Table 1.
Species identified by sequencing the 16S rRNA gene and number of isolates and clusters (strains) assigned to species.
| Order | Family | Genus | Species | Clusters | Isolates | Potato | Tomato | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ctrl. | 102 CFU | 104 CFU | Ctrl. | 104 CFU | ||||||
| Caulobacteriales | Caulobacteraceae | Brevundimonas | B. lenta | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| B. vesicularis | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| Caulobacter | C. sp. | 2 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
| Rhizobiales | Bradyrhizobiaceae | Bosea | B. thiooxidans | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Tardiphaga | T. robiniae | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | ||
| Methylobacteriaceae | Methylobacterium | M. tardum | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | |
| Rhizobiaceae | Agrobacterium | A. rhizogenes | 5 | 12 | 2 | 3 | 0 | 7 | 0 | |
| A. tumefaciens | 5 | 17 | 3 | 7 | 2 | 5 | 0 | |||
| Neorhizobium | N. galegae | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
| Rhizobium | R. alamii | 1 | 3 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | ||
| R. gallicum | 1 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | |||
| R. sullae | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| R. tibeticum | 2 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| Shinella | S. zoogloeoides | 2 | 13 | 12 | 1 | 0 | 0 | 0 | ||
| Rhodospirillales | Rhodospirillaceae | Inquilinus | I. ginsengisoli | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Sphingomonadales | Sphingomonadaceae | Novosphingobium | N. barchaimii | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Sphingobium | S. japonicum | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | ||
| S. sp. | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| Sphingomonas | S. asaccharolytica | 3 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | ||
| S. kyeonggiensis | 1 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | |||
| S. melonis | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| S. paucimobilis | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | |||
| S. pituitosa | 1 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | |||
| Burkholderiales | Alcaligenaceae | Achromobacter | A. sp. | 4 | 5 | 1 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| Burkholderiaceae | Burkholderia | B. ambifaria | 8 | 35 | 3 | 10 | 0 | 22 | 0 | |
| B. sp. | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| Paraburkholderia | P. phenazinium | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | ||
| P. soli | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | |||
| Ralstonia | R. pickettii | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | ||
| Comamonadaceae | Variovorax | V. paradoxus | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
| Oxalobacteraceae | Massilia | M. haematophila | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |
| Enterobacterales | Enterobacteriaceae | Enterobacter | E. asburiae | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| E. cloacae | 17 | 51 | 19 | 18 | 14 | 0 | 0 | |||
| E. ludwigii | 9 | 11 | 2 | 6 | 3 | 0 | 0 | |||
| E. sp. | 1 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| Lelliottia | L. amnigena | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
| Erwiniaceae | Pantoea | P. ananatis | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |
| Pseudomonadales | Pseudomonadaceae | Pseudomonas | P. brassicacearum | 3 | 9 | 8 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| P. graminis | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. koreensis | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. putida | 2 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. sp. | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | |||
| Xanthomonadales | Rhodanobacteraceae | Dyella | D. marensis | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| Luteibacter | L. rhizovicinus | 4 | 10 | 1 | 1 | 2 | 6 | 0 | ||
| Rhodanobacter | R. lindaniclasticus | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | ||
| R. sp. | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | |||
| Xanthomonadaceae | Stenotrophomonas | S. maltophilia | 8 | 12 | 8 | 2 | 2 | 0 | 0 | |
| Flavobacteriales | Flavobacteriaceae | Chryseobacterium | C. daecheongense | 3 | 7 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 |
| C. taeanense | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| Sphingobacteriales | Sphingobacteriaceae | Mucilaginibacter | M. sp. | 2 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Corynebacteriales | Corynebacteriaceae | Corynebacterium | C. sp. | 2 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Mycobacteriaceae | Mycolicibacterium | M. frederiksbergense | 2 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| M. gilvum | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| M. hodleri | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| M. llatzerense | 3 | 4 | 1 | 2 | 1 | 0 | 0 | |||
| M. moriokaense | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| M. mucogenicum | 3 | 7 | 0 | 3 | 4 | 0 | 0 | |||
| M. neoaurum | 4 | 4 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | |||
| M. pallens | 1 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | |||
| M. peregrinum | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | |||
| M. smegmatis | 1 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | |||
| Nocardiaceae | Rhodococcus | R. erythropolis | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |
| Nocardia | N. nova | 1 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
| Micrococcales | Cellulomonadaceae | Cellulomonas | C. hominis | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Promicromonosporaceae | Cellulosimicrobium | C. cellulans | 2 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
| Microbacteriaceae | Leifsonia | L. shinshuensis | 9 | 14 | 0 | 3 | 4 | 0 | 7 | |
| L. soli | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| L. xyli | 4 | 6 | 1 | 2 | 3 | 0 | 0 | |||
| Lysinimonas | L. sp. | 3 | 3 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | ||
| Microbacterium | M. oxydans | 2 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | ||
| Rathayibacter | R. agropyri | 4 | 7 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | ||
| R. tritici | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| Micromonosporales | Micromonosporaceae | Micromonospora | M. sp. | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| Streptomycetales | Streptomycetaceae | Streptomyces | S. niveus | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| S. mirabilis | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| Streptosporangiales | Streptosporangiaceae | Microbispora | M. rosea | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| M. sp. | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| Bacillales | Alicyclobacillaceae | Tumebacillus | T. luteolus | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| Bacillaceae | Bacillus | B. altitudinis | 4 | 4 | 0 | 1 | 0 | 0 | 3 | |
| B. aryabhattai | 3 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | |||
| B. cereus | 2 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| B. drentensis | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | |||
| B. flexus | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | |||
| B. megaterium | 5 | 7 | 3 | 0 | 3 | 1 | 0 | |||
| B. mycoides | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | |||
| B. niacini | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| B. pumilus | 6 | 15 | 1 | 0 | 1 | 6 | 7 | |||
| B. simplex | 3 | 5 | 0 | 0 | 2 | 2 | 1 | |||
| B. sp. | 7 | 41 | 4 | 1 | 14 | 7 | 15 | |||
| B. subtilis | 5 | 12 | 0 | 0 | 8 | 4 | 0 | |||
| B. thuringiensis | 3 | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | |||
| B. velezensis | 2 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | |||
| Paenibacillaceae | Brevibacillus | B. brevis | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
| Cohnella | C. plantaginis | 5 | 6 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | ||
| Paenibacillus | P. aceris | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | ||
| P. agaridevorans | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| P. alginolyticus | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | |||
| P. amylolyticus | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | |||
| P. anaericanus | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| P. campinasensis | 1 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. chondroitinus | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| P. elgii | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. glycanilyticus | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| P. graminis | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. mucilaginosus | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| P. polymyxa | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | |||
| P. provencensis | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | |||
| P. sp. | 3 | 4 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | |||
| P. stellifer | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | |||
| P. taichungensis | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 | |||
| P. terrigena | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | |||
| P. validus | 2 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | |||
| P. vulneris | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | |||
| P. xylanexedens | 6 | 7 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | |||
| P. xylanilyticus | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | |||
| Staphylococcaceae | Staphylococcus | S. warneri | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | |
| Total | 260 | 479 | 109 | 123 | 125 | 69 | 53 | |||
Ctrl stands for control plants.