Skip to main content
. 2020 Jan 23;10:1023. doi: 10.1038/s41598-020-57668-6

Table 6.

Relative abundance (%) of microbial taxa differentially abundant according to dietary treatment in the ileal and caecal digesta of pigsa.

Cereal form (Csoak)b: Fresh Fresh Soak Soak SEMd P-valuee
Enzyme (ENZ)c: − + − + ENZ Csoak ENZ*Csoak
Ileum digestaf
P_Tenericutes 0.36 0.51 0.04 0.08 0.278 0.67 <0.05 0.10
F_Ruminococcaceae 0.02 0.01 0.02 0.01 0.008 <0.05 0.80 0.40
F_Enterococcaceae 0.02 0.07 0.04 0.05 0.027 <0.05 0.98 0.39
F_Neisseriaceae 0.01 0.04 0.02 0.06 0.026 <0.05 0.55 0.24
F_Moraxellaceae 0.04 0.16 0.10 0.44 0.234 <0.05 0.55 0.18
F_Lachnospiraceae 0.12b 0.15b 0.15b 1.01a 0.332 <0.05 0.06 <0.05
G_Lelliottia 0.07 0.04 0.15 0.22 0.063 0.85 <0.05 0.06
G_Intestinibacter 0.57a,b 0.10c 0.18c,b 0.89a 0.308 0.78 0.72 <0.05
G_Citrobacter 0.44 0.41 1.44 1.43 0.360 0.96 <0.001 0.06
G_Lachnospiraceae_UCG-007 0.10b 0.09b 0.05b 0.66a 0.252 0.07 0.12 <0.05
G_Cellulosilyticum 0.04b 0.08a,b 0.03b 0.38a 0.130 <0.05 0.22 <0.05
G_Acinetobacter 0.02b 0.16a 0.10a 0.43a 0.172 0.21 0.32 <0.01
G_Lactococcus 0.11c 0.18c,b 0.76a,b 1.72a 0.605 0.60 <0.01 <0.01
Caecum digestaf
F_Spirochaetaceae 0.10b 0.65a 0.45a,b 1.14a 0.512 0.12 0.42 <0.05
F_Family_XIII 0.16b 0.31a,b 0.39a 0.40a 0.075 0.56 0.15 <0.05
F_Bacteroidaceae 0.02b 0.06a 0.05a,b 0.08a 0.015 0.12 0.52 <0.05
F_Desulfovibrionaceae 0.02b 0.06a,b 0.07a,b 0.13a 0.037 0.14 0.12 <0.05
F_Rikenellaceae 1.17b 2.12a,b 1.87a,b 3.03a 0.469 0.12 0.21 <0.05
F_Enterobacteriaceae 0.17b 1.30a 0.15b 0.14b 0.525 0.12 0.09 <0.05
F_Leuconostocaceae 0.03b 0.08a,b 0.19a 0.10a,b 0.047 0.81 0.11 <0.05
G_Rikenellaceae_RC9_gut_group 1.22b 2.30a 1.94a,b 3.17a 0.479 0.09 0.40 <0.05
G_Ruminococcus_2 0.23a 0.10b 0.22a 0.09b 0.042 <0.01 1.00 <0.05
G_Lachnospiraceae_AC2044_group 0.23c,b 0.96a 0.19c 0.71a,b 0.287 <0.01 0.82 <0.05
G_Leuconostoc 0.02b 0.05a,b 0.13a 0.09a 0.027 0.76 0.17 <0.05
G_Lachnospiraceae_UCG-001 0.87a 0.39c 0.53c,b 0.78a,b 0.103 0.51 0.99 <0.05
G_Lachnoclostridium_12 0.03b 0.02c 0.03a 0.01d 0.000 0.16 0.99 <0.05

aValues within a row that do not share a common superscript are statistically different (P < 0.05).

bSoaking the cereal fraction of the diet prior to feeding (fresh = 0 h soaking, soak = 3 h soaking).

cEnzyme supplementation with a xylanase and β-glucanase complex [unsupplemented (−), supplemented (+)].

dSEM = standard error of the mean.

eP-value corrected for false discovery rate (FDR).

fP_ = Phylum, F_ = Family, G_ = Genus.