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. 2019 Dec 6;14(12):e0225699. doi: 10.1371/journal.pone.0225699

Table 3. Dispersal patterns of select mutations according to country and year: Comparison of patterns of emergence of select persistent mutations in the NS3 gene.

Nt Codon Gene Residue AA Year N/Year Thail Cambo Indon Phili FrPol Haiti Brazi FrGui Surin Colom Panam Hondu Guate Mexic PuRic
5810 CAT NS3 400 H 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 11 2 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 13 1 - 1 - 4 7 - - - - - - - - -
2015 67 1 - - - - - 20 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 290 4 - - - - 3 53 - 2 20 1 20 3 50 2
2017 10 1 - - - - - - - - - - - - 1 -
6026 CTA NS3 472 L 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2016 11 - - - - - - - - - - - 6 - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - - -
6026 CTG NS3 472 L 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - 1 - - - - - - - - - - -
2013 12 3 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 13 1 - 1 - 4 7 - - - - - - - - -
2015 67 1 - - - - - 20 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 278 4 - - 2 - 3 52 - 2 20 1 14 3 49 2
2017 10 1 - - - - - - - - - - - - 1 -
6326 CTG NS3 572 L 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 6 - - - - - - - - - - - 1 2 3 -
2016 94 - - - - - - - - - - - 20 3 49 -
2017 4 - - - - - - - - - - - - - 1 -
6362 CAC NS3 584 H 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 9 - - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 12 1 - - - 4 7 - - - - - - - - -
2015 66 1 - - - - - 19 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 280 1 - - - - 3 52 - 2 19 1 20 3 50 2
2017 9 - - - - - - - - - - - - - 1 -
Nt Codon Gene Residue AA Year N/Year Venez Ecuad Peru Nicar Guade DoRep USA Jamai Marti Cuba Fiji Samoa Tonga Impor
5810 CAT NS3 400 H 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 11 - - - - - - - - - - - - - -
2014 13 - - - - - - - - - - - - - -
2015 67 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 290 10 3 2 20 1 30 50 3 1 - 4 4 1 3
2017 10 - - - - - - - - - 8 - - - -
6026 CTA NS3 472 L 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - -
2016 11 - - - 5 - - - - - - - - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - -
6026 CTG NS3 472 L 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - - - - - - - - - - - -
2013 12 - - - - - - - - - - - - - -
2014 13 - - - - - - - - - - - - - -
2015 67 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 278 10 3 2 14 1 28 52 3 1 - 4 4 1 3
2017 10 - - - - - - - - - 8 - - - -
6326 CTG NS3 572 L 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 6 - - - - - - - - - - - - - -
2016 94 - - - 19 - - 3 - - - - - - -
2017 4 - - - - - - - - - 3 - - - -
6362 CAC NS3 584 H 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 9 - - - - - - - - - - - - - -
2014 12 - - - - - - - - - - - - - -
2015 66 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 280 10 3 2 17 1 28 50 3 1 - 4 4 1 3
2017 9 - - - - - - - - - 8 - - - -