Table 3.

Datasets used for scaffolding and evaluations for SLR and SLR1

Dataset		Genome	Contig set	Long read set		Misassemblies			NGA50
						SLR	SLR1		SLR	SLR1
E. coli_1_SMRT		E. coli	E. coli_1	E. coli_SMRT		4	12		723,879	295,999
E. coli_2_SMRT		E. coli	E. coli_2	E. coli_SMRT		10	11		565,864	197,175
S. cerevisiae_1_SMRT		S. cerevisiae	S. cerevisiae_1	S. cerevisiae_SMRT		52	57		374,744	232,712
S. cerevisiae_2_SMRT		S. cerevisiae	S. cerevisiae_2	S. cerevisiae_SMRT		71	67		270,402	201,922
Chr X_1_SMRT		Chr X	Chr X_1	Chr X_SMRT		83	82		2,390,483	2,165,615
E. coli_1_ONT		E. coli	E. coli_1	E. coli_ONT		4	8		2,927,247	674,408
E. coli_2_ONT		E. coli	E. coli_2	E. coli_ONT		9	14		733,062	361,345
S. cerevisiae_1_ONT		S. cerevisiae	S. cerevisiae_1	S. cerevisiae_ONT		46	66		374,835	244,417
S. cerevisiae_2_ONT		S. cerevisiae	S. cerevisiae_2	S. cerevisiae_ONT		68	85		270,362	201,066

Each dataset includes one contig set and one long-read set, and corresponds to one genome.