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. 2019 Dec 6;14(12):e0225699. doi: 10.1371/journal.pone.0225699

Table 4. Dispersal patterns of select mutations according to country and year: Comparison of patterns of emergence of select persistent mutations in the NS5 gene.

Nt Codon Gene Residue AA Year N/Year Thail Cambo Indon Phili FrPol Haiti Brazi FrGui Surin Colom Panam Hondu Guate Mexic PuRic
8006 ATG NS5 114 M 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - 1 - - - - - - - - - - -
2013 12 3 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 6 1 - 1 - 4 - - - - - - - - - -
2015 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2016 17 4 - - 2 - - 1 - - - - - - - -
2017 1 1 - - - - - - - #NULL! - - - - - -
8006 GTG NS5 114 V 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 7 - - - - - 7 - - - - - - - - -
2015 65 - - - - - - 19 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 256 - - - - - 3 44 - 2 20 1 19 3 49 2
2017 7 - - - - - - - - - - - - - 1 -
8081 CCG NS5 139 P 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - 1 - - - - - - - - - - -
2013 12 3 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 13 1 - 1 - 4 7 - - - - - - - - -
2015 66 1 - - - - - 19 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 269 4 - - 2 - 3 42 - 2 20 1 19 3 48 2
2017 8 1 - - - - - - - - - - - - 1 -
8630 GTA NS5 322 V 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 6 - - - - - 6 - - - - - - - - -
2015 2 1 - - - - - 1 - - - - - - - -
2016 83 - - - - - 2 1 - - - - - - - -
2017 2 - - - - - - - - - - - - - - -
9239 TGC NS5 525 C 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 6 - - - - - - - - - - - 1 2 3 -
2016 94 - - - - - - - - - - - 21 3 48 -
2017 5 - - - - - - - - - - - - - 1 -
9425 AAA NS5 587 K 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - 1 - - - - - - - - - - -
2013 12 3 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 13 1 - 1 - 4 7 - - - - - - - - -
2015 67 1 - - - - - 20 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 294 4 - - 2 - 3 54 - 2 20 1 22 3 51 2
2017 9 1 - - - - - - - - - - - - 1 -
9536 AGT NS5 624 S 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2016 10 - - - - - - - - - - - - - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - - -
9590 TCA NS5 642 S 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 11 2 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 13 1 - 1 - 4 7 - - - - - - - - -
2015 64 - - - - - - 18 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 275 3 - - - - 3 52 - 2 20 1 20 2 42 1
2017 9 1 - - - - - - - - - - - - 1 -
10088 ATT NS5 808 I 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2016 52 - - - - - - - - - - - - - 1 -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - - -
10163 GCG NS5 833 A 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 34 - - - - - - - - - 30 3 - - - -
2016 25 - - - - - - - - - 17 1 - - 2 -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - - -
10265 AAC NS5 867 N 2006 1 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - 1 - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 12 3 - - - 9 - - - - - - - - - -
2014 13 1 - 1 - 4 7 - - - - - - - - -
2015 65 1 - - - - - 18 1 1 30 3 1 2 3 4
2016 291 4 - - - - 3 54 - 2 20 1 22 3 44 2
2017 9 1 - - - - - - - - - - - - 1 -
10265 AAT NS5 867 N 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - 1 - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2015 2 - - - - - - 2 - - - - - - - -
2016 2 - - - 2 - - - - - - - - - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - - -
10298 GAG NS5 878 E 2006 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2014 6 - - - - - 6 - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - - -
2016 80 - - - - - 2 - - - - - - - - -
2017 4 - - - - - - - - - - - - - - -
Nt Codon Gene Residue AA Year N/Year Venez Ecuad Peru Nicar Guade DoRep USA Jamai Marti Cuba Fiji Samoa Tonga Impor
8006 ATG NS5 114 M 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - - - - - - - - - - - -
2013 12 - - - - - - - - - - - - - -
2014 6 - - - - - - - - - - - - - -
2015 1 - - - - - - - - - - - - - -
2016 17 - - - - - - - - - - 4 4 1 1
2017 1 - - - - - - - - - - - - - -
8006 GTG NS5 114 V 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 7 - - - - - - - - - - - - - -
2015 65 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 256 10 3 2 20 1 27 47 1 - - - - - 2
2017 7 - - - - - - - - - 6 - - - -
8081 CCG NS5 139 P 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - - - - - - - - - - - -
2013 12 - - - - - - - - - - - - - -
2014 13 - - - - - - - - - - - - - -
2015 66 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 269 10 3 2 20 1 27 47 1 - - 4 4 1 3
2017 8 - - - - - - - - - 6 - - - -
8630 GTA NS5 322 V 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 6 - - - - - - - - - - - - - -
2015 2 - - - - - - - - - - - - - -
2016 83 - - - - 1 27 46 4 - - - - - 2
2017 2 - - - - - - - - - 2 - - - -
9239 TGC NS5 525 C 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 6 - - - - - - - - - - - - - -
2016 94 - - - 19 - - 3 - - - - - - -
2017 5 - - - - - - - - - 4 - - - -
9425 AAA NS5 587 K 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - - - - - - - - - - - -
2013 12 - - - - - - - - - - - - - -
2014 13 - - - - - - - - - - - - - -
2015 67 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 294 10 3 2 19 1 29 49 4 1 - 4 4 1 3
2017 9 - - - - - - - - - 7 - - - -
9536 AGT NS5 624 S 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - -
2016 10 - - - - - - - - - - 4 4 1 1
2017 0 - - - - - - - - - - - - - -
9590 TCA NS5 642 S 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 11 - - - - - - - - - - - - - -
2014 13 - - - - - - - - - - - - - -
2015 64 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 275 10 3 2 18 1 28 51 3 1 - 4 4 1 3
2017 9 - - - - - - - - - 7 - - - -
10088 ATT NS5 808 I 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - -
2016 52 - - - - 1 2 45 3 - - - - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - -
10163 GCG NS5 833 A 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 34 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 25 - - 2 - - 1 1 - 1 - - - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - -
10265 AAC NS5 867 N 2006 1 - - - - - - - - - - - - - -
2010 1 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 12 - - - - - - - - - - - - - -
2014 13 - - - - - - - - - - - - - -
2015 65 - - - - - - - - 1 - - - - -
2016 291 10 3 2 20 1 30 53 4 1 - 4 4 1 3
2017 9 - - - - - - - - - 7 - - - -
10265 AAT NS5 867 N 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 1 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 0 - - - - - - - - - - - - - -
2015 2 - - - - - - - - - - - - - -
2016 2 - - - - - - - - - - - - - -
2017 0 - - - - - - - - - - - - - -
10298 GAG NS5 878 E 2006 0 - - - - - - - - - - - - - -
2010 0 - - - - - - - - - - - - - -
2012 0 - - - - - - - - - - - - - -
2013 0 - - - - - - - - - - - - - -
2014 6 - - - - - - - - - - - - - -
2015 0 - - - - - - - - - - - - - -
2016 80 - - - - 1 28 45 4 - - - - - -
2017 4 - - - - - - - - - 4 - - - -