Table 2.
Summary of species identification among clinical isolates.
| Isolates | MLSA | MinION | MALDI TOF-MS | Routine biochemical protocol | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Total reads | No. of total bases | Mean read length | Coverage | WIMP | Kraken2 | API | Optochin susceptibility | Bile solubility | |||
| REFERENCE STRAINS | |||||||||||
| ATCC 49619 | S. p | 37,731 | 132.4 M | 3,508 | 60× | S. p | S. p | NA | NA | NA | NA |
| JNBP 05639 | S. m | 47,447 | 74.7 M | 1,574 | 34× | S. m | S. m | NA | NA | NA | NA |
| JNBP 08070 | S. o | 49,882 | 93.5 M | 1,875 | 43× | S. o | S. o | NA | NA | NA | NA |
| CCUG 49455 | S. pp | 7,711 | 25.2 M | 3,267 | 11× | S. pp | S. pp | NA | NA | NA | NA |
| CLINICAL ISOLATES | |||||||||||
| S1 | S. p | 18,395 | 31.0 M | 1,684 | 14× | S. p | S. p | S. p | S. p | S | + |
| S2 | S. p | 26,806 | 43.9 M | 1,637 | 20× | S. p | S. p | S. p | S. p | S | + |
| S3 | S. p | 27,316 | 127.1 M | 4,654 | 58× | S. p | S. p | S. p | S. p | S | + |
| S4 | S. p | 11,765 | 34.9 M | 2,969 | 16× | S. p | S. p | S. p | S. m* | S | + |
| S5 | S. p | 16,869 | 50.6 M | 3,001 | 23× | S. p | S. p | S. p | S. m* | S | + |
| S6 | S. p | 36,377 | 167.4 M | 4,602 | 76× | S. p | S. p | S. p | S. sang* | S | + |
| S7 | S. p | 7,579 | 33.2 M | 4,374 | 15× | S. p | S. p | S. p | S. p | S | + |
| S8 | S. p | 22,514 | 70.8 M | 3,143 | 32× | S. p | S. p | S. p | S. p | S | + |
| S9 | S. m | 31,807 | 63.5 M | 1,997 | 30× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S10 | S. m | 20,513 | 79.7 M | 3,884 | 37× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | +* |
| S11 | S. m | 42,314 | 146.1 M | 3,452 | 68× | S. m | S. m | S. m | S. o* | R | − |
| S12 | S. m | 9,642 | 47.8 M | 4,960 | 22× | S. m | S. m | S. m | S. o* | R | +* |
| S13 | S. m | 4,259 | 17.2 M | 4,028 | 8× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S14 | S. m | 10,523 | 31.3 M | 2,977 | 15× | S. m | S. m | S. m | S. o* | R | − |
| S15 | S. m | 77,786 | 199.7 M | 2,567 | 93× | S. m | S. m | S. p* | S. m | R | − |
| S16 | S. m | 22,768 | 83.8 M | 3,679 | 39× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S17 | S. m | 4,819 | 15.5 M | 3,223 | 7× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S18 | S. m | 80,010 | 208.0 M | 2,599 | 97× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S19 | S. m | 52,061 | 200.3 M | 3,848 | 93× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S20 | S. m | 14,388 | 64.1 M | 4,453 | 30× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S21 | S. m | 13,395 | 51.4 M | 3,836 | 24× | S. m | S. m | S. m | S. o* | R | − |
| S22 | S. m | 6,614 | 14.2 M | 2,141 | 7× | S. m | S. m | S. o* | G. m* | R | − |
| S23 | S. m | 14,644 | 32.7 M | 2,233 | 15× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S24 | S. m | 11,277 | 266.5 M | 4,993 | 124× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S25 | S. m | 23,957 | 37.8 M | 1,579 | 18× | S. m | S. m | S. m | S. m | R | − |
| S26 | S. o | 45,499 | 128.7 M | 2,829 | 64× | S. o | S. o | S. o | S. o | R | − |
| S27 | S. o | 10,793 | 22.7 M | 2,101 | 11× | S. o | S. o | S. o | S. o | R | − |
| S28 | S. o | 15,630 | 48.0 M | 3,068 | 24× | S. o | S. o | S. o | S. o | R | − |
| S29 | S. o | 1,680 | 2.5 M | 1,461 | 1× | S. o | S. o | S. o | S. m* | R | − |
| S30 | S. o | 6,548 | 5.2 M | 786 | 3× | S. o | S. o | S. o | S. m* | R | − |
| S31 | S. o | 25,997 | 56.5 M | 2,174 | 28× | S. o | S. o | S. o | S. o | R | − |
S. p, S. pneumoniae; S. pp, S. pseudopneumoniae; S. m, S. mitis; S. o, S. oralis; S. sang, S. sanguinis; and G. m, G. morbillorum.
Asterisk indicates discrepancy in the results of multilocus sequence analysis as a reference identification method compared with other methods.