Table 1.
Summary frequencies and distribution of isolates per district of origin, lineage and sub-lineage and spoligotyping clade.
| N (%) | Clade (%) | Drug Resistance (%) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Lisboa3 | Q1 | Other | Susceptible | Other | MDR | MDR with Second-line DST Available | XDR | ||
| Origin (District) | |||||||||
| Aveiro | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| Braga | 5 (2.4) | 2 (1) | 0 (0) | 3 (1.4) | 1 (0.5) | 0 (0) | 4 (1.9) | 4 (1.9) | 0 (0) |
| Braganca | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| Coimbra | 2 (1) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 2 (100) |
| Evora | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) |
| Faro | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| Funchal | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| Lisboa | 143 (69.1) | 40 (19.3) | 32 (15.5) | 71 (34.3) | 17 (8.2) | 26 (12.6) | 65 (31.4) | 85 (41.1) | 35 (41.2) |
| Ponta Delgada | 5 (2.4) | 4 (1.9) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (2.4) | 5 (100) |
| Porto | 18 (8.7) | 4 (1.9) | 0 (0) | 14 (6.8) | 0 (0) | 2 (1) | 14 (6.8) | 16 (7.7) | 2 (12.5) |
| Santarem | 4 (1.9) | 2 (1) | 0 (0) | 2 (1) | 0 (0) | 1 (0.5) | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 0 (0) |
| Setubal | 19 (9.2) | 13 (6.3) | 2 (1) | 4 (1.9) | 1 (0.5) | 8 (3.9) | 7 (3.4) | 8 (3.9) | 3 (37.5) |
| Viana do castelo | 2 (1) | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| Vila Real | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| Viseu | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 3 (1.4) | 2 (66.7) |
| Total | 207 (100) | 72 (34.8) | 35 (16.9) | 100 (48.3) | 19 (9.2) | 37 (17.9) | 102 (49.3) | 132 (63.8) | 49 (37.1) |
| Lineage/Sub-lineage | |||||||||
| 2.2.1 | 19 (9.2) | 0 (0) | 0 (0) | 19 (9.2) | 1 (0.5) | 2 (1) | 15 (7.2) | 12 (5.8) | 1 (8.3) |
| 3 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.1 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 1 (0.5) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.1.1.1 | 4 (1.9) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.9) | 2 (1) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.1.1.3 | 6 (2.9) | 0 (0) | 0 (0) | 6 (2.9) | 1 (0.5) | 0 (0) | 4 (1.9) | 4 (1.9) | 1 (25) |
| 4.1.2.1 | 6 (2.9) | 0 (0) | 0 (0) | 6 (2.9) | 0 (0) | 0 (0) | 6 (2.9) | 5 (2.4) | 0 (0) |
| 4.2.1 | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 0 (0) |
| 4.2.2.1 | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.3.2 | 5 (2.4) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (2.4) | 2 (1) | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| 4.3.3 | 5 (2.4) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (2.4) | 1 (0.5) | 3 (1.4) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.3.4.1 | 20 (9.7) | 0 (0) | 0 (0) | 20 (9.7) | 5 (2.4) | 8 (3.9) | 6 (2.9) | 7 (3.4) | 1 (14.3) |
| 4.3.4.2 | 118 (57) | 72 (34.8) | 35 (16.9) | 11 (5.3) | 3 (1.4) | 15 (7.2) | 54 (26.1) | 88 (42.5) | 46 (52.3) |
| 4.3.4.2.1 | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 0 (0) | 1 (0.5) | 2 (1) | 2 (1) | 0 (0) |
| 4.4.1.1 | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.6.1.2 | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.7 | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| 4.8 | 8 (3.9) | 0 (0) | 0 (0) | 8 (3.9) | 2 (1) | 2 (1) | 4 (1.9) | 3 (1.4) | 0 (0) |
| Total | 207 (100) | 72 (34.8) | 35 (16.9) | 100 (48.3) | 19 (9.2) | 37 (17.9) | 102 (49.3) | 132 (63.8) | 49 (37.1) |
| Spoligotyping Clade | |||||||||
| BEIJING | 19 (9.2) | 0 (0) | 0 (0) | 19 (9.2) | 1 (0.5) | 2 (1) | 15 (7.2) | 12 (5.8) | 1 (8.3) |
| CAS | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| CAS1-DELHI | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| H1 | 5 (2.4) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (2.4) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (2.4) | 5 (2.4) | 0 (0) |
| H3 | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 0 (0) |
| LAM1 | 86 (41.5) | 72 (34.8) | 0 (0) | 14 (6.8) | 3 (1.4) | 15 (7.2) | 33 (15.9) | 61 (29.5) | 35 (57.4) |
| LAM11-ZWE | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 2 (1) | 0 (0) |
| LAM2 | 4 (1.9) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.9) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 2 (1) | 2 (1) | 0 (0) |
| LAM3 | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 0 (0) | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| LAM4 | 36 (17.4) | 0 (0) | 35 (16.9) | 1 (0.5) | 0 (0) | 2 (1) | 22 (10.6) | 29 (14) | 12 (41.4) |
| LAM6 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 0 (0) | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| LAM7-TUR | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| LAM9 | 10 (4.8) | 0 (0) | 0 (0) | 10 (4.8) | 3 (1.4) | 4 (1.9) | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 0 (0) |
| S | 3 (1.4) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (1.4) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| T1 | 8 (3.9) | 0 (0) | 0 (0) | 8 (3.9) | 1 (0.5) | 2 (1) | 5 (2.4) | 4 (1.9) | 0 (0) |
| T2 | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| X1 | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 2 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (100) |
| X2 | 4 (1.9) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.9) | 2 (1) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 1 (0.5) | 0 (0) |
| X3 | 4 (1.9) | 0 (0) | 0 (0) | 4 (1.9) | 1 (0.5) | 0 (0) | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 0 (0) |
| Unclassified | 12 (5.8) | 0 (0) | 0 (0) | 12 (5.8) | 6 (2.9) | 3 (1.4) | 3 (1.4) | 2 (1) | 0 (0) |
| Total | 207 (100) | 72 (34.8) | 35 (16.9) | 100 (48.3) | 19 (9.2) | 37 (17.9) | 102 (49.3) | 132 (63.8) | 49 (37.1) |
Data is shown stratified by resistance type and the main clades found in the study. Percentages shown are relative to the total sample size (n = 207) except for the number of XDR isolates for which the percentage is relative to the number of MDR-TB isolates with available second-line DST data.