Table 2. Oligos for RNA probes.
| Repeat or region | Oligo with T3 antisense promoter |
|---|---|
| CAGC(n) | CAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGCTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CCCA(n) | CCCACCCACCCACCCACCCACCCACCCATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CATTA(n) | CATTACATTACATTACATTACATTATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CGGAG(n) | CGGAGCGGAGCGGAGCGGAGCGGAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CGA(n) | CGACGACGACGACGACGACGACGATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CAACT(n) | CAACTCAACTCAACTCAACTCAACTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CGAAG(n) | CGAAGCGAAGCGAAGCGAAGCGAAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CCCCAG(n) | CCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CCGAG(n) | CCGAGCCGAGCCGAGCCGAGCCGAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CGGAA(n) | CGGAACGGAACGGAACGGAACGGAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CACCC(n) | CACCCCACCCCACCCCACCCCACCCTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CTAGT(n) | CTAGTCTAGTCTAGTCTAGTCTAGTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CATCG(n) | CATCGCATCGCATCGCATCGCATCGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CAT(n) | CATCATCATCATCATCATCATCATTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CAAAC(n) | CAAACCAAACCAAACCAAACCAAACTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CGAAA(n) | CGAAACGAAACGAAACGAAACGAAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CATAT(n) | CATATCATATCATATCATATCATATTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| GAAA(n) | GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CAGAA(n) | CAGAACAGAACAGAACAGAACAGAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AAGGAG(n) | AAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AAGAGG(n) | AAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AATAC(n) | AATACAATACAATACAATACAATACAATACTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AATAG(n) | AATAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AATAGAC(n) | AATAGACAATAGACAATAGACAATAGACTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AATAACATAG(n) | AATAACATAGAATAACATAGAATAACATAGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AACAC(n) | AACACAACACAACACAACACAACACAACACTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| dodeca(n) | ACCGAGTACGGGACCGAGTACGGGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| GTGTT(n) | GTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| GTAAT(n) | GTAATGTAATGTAATGTAATGTAATGTAATTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| GTATT(n) | GTATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| TTAA (n) | TTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATTAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CAAT (n) | CAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| AAGAG(n) | GAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| CTCTT(n) | CTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| 359 Forward | AATTAACCCTCACTAAAGGGAGAAATGGAAATTAAATTTTTTGG |
| 359 Reverse | TTAATACGACTCACTATAGGGAGAGTTTTGAGCAGCTAATTACC |
| chr2R:1,825,641–1825699 sense | GGCAGTTTATGTGCGTACAACAACAACAGGACTGCAAACAAAACACGAAACAGATATTTTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr2R:1,825,641–1825699 anti-sense | AAAATATCTGTTTCGTGTTTTGTTTGCAGTCCTGTTGTTGTTGTACGCACATAAACTGCCTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr2R:1,826,691–1,826,740 sense | TAGACACATCTACGAAGACACAATTCTACAAGAACTAAACAACAAAAAGTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr2R:1,826,691–1,826,740 anti-sense | ACTTTTTGTTGTTTAGTTCTTGTAGAATTGTGTCTTCGTAGATGTGTCTATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chrX:11,830,844–11,830,910 sense | CCAAGCTTCAGGAGAAAGAGAAAGAAGAAAGCTTTAAACTTAAGGAAAGAGAAGAGAGCCTTAGGATTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chrX:11,830,844–11,830,910 antisense | CTAAGGCTCTCTTCTCTTTCCTTAAGTTTAAAGCTTTCTTCTTTCTCTTTCTCCTGAAGCTTGGCTTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chrX:12,660,096–12,660,145 sense | TCGCACACACACACGCAACACTTAGGCACACATAGGAGATAGAGTGAGATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chrX:12,660,096–12,660,145 anti-sense | TCTCACTCTATCTCCTATGTGTGCCTAAGTGTTGCGTGTGTGTGTGCGATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAA TT |
| chrX:22,453,019–22,453,076 sense | CGACAGACAGTAAAATTAAACAAACTGCGGACGCGTGTGACAGAACTAATCCAACTTTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chrX:22,453,019–22,453,076 anti-sense | AAGTTGGATTAGTTCTGTCACACGCGTCCGCAGTTTGTTTAATTTTACTGTCTGTCGTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr3R:3,169,758–3,169,820 antisense | TCGGAAGAGACTAAACTTGTGCATTCGATATAGCTCTTTGTCGGCCCTAGCTGCTGTAAACAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr3R:3,169,758–3,169,820 sense | TTGTTTACAGCAGCTAGGGCCGACAAAGAGCTATATCGAATGCACAAGTTTAGTCTCTTCCGATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr3R:3,170,372–3,170,441 antisense |
TTAAACTATATTAAACATTGTATATAAGTATAATAGCGAATACTATTTACGTATATGTTCT
TTCATAAATTCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |
| chr3R:3,170,372–3,170,441 sense | ATTTATGAAAGAACATATACGTAAATAGTATTCGCTATTATACTTATATACAATGTTTAATATAGTTTAATCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATT |