Table 4.

Jaccard index of sequencing based methods on 10 samples

Sample	BICSeq	CNVnorm	FREEC	CNVseq	rSWseq	Varscan	CNVnator	RDXplorer	ReadDepth
357	0.78	0.22	0.79	0.59	0.35	0.64	0.57	0	0.05
620380	0.65	0.13	0.66	0.6	0.1	0.73	0.08	0.02	0.04
K2110056	0.45	0.6	0.68	0.32	0.19	0.27	0.07	0	0.08
K2150024	0.73	0.23	0.05	0.55	0.01	0.81	0.01	0.01	0.04
K2310007	0.6	0.05	0.12	0.53	0	0.7	0.19	0.02	0.01
K2310024	0.66	0.06	0.14	0.52	0.41	0.72	0.29	0.01	0.05
K2310030	0.73	0.19	0.49	0.64	0.14	0.85	0.64	0.01	0.43
AVG	0.66	0.21	0.42	0.54	0.17	0.67	0.26	0.01	0.1
RS114527	0.13	0.16	0.69	0.15	0.02	0.14	0.02	0	0.06
K2110097	0.38	0.32	0.26	0.35	0	0.3	0.22	0	0.63
K2150051	0.47	0.28	0.42	0.41	0	0.36	0.03	0.01	0.04
AVG	0.33	0.25	0.46	0.3	0.01	0.27	0.09	0	0.24