Table 2.
Detection of DENV, CHIKV, and Other Viruses Using Multiplex Quantitative RT-PCR
| Virus (strain) | Multiplex quantitative RT-PCR |
||||
|---|---|---|---|---|---|
| DENV-1 | DENV-2 | DENV-3 | DENV-4 | CHIK | |
| DENV-1 (S144) | + | − | − | − | − |
| DENV-2 (STP7) | − | + | − | − | − |
| DENV-2 (New Guinea C) | − | + | − | − | − |
| DENV-3 (Eden 130/05) | − | − | + | − | − |
| DENV-4 (S8976) | − | − | − | + | − |
| CHIKV (EU441882.1) | − | − | − | − | + |
| CHIKV (FJ4455002) | − | − | − | − | + |
| RRV | − | − | − | − | − |
| ZIKV (MR 766) | − | − | − | − | − |
| KUNV (MRM 61C) | − | − | − | − | − |
| WNV (Sarafend) | − | − | − | − | − |
| HEV71 (AF316321) | − | − | − | − | − |
| ECHO2 | − | − | − | − | − |
| ECHO7 | − | − | − | − | − |
| CB2 | − | − | − | − | − |
| CA16 (WHO) | − | − | − | − | − |
| Polio virus 1 (Sabin) | − | − | − | − | − |
| Polio virus 2 (Sabin) | − | − | − | − | − |
| Polio virus 3 (Sabin) | − | − | − | − | − |
| CoV | − | − | − | − | − |
| Influenza virus A H1N1 | − | − | − | − | − |
| Influenza virus A H3N2 | − | − | − | − | − |
CA16, Coxsackie A16 virus; CB2, Coxsackie B2 virus; CHIKV, chikungunya virus; CoV, coronavirus; DENV, dengue virus; ECHO, enteric cytopathic human orphan virus; HEV71, human enterovirus 71; KUNV, Kunjin virus; RRV, Ross River virus; WHO, World Health Organization; WNV, West Nile virus; ZIKV, Zika virus.