTLV-TL111 81.95 81.12 81.52 81.64 81.64 82.27 81.33 82.09 82.18 81.38 81.27 81.66 81.61 81.77 81.42 81.50 81.86 81.84 81.84 81.98 81.93 82.04 81.90 81.98 81.86 81.72 81.43 100.00                            
30-CTLV-TL110 81.95 81.12 81.52 81.64 81.64 82.27 81.33 82.09 82.18 81.38 81.27 81.66 81.61 81.77 81.42 81.50 81.86 81.84 81.84 81.98 81.93 82.04 81.90 81.98 81.86 81.72 81.43 100.00 100.00                          
31-CTLV-TL103 82.00 81.15 81.50 81.66 81.66 82.23 81.35 82.10 82.20 81.40 81.29 81.67 81.63 81.78 81.44 81.52 81.87 81.86 81.86 82.00 81.95 82.06 81.92 82.00 81.87 81.73 81.44 99.95 99.95 99.95                        
32-CTLV-TL101 81.99 81.29 81.47 81.61 81.61 82.18 81.30 82.10 82.18 81.25 81.16 81.61 81.53 81.95 81.58 81.39 81.81 81.87 81.87 82.01 82.02 82.04 81.92 81.86 81.89 81.64 81.36 98.70 98.70 98.70 98.66                      
33-CTLV-TL100 82.04 81.29 81.53 81.84 81.84 82.32 81.47 82.17 82.10 81.30 81.23 81.77 81.81 81.95 81.55 81.55 81.86 81.93 81.93 82.07 82.03 82.12 81.98 81.97 81.89 81.69 81.41 98.52 98.52 98.52 98.47 98.98                    
34-CTLV-TL102 82.23 81.35 81.64 81.95 81.95 82.40 81.67 82.18 82.40 81.49 81.40 81.93 81.83 81.98 81.56 81.50 81.83 81.92 81.92 82.04 82.01 82.30 81.87 81.98 82.00 81.73 81.43 97.99 97.99 97.99 98.01 98.56 98.33                  
35-CTLV-TL104 81.73 81.47 81.83 81.80 81.80 82.46 81.92 82.46 82.03 81.37 81.29 82.14 81.90 82.06 81.58 81.97 81.78 82.03 82.03 82.10 82.40 82.00 81.81 81.86 81.95 81.70 81.47 92.51 92.51 92.51 92.56 92.87 92.60 92.54                
36-CTLV-TL115 81.50 81.15 81.27 81.87 81.87 82.18 81.61 82.35 81.81 81.49 81.29 82.03 81.73 81.93 81.47 81.67 81.95 82.01 82.01 82.06 82.44 82.00 81.75 82.00 82.10 81.89 81.66 92.02 92.02 92.02 92.04 92.30 92.20 92.05 95.73              
37-ASGV-Kiyomi 81.58 81.32 81.40 81.92 81.92 82.30 81.67 82.40 81.90 81.49 81.29 82.06 81.86 82.23 81.64 81.61 81.92 81.97 81.97 81.98 82.37 81.95 81.73 81.97 82.14 81.89 81.72 92.34 92.34 92.34 92.39 92.65 92.50 92.34 95.95 98.70            
38-CTLV-ASGV-1-HJY 82.60 81.86 81.50 82.49 82.49 82.54 82.34 82.32 82.35 82.00 81.92 82.29 82.37 82.68 81.78 82.12 80.77 80.94 80.94 80.92 81.31 81.46 80.88 81.03 80.88 80.91 80.74 81.78 81.78 81.78 81.80 81.82 81.87 82.03 82.81 82.49 82.57          
39-PBNLSV   Outgroup 80.30 79.83 80.00 79.76 79.76 79.77 79.86 79.86 80.08 80.44 80.44 80.63 80.63 80.09 79.88 80.43 79.40 79.03 79.04 78.95 79.37 79.23 78.95 79.41 79.01 78.99 78.82 79.39 79.39 79.39 79.38 79.59 79.55 79.75 80.12 79.53 79.39 79.32        
40-ASGV-kfp   79.98 79.65 79.50 79.64 79.64 80.13 79.92 79.98 79.76 79.58 79.52 79.93 80.01 80.06 79.22 79.41 80.26 80.12 80.10 79.92 80.15 80.10 80.01 80.27 80.06 80.10 79.90 79.52 79.52 79.52 79.56 79.59 79.52 79.48 79.72 79.70 79.61 80.27 79.19      
41-AGSV-HT   80.87 79.34 78.90 79.09 79.09 79.41 79.09 79.65 79.29 78.94 78.82 79.23 79.07 79.61 78.92 78.97 79.23 79.19 79.20 79.12 79.64 79.29 79.23 79.23 79.26 79.31 78.97 79.67 79.67 79.67 79.69 79.68 79.79 79.81 79.44 79.47 79.41 78.78 78.43 79.21    
42-CVA   26.57 26.69 26.20 26.89 26.89 26.70 26.30 26.61 26.33 25.73 25.86 25.91 25.76 26.16 25.88 26.15 25.98 26.41 26.41 26.43 26.15 26.33 26.10 25.95 26.12 26.04 25.91 26.82 26.82 26.82 26.82 26.82 26.75 26.98 26.80 26.60 26.58 26.67 26.31 25.99 26.24  

*More detailed information can be found in S2 Table.