Table 4. Dispersal patterns of select mutations according to country and year: Comparison of patterns of emergence of select persistent mutations in the NS5 gene.
Nt | Codon | Gene | Residue | AA | Year | N/Year | Thail | Cambo | Indon | Phili | FrPol | Haiti | Brazi | FrGui | Surin | Colom | Panam | Hondu | Guate | Mexic | PuRic |
8006 | ATG | NS5 | 114 | M | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 1 | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 6 | 1 | - | 1 | - | 4 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2016 | 17 | 4 | - | - | 2 | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2017 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | #NULL! | - | - | - | - | - | - | |||||
8006 | GTG | NS5 | 114 | V | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 7 | - | - | - | - | - | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 65 | - | - | - | - | - | - | 19 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
2016 | 256 | - | - | - | - | - | 3 | 44 | - | 2 | 20 | 1 | 19 | 3 | 49 | 2 | |||||
2017 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
8081 | CCG | NS5 | 139 | P | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 1 | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 66 | 1 | - | - | - | - | - | 19 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
2016 | 269 | 4 | - | - | 2 | - | 3 | 42 | - | 2 | 20 | 1 | 19 | 3 | 48 | 2 | |||||
2017 | 8 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
8630 | GTA | NS5 | 322 | V | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 6 | - | - | - | - | - | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 2 | 1 | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2016 | 83 | - | - | - | - | - | 2 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2017 | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
9239 | TGC | NS5 | 525 | C | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 2 | 3 | - | |||||
2016 | 94 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 21 | 3 | 48 | - | |||||
2017 | 5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
9425 | AAA | NS5 | 587 | K | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 1 | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 67 | 1 | - | - | - | - | - | 20 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
2016 | 294 | 4 | - | - | 2 | - | 3 | 54 | - | 2 | 20 | 1 | 22 | 3 | 51 | 2 | |||||
2017 | 9 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
9536 | AGT | NS5 | 624 | S | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2016 | 10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
9590 | TCA | NS5 | 642 | S | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 11 | 2 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 64 | - | - | - | - | - | - | 18 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
2016 | 275 | 3 | - | - | - | - | 3 | 52 | - | 2 | 20 | 1 | 20 | 2 | 42 | 1 | |||||
2017 | 9 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
10088 | ATT | NS5 | 808 | I | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2016 | 52 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
10163 | GCG | NS5 | 833 | A | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 34 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 30 | 3 | - | - | - | - | |||||
2016 | 25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 17 | 1 | - | - | 2 | - | |||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
10265 | AAC | NS5 | 867 | N | 2006 | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 12 | 3 | - | - | - | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 13 | 1 | - | 1 | - | 4 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 65 | 1 | - | - | - | - | - | 18 | 1 | 1 | 30 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | |||||
2016 | 291 | 4 | - | - | - | - | 3 | 54 | - | 2 | 20 | 1 | 22 | 3 | 44 | 2 | |||||
2017 | 9 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | |||||
10265 | AAT | NS5 | 867 | N | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 1 | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 2 | - | - | - | - | - | - | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2016 | 2 | - | - | - | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
10298 | GAG | NS5 | 878 | E | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2014 | 6 | - | - | - | - | - | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2015 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2016 | 80 | - | - | - | - | - | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
2017 | 4 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||
Nt | Codon | Gene | Residue | AA | Year | N/Year | Venez | Ecuad | Peru | Nicar | Guade | DoRep | USA | Jamai | Marti | Cuba | Fiji | Samoa | Tonga | Impor | |
8006 | ATG | NS5 | 114 | M | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | 4 | 1 | 1 | ||||||
2017 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
8006 | GTG | NS5 | 114 | V | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 65 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 256 | 10 | 3 | 2 | 20 | 1 | 27 | 47 | 1 | - | - | - | - | - | 2 | ||||||
2017 | 7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 6 | - | - | - | - | ||||||
8081 | CCG | NS5 | 139 | P | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 66 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 269 | 10 | 3 | 2 | 20 | 1 | 27 | 47 | 1 | - | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
2017 | 8 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 6 | - | - | - | - | ||||||
8630 | GTA | NS5 | 322 | V | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 83 | - | - | - | - | 1 | 27 | 46 | 4 | - | - | - | - | - | 2 | ||||||
2017 | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | - | - | - | - | ||||||
9239 | TGC | NS5 | 525 | C | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 94 | - | - | - | 19 | - | - | 3 | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2017 | 5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | - | - | - | - | ||||||
9425 | AAA | NS5 | 587 | K | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 67 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 294 | 10 | 3 | 2 | 19 | 1 | 29 | 49 | 4 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 7 | - | - | - | - | ||||||
9536 | AGT | NS5 | 624 | S | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | 4 | 1 | 1 | ||||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
9590 | TCA | NS5 | 642 | S | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 64 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 275 | 10 | 3 | 2 | 18 | 1 | 28 | 51 | 3 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 7 | - | - | - | - | ||||||
10088 | ATT | NS5 | 808 | I | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 52 | - | - | - | - | 1 | 2 | 45 | 3 | - | - | - | - | - | - | ||||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
10163 | GCG | NS5 | 833 | A | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 34 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 25 | - | - | 2 | - | - | 1 | 1 | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
10265 | AAC | NS5 | 867 | N | 2006 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 13 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 65 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 291 | 10 | 3 | 2 | 20 | 1 | 30 | 53 | 4 | 1 | - | 4 | 4 | 1 | 3 | ||||||
2017 | 9 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 7 | - | - | - | - | ||||||
10265 | AAT | NS5 | 867 | N | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 2 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2017 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
10298 | GAG | NS5 | 878 | E | 2006 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2010 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2012 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2013 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2014 | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2015 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||
2016 | 80 | - | - | - | - | 1 | 28 | 45 | 4 | - | - | - | - | - | - | ||||||
2017 | 4 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | - | - | - | - |