Table 2. PDBePISA analysis of nucleotide-hydrogen bonding at the E-site.
| Curved conformation | Straight conformation | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTP (5xp3) |
GMPCPP (3ryh) |
GDP (4i55) |
BeF3-
(6gze) |
AlF3
(6s9e) |
GMPCPP (3jat) |
GMPCP (3jal) |
GDP (3jar) |
GTP-γ-S (3jak) |
GDP•Pi
(6evx) |
|
| Base and ribose | Q11 S140 N206 N228 | S140 N228 | Q15 N206 N228 | N206 N228 | N206 N228 |
N206 Y224 N228 | S140 N206 Y224 | Q15 S140 N206 Y224 | Q15 S140 N206 Y224 N228 | S140, N206 N228 |
| Pα | Q11 C12 | Q11 C12 S140 | C12 | C12 | C12 | Q11 C12 | Q11 C12 S140 | Q11 C12 | C12 | C12 |
| Pβ | Q11 G144 T145 G146 | Q11 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 |
Q11 G144 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 | Q11 G144 T145 G146 |
| Pγ/ BeF3-/ AlF3/ Pi/ |
A99 G100 N101 G144 T145 | A99 G100 N101 G144 T145 | - | A99 G100 N101 T145 | E71 N101 Pα |
A99 G100 G144 T145 | - | - | G144 T145 | T145 |
| Mg2+ | yes | yes | yes | yes | yes | yes | no | no | no | no |