. Author manuscript; available in PMC: 2019 Nov 6.

Published in final edited form as: J Chem Theory Comput. 2019 Sep 17;15(10):5543–5562. doi: 10.1021/acs.jctc.9b00401

Table 1:

Mean signed and unsigned errors of the MM→QM and ba→QM ligand binding free energies computed from BAR, relative to the 11 λ-state reference TI calculations.

		MM			ba
Env.	Time	N_λ =2	N_λ =3	N_λ =6	N_λ =2	N_λ =3	N_λ =6
		Mean signed errors (kcal/mol)
L∙P	200 ps	−0.03 ± 0.08	−0.02 ± 0.08	−0.04 ± 0.03	0.01 ± 0.08	−0.00 ± 0.07	−0.02 ± 0.03
	100 ps	−0.05 ± 0.15	−0.03 ± 0.12	−0.03 ± 0.03	−0.06 ± 0.09	−0.02 ± 0.06	−0.02 ± 0.06
	50 ps	−0.06 ± 0.17	−0.11 ± 0.18	−0.05 ± 0.11	0.02 ± 0.17	−0.01 ± 0.10	−0.00 ± 0.10
	20 ps	0.04 ± 0.39	0.03 ± 0.32	0.08 ± 0.20	−0.04 ± 0.23	−0.03 ± 0.20	−0.00 ± 0.18
L+P	200 ps	0.00 ± 0.25	−0.10 ± 0.13	−0.03 ± 0.11	−0.00 ± 0.12	0.02 ± 0.09	−0.02 ± 0.05
	100 ps	−0.04 ± 0.16	−0.02 ± 0.13	0.01 ± 0.08	0.06 ± 0.10	0.09 ± 0.16	0.05 ± 0.10
	50 ps	0.13 ± 0.42	0.03 ± 0.25	0.05 ± 0.13	0.11 ± 0.36	0.10 ± 0.22	0.04 ± 0.15
	20 ps	−0.07 ± 0.67	−0.11 ± 0.32	−0.10 ± 0.14	−0.02 ± 0.42	0.24 ± 0.43	−0.08 ± 0.34
Net	200 ps	−0.03 ± 0.25	0.08 ± 0.17	−0.00 ± 0.10	0.02 ± 0.14	−0.02 ± 0.11	0.01 ± 0.05
	100 ps	−0.00 ± 0.14	−0.01 ± 0.11	−0.05 ± 0.06	−0.11 ± 0.17	−0.11 ± 0.19	−0.07 ± 0.11
	50 ps	−0.19 ± 0.47	−0.15 ± 0.37	−0.10 ± 0.16	−0.09 ± 0.47	−0.11 ± 0.30	−0.05 ± 0.23
	20 ps	0.11 ± 0.75	0.14 ± 0.51	0.18 ± 0.23	−0.01 ± 0.60	−0.27 ± 0.54	0.08 ± 0.47
		Mean unsigned errors (kcal/mol)
L∙P	200 ps	0.05 ± 0.08	0.06 ± 0.05	0.04 ± 0.03	0.06 ± 0.05	0.06 ± 0.03	0.03 ± 0.02
	100 ps	0.13 ± 0.09	0.09 ± 0.08	0.04 ± 0.03	0.09 ± 0.06	0.04 ± 0.04	0.05 ± 0.04
	50 ps	0.12 ± 0.13	0.15 ± 0.15	0.09 ± 0.06	0.12 ± 0.10	0.06 ± 0.07	0.08 ± 0.06
	20 ps	0.31 ± 0.21	0.26 ± 0.16	0.16 ± 0.13	0.17 ± 0.14	0.14 ± 0.14	0.13 ± 0.11
L+P	200 ps	0.15 ± 0.19	0.10 ± 0.13	0.08 ± 0.08	0.09 ± 0.08	0.07 ± 0.05	0.03 ± 0.04
	100 ps	0.13 ± 0.09	0.10 ± 0.09	0.06 ± 0.04	0.09 ± 0.07	0.14 ± 0.11	0.08 ± 0.07
	50 ps	0.32 ± 0.29	0.22 ± 0.11	0.10 ± 0.09	0.28 ± 0.24	0.16 ± 0.18	0.12 ± 0.09
	20 ps	0.53 ± 0.36	0.28 ± 0.16	0.14 ± 0.09	0.35 ± 0.19	0.39 ± 0.28	0.31 ± 0.13
Net	200 ps	0.15 ± 0.19	0.11 ± 0.15	0.08 ± 0.06	0.11 ± 0.08	0.10 ± 0.05	0.03 ± 0.05
	100 ps	0.10 ± 0.08	0.09 ± 0.06	0.06 ± 0.05	0.15 ± 0.12	0.17 ± 0.13	0.10 ± 0.08
	50 ps	0.38 ± 0.31	0.25 ± 0.30	0.13 ± 0.13	0.29 ± 0.36	0.19 ± 0.25	0.14 ± 0.18
	20 ps	0.63 ± 0.35	0.39 ± 0.33	0.23 ± 0.18	0.47 ± 0.33	0.49 ± 0.32	0.43 ± 0.14