Table 1. Dispersal patterns of select mutations according to country and year: Comparison of patterns of emergence of select persistent mutations in the Pr and Env genes.
The number of whole genome sequences present in GenBank and ViPR databases for pre-emergent and epidemic-associated mutations were tabulated to allow easy visualization of similarities in time, location, and number of cases between mutations. Mutations identified as increasing in prevalence and/or persistence can be further visualized for trajectory. The first column identifies each mutation according to nucleotide (nt) site: codon: protein: residue #: amino acid, followed by the year and total number of samples sequenced that year (N/Year). Cells are colored according to number (red, yellow, green: high, medium, low). S1 Table lists all nonsynonymous mutations detected in 3 or more sequences. Country names are abbreviated using the first 5 letters of the name or common abbreviation. AA—amino acid; Impor—imported case.
| Nt | Codon | Gene | Residue | AA | Year | N/Year | Thail | Cambo | Indon | Phili | FrPol | Haiti | Brazi | FrGui | Surin | Colom | Panam | Hondu | Guate | Mexic | PuRic |
| 473 | GCG | Pr | 1 | A | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2015 | 67 | 1 | - | - | - | - | - | 20 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
| 2016 | 295 | 4 | - | - | - | - | 3 | 54 | - | 2 | 20 | 1 | 22 | 3 | 51 | 2 | |||||
| 2017 | 10 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
| 521 | AAC | Pr | 17 | N | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2013 | 9 | - | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2014 | 11 | - | - | - | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2015 | 66 | - | - | - | - | - | - | 20 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
| 2016 | 284 | - | - | - | - | - | 3 | 51 | - | 2 | 18 | 1 | 22 | 3 | 51 | 2 | |||||
| 2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
| 2153 | GAG | Env | 393 | E | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2012 | 1 | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2015 | 67 | 1 | - | - | - | - | - | 20 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
| 2016 | 294 | 4 | - | - | 2 | - | 3 | 53 | - | 2 | 20 | 1 | 21 | 3 | 51 | 2 | |||||
| 2017 | 10 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
| 2393 | ATG | Env | 473 | M | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2015 | 67 | 1 | - | - | - | - | - | 20 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
| 2016 | 286 | 3 | - | - | - | - | 3 | 49 | - | 2 | 19 | 1 | 22 | 3 | 50 | 2 | |||||
| 2017 | 9 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
| 2435 | ATG | Env | 487 | M | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| 2010 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
| 2015 | 67 | 1 | - | - | - | - | - | 20 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
| 2016 | 286 | 3 | - | - | - | - | 3 | 49 | - | 2 | 19 | 1 | 22 | 3 | 50 | 2 | |||||
| 2017 | 9 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
| Nt | Codon | Gene | Residue | AA | Year | N/Year | Venez | Ecuad | Peru | Nicar | Guade | DoRep | USA | Jamai | Marti | Cuba | Fiji | Samoa | Tonga | Impor | |
| 473 | GCG | Pr | 1 | A | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2015 | 67 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
| 2016 | 295 | 10 | 3 | 2 | 20 | 1 | 29 | 51 | 4 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
| 2017 | 10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 8 | - | - | - | - | ||||||
| 521 | AAC | Pr | 17 | N | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2013 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2014 | 11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2015 | 66 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
| 2016 | 284 | 10 | 3 | 2 | 20 | 1 | 29 | 50 | 3 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
| 2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 8 | - | - | - | - | ||||||
| 2153 | GAG | Env | 393 | E | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2012 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2015 | 67 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
| 2016 | 294 | 10 | 3 | 2 | 20 | 1 | 28 | 52 | 4 | - | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
| 2017 | 10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 8 | - | - | - | - | ||||||
| 2393 | ATG | Env | 473 | M | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2015 | 67 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
| 2016 | 286 | 10 | 3 | 2 | 19 | 1 | 28 | 54 | 2 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
| 2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 7 | - | - | - | - | ||||||
| 2435 | ATG | Env | 487 | M | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| 2010 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
| 2015 | 67 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
| 2016 | 286 | 10 | 3 | 2 | 19 | 1 | 28 | 54 | 2 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
| 2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 7 | - | - | - | - |