Table 2.
(a) Database isolates | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Sample | Lineage confidently detected | Matched k-mers (%) | Antibiogram AZM | Antibiogram CFM | Antibiogram CIP | Antibiogram CRO | MLST match | ||||||||||||||
Actual | Best match | Actual | Best match | Actual | Best match | Actual | Best match | ||||||||||||||
GC01 | Yes | 27 | S | Sa | S | Sa | S | Sa | S | Sa | Yesa | ||||||||||
GC02 | Yes | 27 | S | Sa | R | Ra,c | S | Sa | R | Ra,c | Yesa | ||||||||||
GC03 | Yes | 33 | S | Sa | R | Sb,c | S | Sa | R | Sb,c | Yesa | ||||||||||
GC04 | Yes | 21 | S | Sa | R | Ra | R | Ra | R | Sb | Yesa | ||||||||||
GC05 | Yes | 7 | R | Ra | S | Sa | S | Sa | S | Sa | Yesa |
(b) Non-database isolates | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Sample | Lineage confidently detected | Matched k-mers (%) | Antibiogram AZM | Antibiogram CFM | Antibiogram CIP | Antibiogram CRO | |||||||||||||||
Actual | Best match | Actual | Best match | Actual | Best match | Actual | Best match | ||||||||||||||
GC06 | Yes | 19 | S | Sa | R | Ra | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC07 | No | 20 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC08 | No | 19 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC09 | No | 18 | S | Sa | S | Sa | S | Sa | S | Sa | |||||||||||
GC10 | No | 20 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC11 | No | 20 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC12 | No | 20 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC13 | Yes | 20 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC14 | Yes | 19 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC15 | Yes | 19 | R | Sb,c | S | Sa | S | Sa | S | Sa | |||||||||||
GC16 | No | 18 | S | Sa | S | Sa,c | R | Ra | S | Sa,c | |||||||||||
GC17 | No | 19 | S | Sa | S | Sa,c | R | Ra | S | Sa,c | |||||||||||
GC18 | No | 20 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa | |||||||||||
GC19 | Yes | 18 | S | Sa | S | Sa | R | Ra | S | Sa |
The table displays actual and predicted resistance phenotypes (S and R) for individual experiments and information on the match of the predicted MLST-identified sequence type.
aCorrect prediction.
bIncorrect prediction.
cLow-confidence call. AZM, azithromycin; CFM, cefixime; CIP, ciprofloxacin.