Table 1. Distribution of multilocus sequence types (STs) amongst isolates from the four studies.
| ST | IID1 | IID2 | Integrate | Enigma | TOTAL |
|---|---|---|---|---|---|
| (n = 292) | (n = 93) | (n = 52) | (n = 162) | (n = 599) | |
| 21 | 24 (0) | 7 (1) | 4 (1) | 16 (7) | 51 (9) |
| 257 | 29 (0) | 6 (0) | 1 (0) | 10 (2) | 46 (2) |
| 45 | 25 (0) | 3 (0) | 4 (0) | 11 (0) | 43 (0) |
| 48 | 14 (1) | 6 (0) | 2 (0) | 11 (1) | 33 (2) |
| 53 | 18 (0) | 4 (0) | 0 | 6 (0) | 28 (0) |
| 50 | 12 (1) | 1 (0) | 6 (2) | 9 (1) | 28 (4) |
| 61 | 9 (0) | 2 (0) | 1 (0) | 4 (0) | 16 (0) |
| 42 | 7 (0) | 3 (0) | 0 | 5 (0) | 15 (0) |
| 22 | 7 (0) | 2 (0) | 2 (0) | 2 (0) | 13 (0) |
| 137 | 6 (0) | 3 (0) | 0 | 4 (0) | 13 (0) |
| 51 | 3 (0) | 3 (1) | 2 (0) | 4 (1) | 12 (2) |
| 19 | 5 (1) | 5 (1) | 1 (0) | 1 (1) | 12 (3) |
| 5136 | 0 | 0 | 1 (1) | 8 (8) | 9 (9) |
| 104 | 8 (1) | 0 | 1 (1) | 0 | 9 (2) |
| 52 | 5 (0) | 2 (0) | 0 | 1 (0) | 8 (0) |
| 47 | 8 (0) | 0 | 0 | 0 | 8 (0) |
| 464 | 0 | 2 (2) | 1 (1) | 5 (5) | 8 (8) |
| 206 | 5 (0) | 1 (0) | 1 (0) | 1 (1) | 8 (1) |
| 354 | 1 (0) | 2 (2) | 2 (2) | 2 (2) | 7 (6) |
| 49 | 7 (0) | 0 | 0 | 0 | 7 (0) |
| 267 | 3 (0) | 0 | 0 | 4 (0) | 7 (0) |
| 227 | 3 (2) | 0 | 0 | 4 (0) | 7 (2) |
| 6461 | 0 | 0 | 0 | 6 (6) | 6 (6) |
| 572 | 0 | 4 (4) | 2 (2) | 0 | 6 (6) |
| 475 | 4 (0) | 1 (0) | 0 | 1 (0) | 6 (0) |
| 44 | 4 (0) | 0 | 2 (2) | 0 | 6 (2) |
| 433 | 5 (2) | 1 (0) | 0 | 0 | 6 (2) |
| 324 | 6 (0) | 0 | 0 | 0 | 6 (0) |
| 583 | 3 (0) | 1 (0) | 0 | 1 (0) | 5 (0) |
| 5 | 0 | 1 (0) | 2 (2) | 2 (2) | 5 (4) |
| 400 | 0 | 2 (0) | 1 (1) | 2 (2) | 5 (3) |
| 262 | 5 (0) | 0 | 0 | 0 | 5 (0) |
| 883 | 0 | 1 (1) | 0 | 3 (2) | 4 (3) |
| 658 | 1 (1) | 0 | 2 (0) | 1 (0) | 4 (1) |
| 520 | 4 (0) | 0 | 0 | 0 | 4 (0) |
| 403 | 0 | 0 | 0 | 4 (1) | 4 (1) |
| 353 | 4 (0) | 0 | 0 | 0 | 4 (0) |
| 2254 | 0 | 0 | 1 (0) | 3 (3) | 4 (4) |
| 205 | 4 (0) | 0 | 0 | 0 | 4 (0) |
| 132 | 2 (0) | 0 | 0 | 2 (0) | 4 (0) |
| 122 | 0 | 0 | 0 | 4 (0) | 4 (0) |
| singletons | 51 (6) | 30 (6) | 13 (4) | 25 (10) | 119 (26) |
STs are listed in descending order of abundance. The number of isolates containing the T86I mutation is indicated in parentheses. Only STs occurring at least four times are identified in the table. Where STs occurred only once in the dataset, they are referred to as singletons. For two isolates, it was not possible to assign as ST because of incomplete profiles.