Table 3.

Candidate gene SNPs involved in folate one-carbon metabolism and circulating folate one-carbon metabolites^† in meta analysis (Table 3a) and by each array (Table 3b). Table 3a.

Table 3a.
							Meta-analysis
rsID	Chr	Position (BP)	Gene	Location	Allele Eff/Ref	Eff allele freq	Beta	S.E.	P	Pact
Creatinine
rs12485165	22	31020341	TCN2	Intronic	T/G	0.13	0.16	0.04	3.61E-04	0.01
rs150167372	22	31020114	TCN2	Intronic	C/T	0.88	0.16	0.05	4.92E-04	0.01
rs9621049	22	31013419	TCN2	Exonic	T/C	0.12	0.16	0.05	5.01E-04	0.01
rs12168392	22	31022301	TCN2	Intronic	A/G	0.12	0.16	0.05	5.72E-04	0.01
rs4820886	22	31016539	TCN2	Intronic	G/T	0.88	0.16	0.05	6.11E-04	0.01
rs1004474	18	660383	TYMS	Intronic	G/A	0.54	−0.08	0.03	4.84E-03	0.04
HCY
rs1801131	1	11854476	MTHFR	Exonic	G/T	0.69	0.07	0.02	7.89E-04	0.01
rs7526128	1	11857240	MTHFR	Intronic	T/C	0.61	−0.06	0.02	2.36E-03	0.03
rs1476413	1	11852300	MTHFR	Intronic	T/C	0.26	0.06	0.02	2.54E-03	0.03
rs6541005	1	11857525	MTHFR	Intronic	A/T	0.43	−0.06	0.02	2.68E-03	0.03
rs3818762	1	11851003	MTHFR	Intronic	C/G	0.27	0.06	0.02	4.08E-03	0.04
rs17367504	1	11862778	MTHFR	Intronic	A/G	0.85	0.07	0.03	5.14E-03	0.04
SAM
rs4911253	20	31352585	DNMT3B	Intronic	A/G	0.56	−0.17	0.06	3.00E-03	0.02
rs2424905	20	31352927	DNMT3B	Intronic	T/C	0.57	−0.16	0.06	4.00E-03	0.03
rs6087995	20	31358253	DNMT3B	Intronic	A/C	0.57	−0.16	0.06	5.00E-03	0.04
rs72765189	9	140525434	EHMT1	Intronic	A/G	0.11	0.28	0.09	2.19E-03	0.02
rs190756635	9	140530183	EHMT1	Intronic	G/A	0.89	0.28	0.09	2.66E-03	0.03
rs111275198	9	140530274	EHMT1	Intronic	A/G	0.89	0.27	0.09	2.80E-03	0.03
rs57705093	5	162944172	MAT2B	Intronic	T/A	0.73	−0.23	0.06	3.25E-04	0.005
5-MethyTHF
rs2235523	1	14096457	PRDM2	Intronic	A/T	0.37	0.29	0.09	1.22E-03	0.04
rs3891167	18	658423	TYMS	Intronic	G/A	0.75	−0.33	0.11	2.09E-03	0.02
METH
rs34973186	11	59598262	GIF	Intronic	T/C	0.07	0.17	0.05	1.92E-03	0.01
Pyridoxal acid
rs3788202	21	46957218	SLC19A1	Intronic	G/A	0.26	0.28	0.09	2.65E-03	0.03
rs12801088	11	4116335	RRM1	Intronic	A/C	0.08	−0.42	0.16	7.07E-03	0.04
Flavin mononucleotide
rs34973186	11	59598262	GIF	Intronic	T/C	0.07	−0.29	0.11	1.10E-02	0.03
Pyridoxamine
rs2244171‡	21	44496594	CBS	Intronic	T/G	0.08	0.58	0.22	8.08E-03	N/A
rs3784621	15	48633092	DUT	Intronic	C/T	0.82	−0.42	0.15	4.11E-03	0.01
rs10851465	15	48629884	DUT	Intronic	T/C	0.18	−0.41	0.15	4.96E-03	0.01
rs11637235	15	48633153	DUT	Intronic	T/C	0.78	−0.36	0.14	8.48E-03	0.02
rs3784619	15	48625938	DUT	Intronic	A/G	0.85	−0.33	0.15	2.80E-02	0.04
rs12592155	15	48623500	DUT	Intronic	A/C	0.15	0.33	0.15	2.85E-02	0.03
rs12592157	15	48623524	DUT	Intronic	C/G	0.85	0.33	0.15	2.92E-02	0.03

Table 3b.
	Affymetrix Axiom			Illumina 1M/1M Duo			Illumina Omni1			Illumina OncoArray
rsID	Beta	S.E.	P	Beta	S.E.	P	Beta	S.E.	P	Beta	S.E.	P
Creatinine
rs12485165	0.18	0.13	0.18	0.10	0.06	0.10	0.22	0.10	0.03	0.22	0.10	0.02
rs150167372	0.17	0.14	0.23	0.13	0.07	0.05	0.20	0.10	0.05	0.20	0.10	0.05
rs9621049	0.17	0.14	0.21	0.12	0.06	0.05	0.20	0.10	0.05	0.20	0.10	0.05
rs12168392	0.17	0.14	0.20	0.12	0.06	0.06	0.19	0.10	0.05	0.20	0.10	0.05
rs4820886	0.17	0.14	0.21	0.12	0.06	0.05	0.19	0.10	0.06	0.20	0.10	0.05
rs1004474	−0.12	0.08	0.13	−0.09	0.04	0.03	−0.005	0.07	0.94	−0.09	0.06	0.13
HCY
rs1801131	0.14	0.05	0.01	0.06	0.02	0.02	0.05	0.06	0.38	0.07	0.09	0.41
rs7526128	−0.12	0.05	0.01	−0.04	0.02	0.06	−0.05	0.05	0.28	−0.07	0.08	0.41
rs1476413	0.14	0.06	0.01	0.05	0.03	0.04	0.03	0.06	0.65	0.08	0.09	0.37
rs6541005	−0.14	0.05	0.005	−0.04	0.02	0.09	−0.05	0.05	0.35	−0.09	0.09	0.30
rs3818762	0.14	0.05	0.01	0.05	0.03	0.05	0.04	0.06	0.51	0.04	0.09	0.62
rs17367504	0.06	0.07	0.44	0.08	0.03	0.01	0.09	0.07	0.19	−0.01	0.11	0.95
SAM
rs4911253	−0.15	0.13	0.26	−0.23	0.08	0.002	−0.16	0.14	0.24	0.12	0.18	0.49
rs2424905	−0.14	0.13	0.27	−0.23	0.08	0.003	−0.15	0.14	0.27	0.15	0.18	0.39
rs6087995	−0.16	0.13	0.22	−0.22	0.08	0.004	−0.13	0.14	0.33	0.11	0.18	0.55
rs72765189	0.32	0.21	0.11	0.34	0.13	0.01	0.29	0.24	0.20	−0.01	0.27	0.97
rs190756635	0.33	0.21	0.10	0.35	0.13	0.01	0.18	0.22	0.40	0.02	0.27	0.94
rs111275198	0.32	0.21	0.12	0.33	0.13	0.01	0.23	0.22	0.28	0.01	0.27	0.96
rs57705093	0.03	0.15	0.82	−0.38	0.09	8.3E-06	−0.14	0.15	0.34	−0.02	0.19	0.92
5-MethyTHF
rs2235523	0.31	0.21	0.13	0.20	0.13	0.13	0.33	0.20	0.09	0.59	0.27	0.02
rs3891167	−0.65	0.25	0.01	−0.15	0.16	0.33	−0.49	0.25	0.05	−0.32	0.28	0.26
METH
rs34973186	0.07	0.13	0.57	0.20	0.07	0.01	0.07	0.14	0.62	0.23	0.13	0.06
Pyridoxal acid
rs3788202	0.63	0.21	0.003	0.21	0.14	0.13	0.30	0.20	0.13	0.01	0.25	0.98
rs12801088	−0.29	0.35	0.42	−0.27	0.22	0.22	−0.84	0.36	0.02	−0.60	0.45	0.17
Flavin mononucleotide
rs34973186	−0.11	0.20	0.57	−0.36	0.19	0.06	−0.34	0.27	0.20	−0.42	0.28	0.13
Pyridoxamine
rs2244171‡	−0.01	0.42	0.97	0.99	0.36	0.004	0.75	0.61	0.21	0.54	0.47	0.26
rs3784621	−0.21	0.37	0.58	−0.51	0.22	0.02	−0.08	0.37	0.83	−0.58	0.29	0.05
rs10851465	−0.15	0.37	0.69	−0.52	0.22	0.02	−0.06	0.38	0.88	−0.59	0.29	0.05
rs11637235	−0.14	0.35	0.68	−0.35	0.20	0.08	−0.33	0.35	0.34	−0.54	0.28	0.06
rs3784619	−0.12	0.38	0.75	−0.43	0.23	0.05	−0.06	0.40	0.88	−0.45	0.30	0.14
rs12592155	0.13	0.38	0.73	0.43	0.23	0.05	0.06	0.40	0.89	0.43	0.30	0.15
rs12592157	0.13	0.38	0.73	0.43	0.23	0.05	0.05	0.40	0.90	0.43	0.30	0.15

Abbreviation: SNP, Single nucleotide polymorphism. tHCY, total Homocysteine. SAM, S-adenosylmethionine. FMN, Flavin-mononucleotide. 5-MTHF, 5-methyltetrahydrofolate. MET: Methionine.

^†Only SNPs with Pact < 0.05 presented.

^‡1 single SNP was included for CBS.