Table 1.
List of strains used in this study and signals obtained with the primers and probe combinations in simplex quantitative PCR (qPCR) assays on DNA suspensions calibrated at OD600nm = 0.1.
| Strain code | Nomenclature | Mean Ct value for each primer and probe set | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| XFa | XFF | XFM | XFMO | XFP | XFFSL | ||
| CFBP 6448 | Agrobacterium rubi | nab | na | na | na | na | na |
| CFBP 2413 | Agrobacterium tumefaciens | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 5523 | Agrobacterium vitis | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2404 | Clavibacter insidiosus | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 1200 | Dickeya dianthicola | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 5561 | Ensifer meliloti | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 1232 | Erwinia amylovora | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 3845 | Pantoea agglomerans | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 3167 | Pantoea stewartii pv. stewartii | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 3205 | Pseudomonas amygdali | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 8305 | Pseudomonas cerasi | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 1573 | Pseudomonas syringae pv. persicae | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 1392 | P. syringae pv. syringae | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 7436 | Rhizobium nepotum | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 13100 | Stenotrophomonas maltophilia | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 3371 | Xanthomonas euvesicatoria pv. citrumelonis | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2528 | Xanthomonas arboricola pv. juglandis | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2535 | X. arboricola pv. pruni | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 4924 | Xanthomonas axonopodis pv. axonopodis | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 5241 | Xanthomonas campestris pv. campestris | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2901 | Xanthomonas citri pv. aurantifolii | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2525 | X. citri pv. citri | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 7660 | X. citri pv. viticola | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2625 | Xanthomonas gardneri | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2533 | Xanthomonas hortorum pv. pelargonii | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 1156 | Xanthomonas hyacinthi | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2532 | Xanthomonas oryzae pv. oryzae | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2054 | Xanthomonas translucens | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 2543 | Xanthomonas vasicola pv. holcicola | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 1192 | Xylophilus ampelinus | na | na | na | na | na | na |
| CFBP 13349 | Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa | 20.81 | 19.02 | na | na | na | 20.06 |
| CFBP 13354 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 20.20 | 18.1 | na | na | na | 18.83 |
| Temecula 1 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 20.83 | 19.13 | na | na | na | 22.41 |
| CFBP 7969 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 19.81 | 17.68 | na | na | na | 18.51 |
| CFBP 7970 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 19.33 | 17.04 | na | na | na | 21.66 |
| CFBP 8069 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 21.19 | 19.68 | na | na | na | 20.03 |
| CFBP 8071 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 19.89 | 17.94 | na | na | na | 18.42 |
| CFBP 8082 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 20.21 | 18.85 | na | na | na | 24.58 |
| CFBP 8083 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 19.37 | 17.91 | na | na | na | 18.25 |
| CFBP 8351 | X. fastidiosa subsp. fastidiosa | 19.38 | 17.63 | na | na | na | 20.16 |
| CFBP 8084 | X. fastidiosa subsp. morus | 21.86 | na | na | 21.48 | na | 18.94 |
| CFBP 8076 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 19.88 | na | 19.41 | na | na | na |
| CFBP 8078 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 23.81 | na | 23.58 | na | na | na |
| CFBP 13552 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 19.44 | na | 18.73 | na | na | na |
| AlmaEm3 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.36 | na | 19.71 | na | na | na |
| ALS6 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.43 | na | 20.05 | na | na | na |
| BB08-1 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.46 | na | 19.94 | na | na | na |
| CFBP 8173 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.59 | na | 19.8 | na | na | na |
| Georgia Plum | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.49 | na | 20.07 | na | na | na |
| GIL GRA 274 Ext | X. fastidiosa subsp. multiplex | 19.45 | na | 19.37 | na | na | na |
| L 95-2 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 21.17 | na | 20.95 | na | na | na |
| LLA FAL 718 A | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.16 | na | 20.12 | na | na | na |
| T.Oak 95-1 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 19.37 | na | 19.36 | na | na | na |
| UVA 519-1B | X. fastidiosa subsp. multiplex | 19.90 | na | 19.94 | na | na | na |
| VAL VAL 072 Ext | X. fastidiosa subsp. multiplex | 21.95 | na | 19.78 | na | na | na |
| CFBP 8416 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 21.08 | na | 20.2 | na | na | na |
| CFBP 8432 | X. fastidiosa subsp. multiplex | 20.33 | na | 20.34 | na | na | na |
| CFBP 8072 | X. fastidiosa subsp. pauca | 18.72 | na | na | na | 18.19 | na |
| CFBP 8074 | X. fastidiosa subsp. pauca | 22.80 | na | na | na | 20.66 | na |
| CFBP 8402 | X. fastidiosa subsp. pauca | 21.04 | na | na | na | 19.51 | na |
| CFBP 8429 | X. fastidiosa subsp. pauca | 26.06 | na | na | na | 25.22 | na |
| CFBP 8477 | X. fastidiosa subsp. pauca | 23.59 | na | na | na | 22.91 | na |
| CFBP 8495 | X. fastidiosa subsp. pauca | 20.00 | na | na | na | 19.19 | na |
| CFBP 8498 | X. fastidiosa subsp. pauca | 21.46 | na | na | na | 19.71 | na |
| CFBP 8077 | X. fastidiosa subsp. sandyi | 19.31 | na | na | na | na | 20.52 |
| CFBP 8356 | X. fastidiosa subsp. sandyi | 20.55 | na | na | na | na | 21.41 |
| CFBP 8419 | X. fastidiosa subsp. sandyi | 23.38 | na | na | na | na | 24.23 |
| CFBP 8478 | X. fastidiosa subsp. sandyi | 22.75 | na | na | na | na | 23.58 |
| MED PRI 047 | X. fastidiosa subsp. sandyi | 20.96 | na | na | na | na | 22.13 |
a: See Table 3 for description of codes of primer and probe sets.
b: Not amplified.