Skip to main content
. 2020 Jan 29;21(3):863. doi: 10.3390/ijms21030863

Table 1.

Ka/Ks analysis for the duplicated CIPK gene pairs in G. hirsutum and G. barbadense.

Species Duplicated Gene 1 Duplicated Gene 2 Ka Ks Ka/Ks Purifying Selection Duplicate Type
G. hirsutum GhCIPK1 GhCIPK38 0 0.0296 0 No Segmental
GhCIPK10 GhCIPK47 0.0081 0 0 No Segmental
GhCIPK10 GhCIPK30 0.0985 0.7646 0.1288 Yes Segmental
GhCIPK10 GhCIPK68 0.0985 0.7646 0.1288 Yes Segmental
GhCIPK10 GhCIPK55 0.0983 0.3954 0.2486 Yes Segmental
GhCIPK10 GhCIPK16 0.0983 0.3474 0.283 Yes Segmental
GhCIPK11 GhCIPK49 0.0165 0.0282 0.5851 Yes Segmental
GhCIPK11 GhCIPK72 0.1436 0.5354 0.2682 Yes Segmental
GhCIPK12 GhCIPK51 0 0.0619 0 No Segmental
GhCIPK13 GhCIPK20 0.0905 0.7899 0.1146 Yes Segmental
GhCIPK13 GhCIPK37 0.0959 0.7194 0.1333 Yes Segmental
GhCIPK13 GhCIPK43 0.0822 0.9098 0.0903 Yes Segmental
GhCIPK13 GhCIPK52 0 0 0 No Segmental
GhCIPK13 GhCIPK59 0.0997 0.7138 0.1397 Yes Segmental
GhCIPK13 GhCIPK74 0.1052 0.5893 0.1785 Yes Segmental
GhCIPK14 GhCIPK53 0.0242 0.031 0.7806 Yes Segmental
GhCIPK15 GhCIPK54 0.0163 0.0294 0.5544 Yes Segmental
GhCIPK16 GhCIPK30 0.089 0.5674 0.1569 Yes Segmental
GhCIPK16 GhCIPK55 0 0.0303 0 No Segmental
GhCIPK16 GhCIPK68 0.089 0.4512 0.1973 Yes Segmental
GhCIPK18 GhCIPK56 0.0082 0 0 No Segmental
GhCIPK19 GhCIPK25 0.092 0.4042 0.2276 Yes Segmental
GhCIPK19 GhCIPK57 0.016 0 0 No Segmental
GhCIPK19 GhCIPK64 0.101 0.4042 0.2499 Yes Segmental
GhCIPK2 GhCIPK39 0.008 0 0 No Segmental
GhCIPK20 GhCIPK59 0.0081 0.0606 0.1337 Yes Segmental
GhCIPK20 GhCIPK74 0.0765 0.7726 0.099 Yes Segmental
GhCIPK20 GhCIPK43 0.0812 0.5899 0.1377 Yes Segmental
GhCIPK20 GhCIPK52 0.0905 0.7899 0.1146 Yes Segmental
GhCIPK20 GhCIPK37 0.0676 0.8566 0.0789 Yes Segmental
GhCIPK21 GhCIPK44 0.1332 0.742 0.1795 Yes Segmental
GhCIPK21 GhCIPK53 0.1358 0.7711 0.1761 Yes Segmental
GhCIPK21 GhCIPK60 0 0.0289 0 No Segmental
GhCIPK22 GhCIPK28 0.0673 0.3641 0.1848 Yes Segmental
GhCIPK22 GhCIPK45 0.0495 0.4803 0.1031 Yes Segmental
GhCIPK22 GhCIPK61 0.0081 0.0296 0.2736 Yes Segmental
GhCIPK22 GhCIPK66 0.0585 0.4125 0.1418 Yes Segmental
GhCIPK23 GhCIPK35 0.1488 0.405 0.3674 Yes Segmental
GhCIPK23 GhCIPK62 0 0.0284 0 No Segmental
GhCIPK23 GhCIPK73 0.1488 0.3597 0.4137 Yes Segmental
GhCIPK24 GhCIPK63 0.0083 0.0541 0.1534 Yes Segmental
GhCIPK25 GhCIPK57 0.0927 0.3908 0.2372 Yes Segmental
GhCIPK25 GhCIPK64 0.024 0 0 No Segmental
GhCIPK26 GhCIPK80 0.0159 0.1762 0.0902 Yes Segmental
GhCIPK27 GhCIPK65 0 0.0586 0 No Segmental
GhCIPK28 GhCIPK45 0.058 0.611 0.0949 Yes Segmental
GhCIPK28 GhCIPK61 0.0757 0.422 0.1794 Yes Segmental
GhCIPK28 GhCIPK66 0.0081 0.0929 0.0872 Yes Segmental
GhCIPK29 GhCIPK67 0.0158 0 0 No Segmental
GhCIPK3 GhCIPK32 0.6002 3.0016 0.2 Yes Segmental
GhCIPK3 GhCIPK40 0.5373 0 0 No Segmental
GhCIPK3 GhCIPK71 0.6244 2.6547 0.2352 Yes Segmental
GhCIPK30 GhCIPK47 0.1077 0.7646 0.1409 Yes Segmental
GhCIPK30 GhCIPK55 0.089 0.633 0.1406 Yes Segmental
GhCIPK30 GhCIPK68 0 0.0609 0 No Segmental
GhCIPK31 GhCIPK69 0 0.0296 0 No Segmental
GhCIPK32 GhCIPK40 0.1707 0.3898 0.4379 Yes Segmental
GhCIPK32 GhCIPK71 0.0078 0 0 No Segmental
GhCIPK33 GhCIPK70 0.0081 0.0291 0.2784 Yes Segmental
GhCIPK34 GhCIPK72 0.0166 0.0564 0.2943 Yes Segmental
GhCIPK35 GhCIPK62 0.1488 0.4532 0.3283 Yes Segmental
GhCIPK35 GhCIPK73 0.0167 0.027 0.6185 Yes Segmental
GhCIPK37 GhCIPK43 0.0638 0.5677 0.1124 Yes Segmental
GhCIPK37 GhCIPK52 0.0959 0.7194 0.1333 Yes Segmental
GhCIPK37 GhCIPK59 0.0765 0.8566 0.0893 Yes Segmental
GhCIPK37 GhCIPK74 0.0082 0.0574 0.1429 Yes Segmental
GhCIPK4 GhCIPK42 0.0082 0 0 No Segmental
GhCIPK40 GhCIPK71 0.1604 0.3953 0.4058 Yes Segmental
GhCIPK43 GhCIPK52 0.0822 0.9098 0.0903 Yes Segmental
GhCIPK43 GhCIPK59 0.0902 0.4754 0.1897 Yes Segmental
GhCIPK43 GhCIPK74 0.0728 0.5677 0.1282 Yes Segmental
GhCIPK44 GhCIPK53 0.1271 0.6696 0.1898 Yes Segmental
GhCIPK44 GhCIPK60 0.1331 0.6735 0.1976 Yes Segmental
GhCIPK45 GhCIPK61 0.0409 0.5525 0.074 Yes Segmental
GhCIPK45 GhCIPK66 0.0494 0.6816 0.0725 Yes Segmental
GhCIPK47 GhCIPK68 0.1077 0.7646 0.1409 Yes Segmental
GhCIPK48 GhCIPK50 0.0418 0.1206 0.3466 Yes Segmental
GhCIPK48 GhCIPK75 0 0.0574 0 No Segmental
GhCIPK48 GhCIPK76 0.0418 0.189 0.2212 Yes Segmental
GhCIPK49 GhCIPK72 0.1336 0.4847 0.2756 Yes Segmental
GhCIPK5 GhCIPK41 0.0161 0.0305 0.5279 Yes Segmental
GhCIPK50 GhCIPK75 0.0418 0.1206 0.3466 Yes Segmental
GhCIPK50 GhCIPK76 0 0.0574 0 No Segmental
GhCIPK52 GhCIPK59 0.0997 0.7138 0.1397 Yes Segmental
GhCIPK52 GhCIPK68 0.3312 2.0206 0.1639 Yes Segmental
GhCIPK55 GhCIPK74 0.3463 1.4874 0.2328 Yes Segmental
GhCIPK57 GhCIPK64 0.1017 0.3908 0.2602 Yes Segmental
GhCIPK58 GhCIPK77 0.0246 0.0908 0.2709 Yes Segmental
GhCIPK59 GhCIPK74 0.0855 0.7726 0.1107 Yes Segmental
GhCIPK6 GhCIPK13 0.0822 0.9098 0.0903 Yes Segmental
GhCIPK6 GhCIPK20 0.0812 0.5899 0.1377 Yes Segmental
GhCIPK6 GhCIPK37 0.0638 0.5677 0.1124 Yes Segmental
GhCIPK6 GhCIPK43 0 0 0 No Segmental
GhCIPK6 GhCIPK52 0.0822 0.9098 0.0903 Yes Segmental
GhCIPK6 GhCIPK59 0.0902 0.4754 0.1897 Yes Segmental
GhCIPK6 GhCIPK74 0.0728 0.5677 0.1282 Yes Segmental
GhCIPK61 GhCIPK66 0.0669 0.4754 0.1407 Yes Segmental
GhCIPK62 GhCIPK73 0.1488 0.405 0.3674 Yes Segmental
GhCIPK7 GhCIPK21 0.1424 0.6837 0.2083 Yes Segmental
GhCIPK7 GhCIPK44 0.0082 0.028 0.2929 Yes Segmental
GhCIPK7 GhCIPK60 0.1423 0.76 0.1872 Yes Segmental
GhCIPK75 GhCIPK76 0.0418 0.154 0.2714 Yes Segmental
GhCIPK78 GhCIPK79 0 0 0 No Segmental
GhCIPK8 GhCIPK22 0.0495 0.4803 0.1031 Yes Segmental
GhCIPK8 GhCIPK28 0.058 0.611 0.0949 Yes Segmental
GhCIPK8 GhCIPK45 0 0 0 No Segmental
GhCIPK8 GhCIPK61 0.0409 0.5525 0.074 Yes Segmental
GhCIPK8 GhCIPK66 0.0494 0.6816 0.0725 Yes Segmental
GhCIPK9 GhCIPK46 0.0329 0.0293 1.1229 No Segmental
G. barbadense GbCIPK1 GbCIPK37 0.0113 0.0325 0.3477 Yes Segmental
GbCIPK2 GbCIPK38 0.0228 0.0581 0.3924 Yes Segmental
GbCIPK4 GbCIPK41 0.0069 0.0391 0.1765 Yes Segmental
GbCIPK5 GbCIPK40 0.0113 0.0165 0.6848 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK14 0.13 0.4949 0.2627 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK36 0.104 0.435 0.2391 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK42 0.0068 0.0241 0.2822 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK51 0.13 0.5103 0.2548 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK59 0.0948 0.571 0.166 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK76 0.1015 0.4327 0.2346 Yes Segmental
GbCIPK6 GbCIPK78 0.0974 0.5699 0.1709 Yes Segmental
GbCIPK7 GbCIPK21 0.118 0.3925 0.3006 Yes Segmental
GbCIPK7 GbCIPK43 0.0134 0.0258 0.5194 Yes Segmental
GbCIPK7 GbCIPK60 0.1231 0.3939 0.3125 Yes Segmental
GbCIPK8 GbCIPK22 0.0663 0.2358 0.2812 Yes Segmental
GbCIPK8 GbCIPK44 0.0114 0.0078 1.4615 No Segmental
GbCIPK8 GbCIPK61 0.0665 0.2545 0.2613 Yes Segmental
GbCIPK8 GbCIPK67 0.0904 0.378 0.2392 Yes Segmental
GbCIPK9 GbCIPK45 0.0113 0.0588 0.1922 Yes Segmental
GbCIPK10 GbCIPK16 0.1053 0.3484 0.3022 Yes Segmental
GbCIPK10 GbCIPK30 0.1323 0.477 0.2774 Yes Segmental
GbCIPK10 GbCIPK46 0.009 0.0083 1.0843 No Segmental
GbCIPK10 GbCIPK70 0.1322 0.4774 0.2769 Yes Segmental
GbCIPK11 GbCIPK47 0.0023 0.0241 0.0954 Yes Segmental
GbCIPK11 GbCIPK49 0.0442 0.2282 0.1937 Yes Segmental
GbCIPK11 GbCIPK77 0.0466 0.2171 0.2146 Yes Segmental
GbCIPK12 GbCIPK34 0.0948 0.3398 0.279 Yes Segmental
GbCIPK12 GbCIPK48 0.0068 0.0161 0.4224 Yes Segmental
GbCIPK12 GbCIPK74 0.0922 0.3275 0.2815 Yes Segmental
GbCIPK13 GbCIPK50 0.0045 0 0 No Segmental
GbCIPK14 GbCIPK36 0.1155 0.4284 0.2696 Yes Segmental
GbCIPK14 GbCIPK42 0.1325 0.4982 0.266 Yes Segmental
GbCIPK14 GbCIPK51 0 0.0158 0 No Segmental
GbCIPK14 GbCIPK59 0.1209 0.5682 0.2128 Yes Segmental
GbCIPK14 GbCIPK76 0.1103 0.4125 0.2674 Yes Segmental
GbCIPK14 GbCIPK78 0.1263 0.5671 0.2227 Yes Segmental
GbCIPK15 GbCIPK52 0.0067 0.0418 0.1603 Yes Segmental
GbCIPK16 GbCIPK30 0.0985 0.5022 0.1961 Yes Segmental
GbCIPK16 GbCIPK54 0.0067 0.0248 0.2702 Yes Segmental
GbCIPK16 GbCIPK70 0.0933 0.5184 0.18 Yes Segmental
GbCIPK17 GbCIPK27 0.0799 0.2076 0.3849 Yes Segmental
GbCIPK17 GbCIPK55 0.0022 0.0257 0.0856 Yes Segmental
GbCIPK17 GbCIPK66 0.0762 0.2021 0.377 Yes Segmental
GbCIPK18 GbCIPK56 0.0022 0.1048 0.021 Yes Segmental
GbCIPK19 GbCIPK57 0.0114 0.0656 0.1738 Yes Segmental
GbCIPK20 GbCIPK58 0.0249 0.0339 0.7345 Yes Segmental
GbCIPK21 GbCIPK43 0.1207 0.404 0.2988 Yes Segmental
GbCIPK21 GbCIPK52 0.1214 0.4081 0.2975 Yes Segmental
GbCIPK21 GbCIPK60 0.009 0.0163 0.5521 Yes Segmental
GbCIPK22 GbCIPK44 0.4258 1.6158 0.2635 Yes Segmental
GbCIPK22 GbCIPK61 0.0045 0.0317 0.142 Yes Segmental
GbCIPK22 GbCIPK67 0.0953 0.3812 0.25 Yes Segmental
GbCIPK23 GbCIPK35 0.0848 0.3013 0.2814 Yes Segmental
GbCIPK23 GbCIPK62 0.0045 0.0082 0.5488 Yes Segmental
GbCIPK23 GbCIPK75 0.0823 0.3137 0.2624 Yes Segmental
GbCIPK24 GbCIPK63 0.009 0.0586 0.1536 Yes Segmental
GbCIPK25 GbCIPK57 0.0812 0.3393 0.2393 Yes Segmental
GbCIPK25 GbCIPK64 0.0068 0.0078 0.8718 Yes Segmental
GbCIPK26 GbCIPK65 0.025 0.0593 0.4216 Yes Segmental
GbCIPK27 GbCIPK55 0.0811 0.1914 0.4237 Yes Segmental
GbCIPK27 GbCIPK66 0.0022 0.0081 0.2716 Yes Segmental
GbCIPK27 GbCIPK71 0.1188 0.2344 0.5068 Yes Segmental
GbCIPK28 GbCIPK68 0.0046 0.0076 0.6053 Yes Segmental
GbCIPK29 GbCIPK69 0.0228 0.0245 0.9306 Yes Segmental
GbCIPK3 GbCIPK32 0.1067 0.433 0.2464 Yes Segmental
GbCIPK3 GbCIPK39 0.0136 0.0409 0.3325 Yes Segmental
GbCIPK3 GbCIPK73 0.099 0.4178 0.237 Yes Segmental
GbCIPK30 GbCIPK46 0.1268 0.4942 0.2566 Yes Segmental
GbCIPK30 GbCIPK54 0.1062 0.5344 0.1987 Yes Segmental
GbCIPK30 GbCIPK70 0.0068 0.0238 0.2857 Yes Segmental
GbCIPK31 GbCIPK71 0.0045 0.0081 0.5556 Yes Segmental
GbCIPK32 GbCIPK72 0.4802 1.8172 0.2643 Yes Segmental
GbCIPK33 GbCIPK73 0.0114 0.0315 0.3619 Yes Segmental
GbCIPK34 GbCIPK48 0.0998 0.3671 0.2719 Yes Segmental
GbCIPK34 GbCIPK74 0.0091 0.0406 0.2241 Yes Segmental
GbCIPK35 GbCIPK62 0.0848 0.3013 0.2814 Yes Segmental
GbCIPK35 GbCIPK75 0.0067 0.0257 0.2607 Yes Segmental
GbCIPK36 GbCIPK42 0.1065 0.4237 0.2514 Yes Segmental
GbCIPK36 GbCIPK51 0.1155 0.4284 0.2696 Yes Segmental
GbCIPK36 GbCIPK59 0.1143 0.4103 0.2786 Yes Segmental
GbCIPK36 GbCIPK76 0.0183 0.0158 1.1582 No Segmental
GbCIPK36 GbCIPK78 0.1222 0.4095 0.2984 Yes Segmental
GbCIPK39 GbCIPK73 0.1041 0.4619 0.2254 Yes Segmental
GbCIPK42 GbCIPK51 0.4678 1.2446 0.3759 Yes Segmental
GbCIPK42 GbCIPK59 0.4547 1.5066 0.3018 Yes Segmental
GbCIPK42 GbCIPK76 0.4425 1.2039 0.3676 Yes Segmental
GbCIPK42 GbCIPK78 0.4591 1.5003 0.306 Yes Segmental
GbCIPK43 GbCIPK60 0.1206 0.4054 0.2975 Yes Segmental
GbCIPK44 GbCIPK61 0.0639 0.2674 0.239 Yes Segmental
GbCIPK44 GbCIPK67 0.0928 0.3942 0.2354 Yes Segmental
GbCIPK46 GbCIPK70 0.1268 0.4946 0.2564 Yes Segmental
GbCIPK47 GbCIPK49 0.0418 0.1971 0.2121 Yes Segmental
GbCIPK47 GbCIPK77 0.0442 0.1865 0.237 Yes Segmental
GbCIPK48 GbCIPK74 0.0972 0.3542 0.2744 Yes Segmental
GbCIPK49 GbCIPK77 0.0045 0.0158 0.2848 Yes Segmental
GbCIPK51 GbCIPK59 0.1209 0.5516 0.2192 Yes Segmental
GbCIPK51 GbCIPK76 0.1103 0.4125 0.2674 Yes Segmental
GbCIPK51 GbCIPK78 0.1263 0.5505 0.2294 Yes Segmental
GbCIPK54 GbCIPK70 0.101 0.5514 0.1832 Yes Segmental
GbCIPK55 GbCIPK66 0.0786 0.1809 0.4345 Yes Segmental
GbCIPK57 GbCIPK64 0.0761 0.354 0.215 Yes Segmental
GbCIPK59 GbCIPK78 0.0113 0 0 No Segmental
GbCIPK59 GbCIPK76 0.1092 0.4081 0.2676 Yes Segmental
GbCIPK61 GbCIPK67 0.0905 0.4023 0.225 Yes Segmental
GbCIPK62 GbCIPK75 0.0823 0.3137 0.2624 Yes Segmental
GbCIPK66 GbCIPK71 0.1162 0.2235 0.5199 Yes Segmental
GbCIPK76 GbCIPK78 0.1171 0.4074 0.2874 Yes Segmental